计算化学公社

标题: 安装ORCA，调用openmpi313,存在调用不出来的问题 [打印本页]
作者
Author: 江月照相似    时间: 2019-3-9 22:04
标题: 安装ORCA，调用openmpi313,存在调用不出来的问题
安装ORCA ,如下所示的.bashrc,文件,但是存在旧版本,不能正常测试,不知道怎么删除旧版本,我该怎么解决呢?

作者
Author: captain    时间: 2019-3-9 22:19
http://sobereva.com/451
如果你的机子里之前装有其它MPI库或OpenMPI的其它版本，且在终端里输入which mpiexec命令的时候指向的是那些库的目录，则ORCA有极大几率会无法正常并行，需要你恰当处理以避免其优先级盖过你自己新装的OpenMPI。具体怎么处理，关键取决于你当前机子里之前具体是怎么装的MPI库。如果你之前是把其它MPI库装到了你自定义的目录下而非默认的/usr/local/bin下面，你就把那个MPI库的目录名随便改一下，或者把那个MPI库在.bashrc里的配置语句注释掉（前面加#号）然后重新登录终端。如果其它MPI被你安装到了默认路径（如/usr/local下），可以把前文的$PATH:/sob/openmpi313/bin改为/sob/openmpi313/bin:$PATH、把$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi313/lib改为/sob/openmpi313/lib:$LD_LIBRARY_PATH，然后重新登录终端，之所以这样做会奏效是因为此时openmpi313的路径会先于其它路径出现在这俩环境变量里，会被优先利用。



作者
Author: 江月照相似    时间: 2019-3-10 09:21
好的，非常感谢您，我马上试试
作者
Author: plus    时间: 2019-3-10 11:08
建议使用environment-modules管理程序版本，都放在bashrc下面容易乱
作者
Author: wuy069    时间: 2019-3-10 21:58
第二张图3.PNG已经写的很清楚了，你的系统缺少libudev.so.0库文件，如果是CentOS6.x，这需安装libudev的rpm包，如果是CentOS7.x则需要安装systemd-libs的rpm包
作者
Author: 江月照相似    时间: 2019-3-11 08:40
好的，非常感谢您。我马上试试看

作者
Author: 江月照相似    时间: 2019-3-11 20:04
wuy069 发表于 2019-3-10 21:58
第二张图3.PNG已经写的很清楚了，你的系统缺少libudev.so.0库文件，如果是CentOS6.x，这需安装libudev的rpm ...

我查看了服务器，CentOS版本是5.8的，因为这是公共用的服务器，不大好改CentOS的版本。那安装libudev.so库文件应该安装哪一个软件包呢？
作者
Author: wuy069    时间: 2019-3-11 23:27
江月照相似 发表于 2019-3-11 20:04
我查看了服务器，CentOS版本是5.8的，因为这是公共用的服务器，不大好改CentOS的版本。那安装libudev.so ...

CentOS7才开始用systemd的，所以5.8和6.x差不多。

还有你之前说mpiexec还是1.6，那么你使用env |grep '^PATH'看看有没有openmpi1.6的，如果有给取消掉

查看PATH变量：echo $PATH
会出现： 路径1:路径2:路径3:路径4
假设openmpi1.6就是路径4，去掉这个变量
export PATH=路径1:路径2:路径3
这里当然还可以把openmpi3.1.3加上
作者
Author: xiaowandouer    时间: 2019-4-18 15:36
captain 发表于 2019-3-9 22:19
http://sobereva.com/451

请教：如果按此操作“你就把那个MPI库的目录名随便改一下，或者把那个MPI库在.bashrc里的配置语句注释掉（前面加#号）”会不会影响其他软件的使用？
作者
Author: 1213321702    时间: 2019-10-31 16:34
如果是windows系统装了MSMPI还是不能使用并行，是怎么回事？
作者
Author: sobereva    时间: 2019-11-1 07:35
1213321702 发表于 2019-10-31 16:34
如果是windows系统装了MSMPI还是不能使用并行，是怎么回事？

要么运行方式不对，要么装的版本不合适
作者
Author: Penson    时间: 2021-3-23 12:06
把之前装的别的版本的openmpi路径在.bashrc屏蔽后，还是出现了以下一些错误，请问是什么原因呢？用的是最新的orca 4.2.1, 配套的openmpi安装的是3.1.4版本的
(, 下载次数 Times of downloads: 42)
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-3-23 16:53
Penson 发表于 2021-3-23 12:06
把之前装的别的版本的openmpi路径在.bashrc屏蔽后，还是出现了以下一些错误，请问是什么原因呢？用的是最新 ...

这个跑的是跨节点任务吗？
作者
Author: Penson    时间: 2021-3-23 23:45
wzkchem5 发表于 2021-3-23 16:53
这个跑的是跨节点任务吗？

不是的，就是社长给的最简单的测试例子，用的单个服务器，没有设置使用核数，输入文件如附件



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