计算化学公社

标题: 为何钠离子自身Coul-SR为负值 [打印本页]

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2019-3-4 21:42
标题: 为何钠离子自身Coul-SR为负值
系统里有若干条相同序列的肽(净电荷不为零)和若干钠离子。在分析时候设置energygrps = 肽和钠离子，rerun之后做gmx energy，得到Coul-SR:NA-NA是负值，Coul-SR:肽-肽也是负值。按照Eab=QaQb/(4*pi*epsilon*Rab)，同种电荷相乘不会产生负值，所以两个Coul-SR都应该是正值才对，还是我哪个地方理解错了？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 13:24
如果之前用的cutoff-scheme = Verlet，改成cutoff-scheme = group。并且确保是coulombtype = cut-off

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2023-4-19 13:25

sobereva 发表于 2023-4-12 13:24
如果之前用的cutoff-scheme = Verlet，改成cutoff-scheme = group。并且确保是coulombtype = cut-off

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