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标题: 求助：帮忙看看高分子链的轨迹和力场文件是否都设定合理 [打印本页]

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Author: yihanxu 时间: 2019-3-8 03:19
标题: 求助：帮忙看看高分子链的轨迹和力场文件是否都设定合理
老师好，大家好，我想查看高分子链的力场文件是否都设定合理了，所以跑了个平衡相MD(见附件)。请问能从轨迹来判断力场文件是否设定正确了吗？可否请老师或大家帮忙看一看高分子的初始结构和轨迹是否合理呢？

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Author: sobereva 时间: 2019-3-8 05:42
看起来没什么问题。但如果没有特别的必要，建议别用PBC

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-9 01:28
本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-8 11:36 编辑

sobereva 发表于 2019-3-7 15:42
看起来没什么问题。但如果没有特别的必要，建议别用PBC

谢谢老师！在5-40帧中高分子链运动特别剧烈，请问这和温度不断升高有关吗？与动力学算法有什么关联？还有其他什么主要影响因素呢？

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Author: sobereva 时间: 2019-3-9 03:16

yihanxu 发表于 2019-3-9 01:28
谢谢老师！在5-40帧中高分子链运动特别剧烈，请问这和温度不断升高有关吗？与动力学算法有什么关联？还有 ...

一方面是本来体系就喜欢蜷起来，这样势能比较低，而且此时温度还没升到特别高，所以热运动还不足以迫使蜷缩的状态被破坏。另外，本来体系是在真空下，不像溶剂环境下那样受到束缚，所以运动是相当自由的

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Author: yihanxu 时间: 2019-3-12 10:20

sobereva 发表于 2019-3-7 15:42
看起来没什么问题。但如果没有特别的必要，建议别用PBC

老师好，用了您的模板md_nopbc.mdp，得到error: Domain decomposition does not work with nstlist=0，可以问一下怎么解决吗？

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Author: sobereva 时间: 2019-3-12 14:53

yihanxu 发表于 2019-3-12 10:20
老师好，用了您的模板md_nopbc.mdp，得到error: Domain decomposition does not work with nstlist=0，可 ...

我基于这个模板文件跑单分子、团簇没遇到过问题

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Author: sobereva 时间: 2019-3-12 14:55

sobereva 发表于 2019-3-12 14:53
我基于这个模板文件跑单分子、团簇没遇到过问题

培训班里的孤立体系的例子也都是基于这个跑的

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