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标题: 如何用Amber计算一个体系的回旋半径Rg [打印本页]

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-3-9 10:10
标题: 如何用Amber计算一个体系的回旋半径Rg
请教各位大神，如何用Amber计算一个体系的回旋半径Rg

作者
Author: ggdh 时间: 2019-3-10 08:01
MDAnalysis可以直接给出回旋半径
见：
https://www.mdanalysis.org/MDAnalysisTutorial/atomgroups.html

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-10 08:32
最简单的方法就是把轨迹载入VMD，然后用measure rgyr atomselect0 weight mass就得到回转半径了，这里atomselect0是指比如atomselect top all返回的对象

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-3-10 16:03
amber 里面的cpptraj即可，选自amber14 manual

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-3-11 21:03

lijiayisjtu 发表于 2019-3-10 16:03
amber 里面的cpptraj即可，选自amber14 manual

谢谢

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