计算化学公社

标题: VMD与Multiwfn结合绘制三维结构ESP图中心有个小球是什么意思？ [打印本页]

作者
Author: baibing111 时间: 2019-3-8 08:05
标题: VMD与Multiwfn结合绘制三维结构ESP图中心有个小球是什么意思？
请问使用Multiwfn和VMD绘制三维结构ESP图后发现三维结构中心会有一个小球，如何理解呢？图片见附件。谢谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-8 08:07
我不知道你算的是什么体系，最好把输入文件压缩后上传，并且把在Multiwfn完整的操作步骤贴出来。并且注明你用的Multiwfn版本（刚启动时显示的）

作者
Author: baibing111 时间: 2019-3-8 22:45

sobereva 发表于 2019-3-8 08:07
我不知道你算的是什么体系，最好把输入文件压缩后上传，并且把在Multiwfn完整的操作步骤贴出来。并且注明你 ...

卢老师您好！版本如下：
Multiwfn -- A Multifunctional Wavefunction Analyzer (64bit)
Version 3.6(dev), release date: 2018-Dec-24

以C60为例，具体操作步骤：双击ESPiso.bat，然后启动VMD，在文本窗口输入iso，出现附件中图示，3D结构中间就有个红色球。是不是说明3D结构中心区域静电势为正，不知如何理解呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-9 03:19

baibing111 发表于 2019-3-8 22:45
卢老师您好！版本如下：
Multiwfn -- A Multifunctional Wavefunction Analyzer (64bit)
Version 3.6 ...

这个体系笼比较大，所以是中空的，你所说的那个红球实际上是体系内部的电子密度0.001等值面而已
当前的图说明体系内表面静电势为正。这是由于这种笼状体系的电子倾向于往体系外侧转移，导致笼的内部区域一定程度上缺电子，对核电荷屏蔽不足，出现了正的静电势

作者
Author: baibing111 时间: 2019-3-10 01:53

sobereva 发表于 2019-3-9 03:19
这个体系笼比较大，所以是中空的，你所说的那个红球实际上是体系内部的电子密度0.001等值面而已
当前的 ...

谢谢卢老师解答

作者
Author: xxzj 时间: 2019-5-20 08:56

sobereva 发表于 2019-3-9 03:19
这个体系笼比较大，所以是中空的，你所说的那个红球实际上是体系内部的电子密度0.001等值面而已
当前的 ...

老师，您好，我想问一下，如何知道某个分子的总ESP值大小，我看文献中"PTO2 shows negative ESP values on the most part of its conjugated backbone, especially for the BDT units, and a minimal ESP value
of -1120 meV is calculated"，想问一下，-1120meV是如何计算的，谢谢老师啦

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-21 01:53

xxzj 发表于 2019-5-20 08:56
老师，您好，我想问一下，如何知道某个分子的总ESP值大小，我看文献中"PTO2 shows negative ESP values o ...

“分子的总ESP值大小”根本就没法这么说。ESP是个三维函数，怎么能说总值，若对ESP做全空间积分根本毫无实际意义

只能说分子表面静电势极值点的数值（或者某个区域的分子表面上静电势的平均值），怎么计算看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196

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