计算化学公社

标题: 求助绘制NNA的问题 [打印本页]

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-3-13 21:05
标题: 求助绘制NNA的问题
想请教一下老师，Multiwfn如何画出图中所示的样子，就是在结构的下方显示出NNA，根据老师发的教程尝试了好多次，都没有NNA出现，相问一下是怎么画出来的，万分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-14 04:35
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“求助”改了，以后请务必注意。

先说明你到底是要绘制左边的图还是右边的图。

用Multiwfn主功能2做电子密度拓扑分析肯定能找到NNA，但是需要特殊的搜索方式，一般用主功能2的选项6来搜索明显不在原子间连线上的电子密度临界点，这里提了
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
找到对应NNA的临界点后自然就能看到了

你右边的图是ELF等值面图，直接用Multiwfn主功能5绘制ELF就完了，看手册4.5节的例子

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-3-14 09:03

sobereva 发表于 2019-3-14 04:35
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把 ...

老师，我是要绘制左边那个NNA的图，按照您说的我选择了主功能2里面的6，出来了图片上的一些内容，我不知道该选择哪个了，接下来是要自己填一些参数什么的吗？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-14 17:17

大慧慧发表于 2019-3-14 09:03
老师，我是要绘制左边那个NNA的图，按照您说的我选择了主功能2里面的6，出来了图片上的一些内容，我不知 ...

我贴的http://sobereva.com/108里面有明确说明：

有时候找不到临界点是由于初猜位置不合适。初猜点越接近临界点，就越有可能收敛到临界点。对极个别体系，选项2~5的方式设定的初猜点可能都不合适，故而会漏掉某些临界点，此时建议用选项6的方式设定初猜点。这种设定方式比较野蛮但是可靠强大。选项6会定义一个球心，然后让指定数目（通常设几百乃至上千）的初猜点随机分布在球体中来寻找临界点，只要能让初猜点随机分布的范围能够包含或者与潜在的临界点位置比较近，通常就能将那些临界点找出来。选项6的子选项1~6以不同方式定义这个球体的中心，10用来定义球体半径，11用来设定将有多少个初猜点随机分布在球体中，选0就开始执行搜索。如果选择子选项-1，则用户不必设定球心，球心会自动依次定义在每个原子核上，也就是说，每个原子附近都会分布一堆初猜点来搜索临界点。如果用子选项-2，则球心会自动依次定义在指定的原子核上，而非所有原子核上。

仔细理解了这段话自然就知道该怎么处理。若不怕耗时高，但求省事、肯定能给你找到，就选-1

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-3-14 18:58

sobereva 发表于 2019-3-14 17:17
我贴的http://sobereva.com/108里面有明确说明：

仔细理解了这段话自然就知道该怎么处理。若不怕耗时 ...

老师，选择完-1后，出现了图片1的一些命令，是选择9返回然后再按0看结构图，但是出来的结构图如1所示，海慧寺没有想要地那个在li原子下边的NNA的小红点？麻烦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-15 06:40

大慧慧发表于 2019-3-14 18:58
老师，选择完-1后，出现了图片1的一些命令，是选择9返回然后再按0看结构图，但是出来的结构图如1所示，海 ...

用选项2把中心设在Li原子上，再用选项10把半径加大到5，再选选项11把点数增加到5000，然后选0再找。此时以Li原子为中心在半径为5 Bohr的范围内撒5000个初猜点，如果实际的(3,-3)就在这个范围内怎么也找到了。

还解决不了把文件压缩后上传

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-3-15 14:24

sobereva 发表于 2019-3-15 06:40
用选项2把中心设在Li原子上，再用选项10把半径加大到5，再选选项11把点数增加到5000，然后选0再找。此时 ...

老师，按照您说的还是没有找到那个表示NNA的红点，上传了.wfn文件在附件中，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-15 16:54

大慧慧发表于 2019-3-15 14:24
老师，按照您说的还是没有找到那个表示NNA的红点，上传了.wfn文件在附件中，谢谢老师

我可以很肯定地说当前你这个体系就是不存在NNA
按照此文的方法直接就可以判断这一点
利用约化密度梯度考察AIM临界点的位置
http://sobereva.com/267（http://bbs.keinsci.com/thread-449-1-1.html）

当前这个体系，某些计算级别下可能有NNA，但起码你当前产生波函数的级别下没有那个NNA

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、加快下载速度。超标的附件我已经删了。

作者
Author: 大慧慧 时间: 2019-3-15 18:10

sobereva 发表于 2019-3-15 16:54
我可以很肯定地说当前你这个体系就是不存在NNA
按照此文的方法直接就可以判断这一点
利用约化密度梯度 ...

好的，那我明白了，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)