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标题: 求助Multiwfn如何画拉曼光谱图 [打印本页]

作者
Author: Drunkenfairy 时间: 2019-3-4 09:58
标题: 求助Multiwfn如何画拉曼光谱图
请问我使用高斯优化结构做完振动分析后，发现拉曼光谱的峰位和实验对得上，但是峰型和实验的拉曼光谱对不上。我记得参加Multiwfn培训课时您说这个软件也可以画拉曼光谱图，怎么画？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-3-4 12:02
手册4.11.5

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-4 16:24
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

作者
Author: Drunkenfairy 时间: 2019-3-23 10:34

liyuanhe211 发表于 2019-3-4 12:02
手册4.11.5

好的，谢谢

作者
Author: Drunkenfairy 时间: 2019-3-23 10:34

sobereva 发表于 2019-3-4 16:24
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

谢谢sob老师

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-20 15:28
您好，能请教您关于高斯结构优化和振动分析的东西吗？由于刚接触这块的内容，所以不太了解怎么弄。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-20 15:41

razasky 发表于 2019-8-20 15:28
您好，能请教您关于高斯结构优化和振动分析的东西吗？由于刚接触这块的内容，所以不太了解怎么弄。

大家都是有什么具体问题直接问。“能请教您关于高斯结构优化和振动分析的东西”太笼统，总不能希望版主先回复你一个“能”字，然后你再提问吧···

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-20 16:02

zjxitcc 发表于 2019-8-20 15:41
大家都是有什么具体问题直接问。“能请教您关于高斯结构优化和振动分析的东西”太笼统，总不能希望版主先 ...

我的问题是，我想利用Gaussian软件对芘（四个苯环，C16H10）进行拉曼光谱计算，但是不知道如何用Gaussian09进行结构优化处理和频率计算，想学习一下这块的东西。在http://sobereva.com/224 使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图有看到后面怎么弄，但是前端的处理还不会。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-20 16:07

razasky 发表于 2019-8-20 16:02
我的问题是，我想利用Gaussian软件对芘（四个苯环，C16H10）进行拉曼光谱计算，但是不知道如何用Ga ...

现成的跑好的Gaussian算Raman的输出文件都在Multiwfn的examples\spectra文件夹里给了，一看里面关键词自然就知道了。有不懂的多用论坛首页google框搜索

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-20 16:09

razasky 发表于 2019-8-20 16:02
我的问题是，我想利用Gaussian软件对芘（四个苯环，C16H10）进行拉曼光谱计算，但是不知道如何用Ga ...

会写高斯输入文件就行了，示例：
%chk=与gjf文件同名.chk
%mem=数组GB
%nprocshared=数字
#p 泛函/基组 opt freq=raman
[空行]
title
[空行]
电荷自旋多重度
坐标
[空行]
[空行]

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-20 16:33

sobereva 发表于 2019-8-20 16:07
现成的跑好的Gaussian算Raman的输出文件都在Multiwfn的examples\spectra文件夹里给了，一看里面关键词自 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-20 16:34

zjxitcc 发表于 2019-8-20 16:09
会写高斯输入文件就行了，示例：
%chk=与gjf文件同名.chk
%mem=数组GB

好的，谢谢。

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-20 21:58

zjxitcc 发表于 2019-8-20 16:09
会写高斯输入文件就行了，示例：
%chk=与gjf文件同名.chk
%mem=数组GB

您好，我按照这种弄了，有错误。
提示：The processing of the last link end abnormal

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-20 22:09

razasky 发表于 2019-8-20 21:58
您好，我按照这种弄了，有错误。
提示：The processing of the last link end abnormal

对报错描述不准确。新手如果没法准确描述报错，最好直接贴出输入输出文件，以免回答者猜来猜去，浪费大家时间。

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-20 22:22

zjxitcc 发表于 2019-8-20 22:09
对报错描述不准确。新手如果没法准确描述报错，最好直接贴出输入输出文件，以免回答者猜来猜去，浪费大家 ...

输入文件：
%chk=T-1.chk
%mem=4gb
%nprocshared=2
#p b3lyp/6-31g(d,p) opt freq=raman geom=connectivity

raman caculation

0 1
C                -3.67710857 -3.00165193 0.00026300
C                -2.30430757 -3.00165193 0.00026300
C                -1.58236957 -1.77653093 0.00026300
C                -2.30023957 -0.55266493 0.00063300
C                -3.72165557 -0.58203793 0.00078700
C                -4.39316057 -1.78001293 0.00049700
H                0.38670343 -2.70149593 0.00002000
H                -4.23783957 -3.94799793 0.00018300
H                -1.73951857 -3.94597393 0.00003500
C                -0.16064257 -1.74698793 0.00000000
C                -1.57748957 0.67206107 0.00074800
H                -4.26889657 0.37241807 0.00086900
H                -5.49279757 -1.80637993 0.00059900
C                -0.20462857 0.67212907 0.00047500
C                0.51138343 -0.54976293 0.00001600
H                -2.14194557 1.61660207 0.00100800
H                0.35606343 1.61846007 0.00029700
H                1.61101143 -0.52329793 -0.00016600

1 2 1.5 6 1.5 8 1.0
2 3 1.5 9 1.0
3 4 1.5 10 1.5
4 5 1.5 11 1.5
5 6 1.5 12 1.0
6 13 1.0
7 10 1.0
8
9
10 15 1.5
11 14 1.5 16 1.0
12
13
14 15 1.5 17 1.0
15 18 1.0
16
17
18

输出结果：
******************************************
%chk=T-1.chk
%mem=4gb
%nprocshared=2
Will use up to 2 processors via shared memory.
-----------------------------------------
#p b3lyp/6-31g(d,p) opt freq=raman geom=connectivity
-----------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=101,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,7=101,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
Leave Link 1 at Tue Aug 20 22:09:14 2019, MaxMem= 268435455 cpu:       0.0

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-20 22:27

razasky 发表于 2019-8-20 22:22
输入文件：
%chk=T-1.chk
%mem=4gb

把文件压缩了上传。你这贴的输出内容根本不够啊，这只是前几十行而已。根本看不出什么。

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-20 22:51

zjxitcc 发表于 2019-8-20 22:27
把文件压缩了上传。你这贴的输出内容根本不够啊，这只是前几十行而已。根本看不出什么。

计算出错，就自动终止了计算，只有这么些数据输出

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-21 09:19
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-8-21 09:21 编辑

razasky 发表于 2019-8-20 22:51
计算出错，就自动终止了计算，只有这么些数据输出

你是否用的Windows下高斯计算的？然后只复制了高斯软件界面里的内容？然后只把屏幕弹框提示报错复制上来了？如果是的话，要把完整的out文件上传上来，并且有条件的话，要在linux下做计算，无论是虚拟机还是真的linux系统。单凭你给出的信息是无法下任何结论的。

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-21 09:26

zjxitcc 发表于 2019-8-21 09:19
你是否用的Windows下高斯计算的？然后只复制了高斯软件界面里的内容？然后只把屏幕弹框提示报错复制上来 ...

我是在window下高斯计算的，然后我复制的内容就是out文件中的。我试了一下，如果将 %mem=4gb和%nprocshare这两行删了的话是可以运行。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-21 09:36

razasky 发表于 2019-8-21 09:26
我是在window下高斯计算的，然后我复制的内容就是out文件中的。我试了一下，如果将 %mem=4gb和%nprocshar ...

那就是计算用的机器配置较低呗。去掉内存和核数设置，即使能算，也会比较慢。

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-21 09:52

zjxitcc 发表于 2019-8-21 09:36
那就是计算用的机器配置较低呗。去掉内存和核数设置，即使能算，也会比较慢。

处理器是英特尔第四代酷睿i5-4590 @3.30GHz 四核，内存4G
确实是配置太低了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-8-21 10:07

razasky 发表于 2019-8-21 09:52
处理器是英特尔第四代酷睿i5-4590 @3.30GHz 四核，内存4G
确实是配置太低了

那你好歹可以写个%mem=2GB, %nprocshared=2呀，其他没用的程序都关掉。

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-21 10:24

zjxitcc 发表于 2019-8-21 10:07
那你好歹可以写个%mem=2GB, %nprocshared=2呀，其他没用的程序都关掉。

试了，开着其他程序还是不行，还是刚运行就报错停止
好在这个比较快

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-21 11:42

razasky 发表于 2019-8-21 10:24
试了，开着其他程序还是不行，还是刚运行就报错停止
好在这个比较快

仔细看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）
把%mem该怎么设搞清楚
倘若你用32位Gaussian，显然%mem=2GB上来就死，都是常识

作者
Author: razasky 时间: 2019-8-21 13:33

sobereva 发表于 2019-8-21 11:42
仔细看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/ ...

好的，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)