计算化学公社

标题: 请问观看结构文件时有办法把电荷标在原子的位置吗？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-10 12:30
标题: 请问观看结构文件时有办法把电荷标在原子的位置吗？
老师好，大家好，跑模拟前想检查原子电荷是不是给对位置了，请问观看聚合物分子或小分子的结构文件时有办法把电荷标在原子的位置吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-11 03:40
用比如gmx editconf -f nico.tpr -mead nico.pqr，然后用VMD载入此pqr，这样每个原子信息就读入了。之后把下文的脚本里的%i改成%q，然后在VMD里显示原子标签即可
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

但是上面的做法读入的电荷的位数太少，读入更多位数也可以通过下文的做法
将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法
http://sobereva.com/365（http://bbs.keinsci.com/thread-5417-1-1.html）

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-11 09:22

sobereva 发表于 2019-3-10 13:40
用比如gmx editconf -f nico.tpr -mead nico.pqr，然后用VMD载入此pqr，这样每个原子信息就读入了。之后把 ...

老师好，用VMD打开.pqr是这种样子怎么办

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-11 09:23
仔细检查文件内容

作者
Author: may123456 时间: 2024-5-7 14:37
请问是文件哪里出问题了遇到了相同的问题分子像是被压瘪了在同一平面上

作者
Author: yihanxu 时间: 2024-5-9 10:14

may123456 发表于 2024-5-7 14:37
请问是文件哪里出问题了遇到了相同的问题分子像是被压瘪了在同一平面上

好像没解决...真不好意思啊

作者
Author: yihanxu 时间: 2024-5-9 10:15

may123456 发表于 2024-5-7 14:37
请问是文件哪里出问题了遇到了相同的问题分子像是被压瘪了在同一平面上

您解决了吗？

作者
Author: may123456 时间: 2024-5-15 13:36

yihanxu 发表于 2024-5-9 10:15
您解决了吗？

你可以看一下原子编号和名称那里有没有问题

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