计算化学公社

标题: 求助怎样用packmol和gromacs跑分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-3-15 09:28
标题: 求助怎样用packmol和gromacs跑分子动力学模拟
请加一下各位大神有没有相关的教程

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-15 09:44
packmol官网上就有现成的例子文件。
小分子gmx拓扑文件用此文的工具生成
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

搞好了top文件，把结构文件一起给grompp产生tpr，然后mdrun跑就完了

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-3-15 09:49

sobereva 发表于 2019-3-15 09:44
packmol官网上就有现成的例子文件。
小分子gmx拓扑文件用此文的工具生成
几种生成有机分子GROMACS拓扑文 ...

好的谢谢老师

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-3-19 16:43

sobereva 发表于 2019-3-15 09:44
packmol官网上就有现成的例子文件。
小分子gmx拓扑文件用此文的工具生成
几种生成有机分子GROMACS拓扑文 ...

老师，我想在Linux系统安装antechamber和acpype，有没有安装和使用教程

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-19 17:00

晓滨MD 发表于 2019-3-19 16:43
老师，我想在Linux系统安装antechamber和acpype，有没有安装和使用教程

acpype不用安装，就一个脚本，直接用
装antechamber等同于装ambertools。

这是写给北京科音分子动力学与gmx培训班学员在CentOS 7.x下的ambertools 18的安装过程

将AmberTools18.tar.bz2解压到/sob下。
运行yum install libXt-devel libXext-devel libX11-devel libICE-devel libSM-devel
在~/.bashrc末尾加上export AMBERHOME=/sob/amber18，之后重新进入终端。
在amber18目录下运行./configure --skip-python gnu。程序会自动检测补丁包，发现有补丁包，输入y自动下载安装（如果中途失败，就再次运行./configure --skip-python gnu。如果总是失败，干脆输入n不下载安装补丁包）。
在~/.bashrc末尾加上source /sob/amber18/amber.sh，之后重新进入终端。
在amber18目录下运行make install。
经过20分钟左右编译完毕，输入antechamber看是否能启动，即冒出一堆信息来。之后把AmberTools的压缩包删掉。
注：有人问编译完成后屏幕上显示“/sob/amber18/src/Makefile not found...”怎么解决，这根本不是报错，完全不用管。

作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-3-20 17:14

sobereva 发表于 2019-3-19 17:00
acpype不用安装，就一个脚本，直接用
装antechamber等同于装ambertools。

老师，我安装了ambertools18，然后在http://svn.code.sf.net/p/ccpn/co ... ccpn/python/acpype/这个网站里直接复制了acpype.py的所有内容，直接在终端里运行./acpype.py -i xxx.mol2就可以吗？但是我现在只有pdb文件，是不是要装换成别的文件才可以运行，还是把mol2改成pdb直接运行就可以

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-21 11:36

晓滨MD 发表于 2019-3-20 17:14
老师，我安装了ambertools18，然后在http://svn.code.sf.net/p/ccpn/code/branches/stable/ccpn/python/a ...

是
先用诸如openbabel或gview转成mol2

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