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标题: 用ONIOM优化体系结构时出现L101错误 [打印本页]

作者
Author: Villain_IP 时间: 2019-3-6 21:18
标题: 用ONIOM优化体系结构时出现L101错误
我需要用ONIOM方法研究蛋白质与有机小分子相互作用的机理，但输出文件一直报L101错误，不知道应该如何解决，请各位大神赐教！

我是这样做的，从PBD bank下载蛋白质的pdb文件，放到Schrodinger软件中进行加氢补全缺失部分再导出新的pdb文件，通过Gaussview打开，另存为gjf文件，再设置layers。
pdb文件已经删掉一条chain B，High layer是原pdb文件中的配体。

以下为输入文件：
%chk=6G5O-add.chk
%nprocshared=28
%mem=30gb
#p opt freq oniom(b3lyp/6-31g(d,2p):Amber) Geom=Connectivity

THE STRUCTURE OF A CARBOHYDRATE ACTIVE P450

0 2 0 2 0 2
C-CT--0.366200(PDBName=CH3,ResName=ACE,ResNum=1_A)  0 -0.10900000 15.06100000 10.74100000 L
C-C-0.597200(PDBName=C,ResName=ACE,ResNum=1_A)    0 -0.49400000 14.24500000 11.96900000 L
O-O--0.567900(PDBName=O,ResName=ACE,ResNum=1_A)    0 -0.21200000 14.66300000 13.09000000 L
H-HC-0.112300(PDBName=1H,ResName=ACE,ResNum=1_A) 0 0.87300000 15.51300000 10.88300000 L
H-HC-0.112300(PDBName=2H,ResName=ACE,ResNum=1_A) 0 -0.07100000 14.44100000 9.84400000 L

...
H-H-0.391100(PDBName=HE2,ResName=HIS,ResNum=155_A)  0 10.49580696 2.78284663 31.46706500 L
H-H-0.391100(PDBName=HE2,ResName=HIS,ResNum=239_A)  0 -0.02998927 19.73494238 10.86394276 L
H-H-0.391100(PDBName=HE2,ResName=HIS,ResNum=279_A)  0  -14.80519722 25.75293719 51.50866869 L
H-H-0.391100(PDBName=HE2,ResName=HIS,ResNum=368_A)  0  -11.72117432 6.83591738 37.95396585 L

输出文件：
一个是Missing atomic parameters; 另一个是End of file reading connectivity.
(, 下载次数 Times of downloads: 37) (, 下载次数 Times of downloads: 43)

会不会是pdb文件还没有补全的原因呢？报“Missing atomic parameters”时会具体告知原子序号，但看不出出了什么错误，希望大神能给予我帮助，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-7 02:20
6-31g(d,2p)这基组是搞笑的。本来氢加极化的重要性一般就比较低，还加两层，完全说不通

先别管ONIOM，先用Amber力场对这个体系做单点，先想办法让单点能不报错，再说ONIOM。记住做分子力场计算的时候必须提供连接关系段落

作者
Author: Villain_IP 时间: 2019-3-9 17:20

sobereva 发表于 2019-3-7 02:20
6-31g(d,2p)这基组是搞笑的。本来氢加极化的重要性一般就比较低，还加两层，完全说不通

先别管ONIOM，先 ...

谢谢Sob大神的指正，我这几天都是先用乙醇分子作为模型解决“ Missing atomic parameters for atom ” 这个问题。
分别用UFF力场和Amber力场做ONIOM opt计算，结果UFF 是Normal termination的；但Amber还是报L101错误“ Missing atomic parameters for atom ” ；然后我尝试继续用Amber力场条件下在边界以两个虚原子隔开H层和L层，结果是Normal Termination，这种做法会不会是乱来的呢，这样做有意义吗？

以下是引入虚原子的输入文件

%chk=ONIOM-test-2.chk
%nprocshared=28
%mem=1GB
# opt freq oniom(b3lyp/6-31g(d):amber) geom=connectivity

Title Card Required

0 1 0 2 0 2
C-CT          0 -0.45983871 -0.77486396 -0.25711953 H
H-HC          0 0.08211468 -1.66457670 -0.01299298 H
H-HC          0 0.06102204 -0.23872530 -1.02273001 H
H-HC          0 -1.43663172 -1.03682075 -0.60662496 H
C-CT          0 -0.27403300 0.15918982 1.18301580 L
H-H1          0 -0.62908935 1.16856291 1.18203828 L
H-H1          0 -0.63230211 -0.34407861 2.05666569 L
O-OH          0 1.15596458 0.15690892 1.18432385 L
H-HO          0 1.47642457 0.60938719 1.96801309 L
X-             0 -0.36459967 -0.29608313 0.48106977 H
X-             0 -0.14387295 -0.20083913 1.05760498 L

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0
2
3
4
5 6 1.0 7 1.0 8 1.0
6
7
8 9 1.0
9

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-10 02:55

Villain_IP 发表于 2019-3-9 17:20
谢谢Sob大神的指正，我这几天都是先用乙醇分子作为模型解决“ Missing atomic parameters for atom ” 这 ...

用虚原子是莫名其妙，不要这么做
amber力场不是普适型力场，基于amber力场做ONIOM的时候，你得手动指定链接原子的原子类型，而且提示缺什么参数你就得补什么参数

总的来说，除非迫不得已，否则绝对不要用ONIOM，很麻烦，不是很懂ONIOM的话还会因为不恰当的使用引入不少误差。当前体系，恰当用簇模型足够进行合理的研究，也就是把相互作用位点附近挖出个球形，把边缘原子冻结、适当饱和，然后优化、计算相互作用能

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