计算化学公社

标题: 怎么用VMD计算27个分子体系的平均距离？ [打印本页]

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-3-4 16:29
标题: 怎么用VMD计算27个分子体系的平均距离？
请问大神，可以在Windows系统下，用VMD计算分子的质心距离的平均距离么？如果可以的话，应该怎么做？
如果不可以的话，怎么样才能算出这个体系的分子间平均距离呢？
体系是27个分子组成的。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-4 16:52
这和用什么系统完全没关系

自己写个VMD脚本，循环每一对分子，计算质心距离，取平均就行了。没有自带现成的功能，写这样的脚本是最方便的，没有之一

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-3-4 21:24
谢谢sob老师~

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-7 20:36
本帖最后由 xxzj 于 2021-12-8 08:39 编辑

sobereva 发表于 2019-3-4 16:52
这和用什么系统完全没关系

自己写个VMD脚本，循环每一对分子，计算质心距离，取平均就行了。没有自带现 ...

老师，对于下图中，MD盒子中放了30个给体，30个受体，然后跑完MD后，想判断π-π堆积的可能性（b中的face-on堆积），应该如何进行操作？还想请教一个问题，如何想探究二聚体中的角度随给受体间距离变化情况（d图）应该如何进行，辛苦了！ (, 下载次数 Times of downloads: 43)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-8 00:09

xxzj 发表于 2021-12-7 20:36
老师，对于下图中，MD盒子中放了30个给体，30个受体，然后跑完MD后，想判断π-π堆积的可能性（b中的face ...

没看见图

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-8 20:59

sobereva 发表于 2021-12-8 00:09
没看见图

老师，重新上传了图片

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-9 06:29

xxzj 发表于 2021-12-7 20:36
老师，对于下图中，MD盒子中放了30个给体，30个受体，然后跑完MD后，想判断π-π堆积的可能性（b中的face ...

如果你是要按照(a)的几何标准判断，没有现成工具，必须自己写脚本
之前我倒是写过计算两个环状体系间的几何参数的代码，可参考，但没法自动考虑一堆分子
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
http://sobereva.com/590（http://bbs.keinsci.com/thread-21806-1-1.html）

也是得自己写脚本，把较近距离分子间的距离和角度都提取出来，通过origin之类画成着色图

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-12-9 07:02

xxzj 发表于 2021-12-7 20:36
老师，对于下图中，MD盒子中放了30个给体，30个受体，然后跑完MD后，想判断π-π堆积的可能性（b中的face ...

我对这篇文章的方法比较感兴趣，这里把链接贴出来，https://pubs.rsc.org/lv/content/ ... c03784f?page=search

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-9 08:05

sobereva 发表于 2021-12-9 06:29
如果你是要按照(a)的几何标准判断，没有现成工具，必须自己写脚本
之前我倒是写过计算两个环状体系间的 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-9 08:05

flyingchow 发表于 2021-12-9 07:02
我对这篇文章的方法比较感兴趣，这里把链接贴出来，https://pubs.rsc.org/lv/content/articlehtml/2021/t ...

收到，谢谢您

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