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标题: 生成CGenFF力场文件并转换成gromacs格式的问题 [打印本页]

作者
Author: Little-Extra 时间: 2019-3-8 13:21
标题: 生成CGenFF力场文件并转换成gromacs格式的问题
最近要算一个生物分子，要使用到charmm力场和CGenFF。根据这个帖子（）http://sobereva.com/266）学习了一下先是用Gview生成了小分子的.mol2文件，上传到（https://cgenff.paramchem.org）网站上生成了对应的.str文件。最后用python脚本转完格式（python cgenff_charmm2gmx.py PA PA.mol2 PA.str charmm36-nov2018.ff），得到了.itp, .top, .prm, .pdb文件
itp文件里键长键角的参数都没有，请问是不是应该在charmm36-nov2018.ff里的ffbonded.itp和ffnonbonded.itp里找到再给pa.itp文件补全？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-8 13:51
不用自己去补，grompp发现里面没有参数，就会自动到ffbonded.itp的[bondtypes]等字段里去找参数用

作者
Author: Little-Extra 时间: 2019-3-8 13:54
谢谢卢老师，我运行了看看~

作者
Author: dlm 时间: 2023-10-1 16:32
老师，我的也没有键的信息，但是我不知道怎么解决？请问您是怎么解决的？我生成的小分子都没有双键结构

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