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标题: 求助：分子动力学初始结构合理性怎样判断 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-5 15:22
标题: 求助：分子动力学初始结构合理性怎样判断
本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-5 01:24 编辑

老师好，大家好，如果用Packmol产生结构时设置tolerance为2.0，是不是就不会存在不合理接触呢？模拟崩溃的原因类型之一“初始结构严重不合理”指的是什么呢？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-5 19:13
不会存在
是指初始结构里有某些原子离得太近，斥力太大

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-3-21 16:18
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-21 17:11 编辑

sobereva 发表于 2019-3-5 19:13
不会存在
是指初始结构里有某些原子离得太近，斥力太大

请问对于一个无定型结构的分子动力学，首先用MS构建一定密度下的初始结构，然后再将此结构去跑分子动力学，那么如何判断这个初始结构的合理性？有时候用MS的Amorphous Cell模块跑出来的结构原子都挤在一起了，有时候又很分散。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-21 17:36

huangyoyo 发表于 2019-3-21 16:18
请问对于一个无定型结构的分子动力学，首先用MS构建一定密度下的初始结构，然后再将此结构去跑分子动力学 ...

用packmol建模灵活得多
从化学直觉上就能看出合不合理。如果不合理不是太严重也无妨，关键看跑起来之后会不会自发变得合理。

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