计算化学公社

标题: gromacs5 版本关于自由能计算教程的histogram.xvg绘图问题 [打印本页]

作者
Author: tbw@zyc 时间: 2015-6-8 16:46
标题: gromacs5 版本关于自由能计算教程的histogram.xvg绘图问题
如题，得到了histogram.xvg文件但其里面数据很多，用手动的方式分开然后做图不太现实呀。N（∂H/∂λ）图1
N(ΔH）图2 用xmgrace histogram.xvg 得到的图3,困惑求分开绘图的方法

作者
Author: tbw@zyc 时间: 2015-6-8 16:54
抱歉呀，第2张图没传好，linux下截图传图还是没WIN方便，http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... gy/07_analysis.html这个是教程里面对得到的histogram.xvg分开做图的链接，

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-8 23:56
我手头没有histogram.xvg，你先压缩一下，如果不超过10MB作为附件传上来，如果更大，发个网盘链接，我具体看看。

作者
Author: tbw@zyc 时间: 2015-6-9 10:35
我太马虎了居然忘记上传文件了，抱歉。SOB大师我还有个疑问，有人建议我做吉布斯自由能别用gromacs自带的bar工具说它算不准，这是真的吗？

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-6-9 11:19
可以试试 PLUMED 2.0 试试，貌似做蛋白的用的比较多

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-9 15:20

tbw@zyc 发表于 2015-6-9 10:35
我太马虎了居然忘记上传文件了，抱歉。SOB大师我还有个疑问，有人建议我做吉布斯自由能别用gromacs自带的ba ...

看样子只能自己写个程序去分割这个文件了。
g_bar我研究不多。

作者
Author: chenzikang715 时间: 2022-11-28 22:50
你好请问，histogram.xvg输出错误是什么原因呀

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)