计算化学公社

标题: 低共熔溶剂构型优化可以先用molclus做构象搜索而不做势能面扫描吗 [打印本页]

作者
Author: Austim 时间: 2019-3-7 16:20
标题: 低共熔溶剂构型优化可以先用molclus做构象搜索而不做势能面扫描吗
低共熔体系：咪唑+季鏻盐需要优化低共熔体系的结构，但实验室电脑实在太LJ，想用genmer+molclus做一个构象搜索，可能只能用Gaussian在PM6级别做然后参考一些文献选一些结构再进行优化。这样可行吗?因为体系有点大担心做势能面可能不现实

谢谢大家了！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-8 05:25
完全可行。本来就没有任何必要做势能面扫描，哪怕计算能力很富裕，对当前问题做扫描也纯属浪费计算资源。
如果你用的G09 D.01及之后的版本，强烈建议改用PM6-D3（关键词写PM6D3），比PM6计算弱相互作用体系大有改进

作者
Author: Austim 时间: 2019-3-8 11:27

sobereva 发表于 2019-3-8 05:25
完全可行。本来就没有任何必要做势能面扫描，哪怕计算能力很富裕，对当前问题做扫描也纯属浪费计算资源。
...

明白了，谢谢老师！

作者
Author: Austim 时间: 2019-3-8 23:05

sobereva 发表于 2019-3-8 05:25
完全可行。本来就没有任何必要做势能面扫描，哪怕计算能力很富裕，对当前问题做扫描也纯属浪费计算资源。
...

老师，还想问一下，我生成500个初始结构，然后用PM6收敛了80个左右，因为体系有点大就没有额外写模板了，然后根据这80个结构对比能量同时参考文献选择用于DFT的初始结构进一步优化，这个方法写进论文里会不会被怼啊，有点担心审稿人质疑建立的初始模型不够，看论文里有写10000的
打扰老师了！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-9 03:14

Austim 发表于 2019-3-8 23:05
老师，还想问一下，我生成500个初始结构，然后用PM6收敛了80个左右，因为体系有点大就没有额外写模板了， ...

不会被怼
这么点的体系尝试10000个初猜纯粹是浪费时间

作者
Author: aimoly 时间: 2020-11-28 09:14

sobereva 发表于 2019-3-8 05:25
完全可行。本来就没有任何必要做势能面扫描，哪怕计算能力很富裕，对当前问题做扫描也纯属浪费计算资源。
...

Sob老师，你好。我也是做低共熔溶剂的结构优化，组成是有机酸（比如对香豆酸或其他含苯环的有机酸和氯化胆碱），使用的PM6D3进行初始结构优化，但是得到的初始结构中有很多含有不合理结构的结果(比如，羧基变成了两个CO 双键， OH 键断裂）， Sob老师，还有没有什么其他便宜又好用的基组推介？谢谢~

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-28 10:53

aimoly 发表于 2020-11-28 09:14
Sob老师，你好。我也是做低共熔溶剂的结构优化，组成是有机酸（比如对香豆酸或其他含苯环的有机酸和氯化 ...

这是正常的，不属于不合理的结构。仔细看http://sobereva.com/414

作者
Author: aimoly 时间: 2020-11-28 16:32

wzkchem5 发表于 2020-11-28 10:53
这是正常的，不属于不合理的结构。仔细看http://sobereva.com/414

感谢您的回复，我得到的初始结构，羧基中的碳与两个O原子分别形成了CO双键，OH键断裂，所以我可以利用Sob老师文中的方法：用Multiwfn计算Mayer键级，再根据结果判定是否成键及键的类型（单键或者双键）。根据计算结果对结构进行手动修改？谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-28 16:40

aimoly 发表于 2020-11-28 16:32
感谢您的回复，我得到的初始结构，羧基中的碳与两个O原子分别形成了CO双键，OH键断裂，所以我可以利用Sob ...

可以，不过如果你只是初步优化，接下来要用更精确的方法优化的话，原子坐标定性正确就行了，不需要分析初步优化的结构的键级。所谓原子坐标定性正确，就是比如虽然O-H键断裂了，但是O原子和H原子的距离不比正常的O-H键长太多

作者
Author: aimoly 时间: 2020-11-28 19:38

wzkchem5 发表于 2020-11-28 16:40
可以，不过如果你只是初步优化，接下来要用更精确的方法优化的话，原子坐标定性正确就行了，不需要分析初 ...

好的，明白了，也就是可以凭感觉和键长，重新建立初始结构。谢谢~

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