计算化学公社

标题: AICD作图分子重合了,该怎样处理？ [打印本页]

作者
Author: zhww 时间: 2019-3-14 10:07
标题: AICD作图分子重合了,该怎样处理？
做了苯的正常，做卟吩的，分子重合了，该怎么处理一下？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-14 11:20
绘制只包含一个视角的图

作者
Author: zhww 时间: 2019-3-14 15:50
本帖最后由 zhww 于 2019-3-14 15:58 编辑

好像也不行，只能截取分子的一部分，不能取整个分子，好像分子超出了绘图空间。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-14 17:21

zhww 发表于 2019-3-14 15:50
好像也不行，只能截取分子的一部分，不能取整个分子，好像分子超出了绘图空间。

调整视角设置，看
使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
http://sobereva.com/147

如果想在渲染时让视野更大一些，可以将.RenderMich.pov文件开头的location <0, 0, -250>中的-250进行修改，越负视野越大。如果想调节分子朝向，可以在运行AICD时利用-rot选项进行设定，或者直接修改已经生成的.Rotate.inc里面的三个量，和使用-rot是等效的。

作者
Author: X教授 时间: 2019-3-29 00:15
首先建议楼主在输出AICD文件的时候可以将格点数目设置到800000然后加上-s（就是等值面变得平滑）。对于视角问题正如sobereva老师的教程所写，更改location <0, 0, -250>，可以改到-1250，应该可以看到整个分子。最后如果分子比较大，AICD输出三个视角图片的时候很容易重叠，办法也在sobereva教程里面，调整每一个图像的位置，可以慢慢试，最终所有的结构可以分开。

作者
Author: 乐平 时间: 2022-4-14 22:10
推荐看这个博文，https://wongzit.github.io/visualization-of-aromaticity-aicd/

里面的例子虽然和 Sob 老师的例子相似，但是图呈现得更形象。

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