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标题: 溶剂下的自由势垒怎么计算？ [打印本页]

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-3-8 10:31
标题: 溶剂下的自由势垒怎么计算？
现在想讨论反应机理，通过自由能势垒讨论反应路径。我把原料，中间体，过渡态，产物都用#p opt=tight freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=dichloromethane) int=ultrafine 这个命令收敛，现在有几个问题不明白
1：就针对一个结构来说，我现在opt +freq 得到的一下结果：
Zero-point correction=                         0.256833 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                   0.286865
Thermal correction to Enthalpy=                0.287809
Thermal correction to Gibbs Free Energy=       0.187626

自由能的热校正量然后在此结构下计算高精度单点（如# B2PLYP/def2TZVP）。二者相加。

Sum of electronic and zero-point Energies=       -5202.337048
Sum of electronic and thermal Energies=          -5202.307016
Sum of electronic and thermal Enthalpies=          -5202.306072
Sum of electronic and thermal Free Energies=       -5202.406255

                  E (Thermal)          CV             S
                  KCal/Mol       Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin
Total                180.010          102.907          210.853
Electronic             0.000             0.000             0.000
Translational          0.889             2.981          44.711
Rotational             0.889             2.981          37.015
我看到另外，一种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法如下：
(1)用opt freq优化结构同时获得焓或自由能的热校正量（获得焓的热校正量时建议用ZPE校正因子）。溶剂模型是否需要用看情况
(2)在(1)的结构下结合溶剂模型用高级别计算单点
然后将1和2的结果相加即可。此种做法步骤少，但相当于是在高级别下计算了溶解自由能，会比在溶剂模型专门参数化的级别下算的溶解自由能精度低。

2：这结果就是我要的吗？Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.187626

自由能的热校正量然后在此结构下计算高精度单点（如# B2PLYP/def2TZVP）。二者相加。

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-3-8 10:34
单点能计算的命令是这样吗？ #p B2PLYP/def2TZVP scrf=(solvent=dichloromethane) 这里要不要把溶剂去掉？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-8 11:33
1L的描述明显错误。你光用# B2PLYP/def2TZVP而不带溶剂模型怎么行？
另外，凡是用B2PLYP的时候都强烈建议改成B2PLYPD3，加D3校正不光对于弱相互作用，对于很多其它方面问题也有改善

自由能的热校正量就那么取
写成
#p B2PLYPD3/def2TZVP scrf=(solvent=dichloromethane)

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-3-8 12:08

sobereva 发表于 2019-3-8 11:33
1L的描述明显错误。你光用# B2PLYP/def2TZVP而不带溶剂模型怎么行？
另外，凡是用B2PLYP的时候都强烈建议 ...

好的谢谢老师

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-3-8 13:58

sobereva 发表于 2019-3-8 11:33
1L的描述明显错误。你光用# B2PLYP/def2TZVP而不带溶剂模型怎么行？
另外，凡是用B2PLYP的时候都强烈建议 ...

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Gaussian 09:  EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
               8-Mar-2019
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%chk=FccalcallDDN.chk
%nprocshared=16
Will use up to 16 processors via shared memory.
%mem=30GB
---------------------------------------------------
#p B2PLYPD3/def2TZVP scrf=(solvent=dichloromethane)
---------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p B2PLYPD3/def2TZVP scrf=(solvent=dichl
'
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr= 3
Error termination via Lnk1e in /public1/home/pg3231/g09/l1.exe at Fri Mar  8 13:42:34 2019.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1
老师提交以后出错提示是上面这样，不知道什么原因？

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-3-8 18:01

liuyjhx 发表于 2019-3-8 13:58
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Gaussian 09: EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
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问题解决了，换在自己的电脑上可以算，上传到超算一直提示错误

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-9 03:22

liuyjhx 发表于 2019-3-8 13:58
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Gaussian 09: EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
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这里写明了，从D.01开始才支持D3
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

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