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标题: 水的含频介电谱模拟求助 [打印本页]

作者
Author: t13340033021 时间: 2019-3-15 03:00
标题: 水的含频介电谱模拟求助
大家好，
最近我重复J. Chem. Phys. 148, 024508 (2018); https://doi.org/10.1063/1.5001928 的介电谱的计算
使用的是tip4p-ew 水分子在5*5*5的周期性盒子中先进行了能量最小化 NPT平衡后跑的1ns 的NVT
然后使用如下命令获取了矫正后的dipcorr.xvg 文件

gmx dipoles -corr total -c -f md-nvt.trr -s md-nvt.tpr

其中输出的偶极矩 e0 Epsilon = 62.9141 是符合文献的

下一步使用了gmx dielectric -f dipcorr.xvg -eps0 62.9 -ffn aexp 计算介电常数输出的epsw 完全偏离文献值甚至完全不合理

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然后试图通过手动拟合dipcorr.xvg中前段指数衰减的部分0-10ps 用文献的Debye relaxation model公式手动计算e' 和e''

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似乎的到了合理的结果

Google了 gmx dielectric 这个功能似乎没有多少人讨论过最为含糊的是-epsRF 这个参数不指定好像就是inf 感觉哪里不对

这个功能引用的J. Chem. Phys. 108 (1998) pp. 10220-10230 的确用的是不同的公式

附件是gmx dielectric 产生的 deriv.xvg文件适合软件拟合的很差

不知道有没有人知道我哪里做错了吗？
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作者
Author: darkfish31 时间: 2021-3-9 18:55
您好，请问重复计算水的介电常数那个问题您解决了吗，请问您得到的e0 Epsilon的mdp文件是怎样设置的呢，我按照您重复的那篇文献中设置，似乎结果总是和他差2-3

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