计算化学公社

标题: 求助，动力学中适用于非周期性边界条件的截止方案有哪些 [打印本页]

作者
Author: 晴天 时间: 2019-3-2 16:39
标题: 求助，动力学中适用于非周期性边界条件的截止方案有哪些
请问老师，跑动力学时，适用于非周期性边界条件的截止方案有哪些？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-3 00:15
这问题太不具体，也没说明个具体范围

如果你是指非PBC下模拟，遇到什么情况理应自动结束MD，那得根据具体情况来说。比如真空中跑个二聚体，如果跑散了则MD就没意义了，那可以定义当它们几何中心距离或者最近的原子间距离超过多少就自动停掉MD（虽然gmx并没有这种设定）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)