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标题: 用ORCA做从头算分子动力学模拟时的温度问题 [打印本页]

作者
Author: dmg123 时间: 2019-3-15 22:20
标题: 用ORCA做从头算分子动力学模拟时的温度问题
%md
  initvel 300_K
timestep 1_fs
  thermostat berendsen 300_K timecon 1.5_ps
  dump position stride 1 filename "trajectory.xyz"
  run 1500
end
各位老师，这是在ORCA4.1.0中设置的输入卡，想让温度保持在300K,但是算完以后OUT文件中温度不是保持在300k, 一直在变，下面是我温度的部分变化,哪位可以帮我解决一下，解释一下为什么会这样
Temp
   [K]
---------
  300.00
  292.12
  297.11
  332.30
  405.07
  516.40
  661.28
  834.25
1034.50
1266.55
1537.37
1852.43
2212.94
2615.04
3052.23
3519.26
4015.88
......

作者
Author: captain 时间: 2019-4-9 19:26
本帖最后由 captain 于 2019-4-9 19:28 编辑

timecon 1.5_ps ???
The timecon modifier sets the coupling strength of the thermostat (large time constants correspond to weak coupling).
The default value is 10 fs, which is a relatively strong coupling. Values in the range of 10 ... 100 fs are reasonable.

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-4-10 08:51
交流一下，最近也在用ORCA做AIMD，找手册先编了一个输入文件：
! MD BLYP D3 def2-SVP
%pal nprocs 56 end
%maxcore 2000
%md
  initvel 2000_K
  timestep 0.5_fs
  thermostat berendsen 2000_K timecon 10.0_fs
  dump position stride 1 filename "trajectory.xyz"
  run 2000
end
* xyz 0 1
aaa
*
正常结束，最后的温度也在2000K左右，但是误差也较大：
1931.05
1846.41
1752.90
1670.65
1623.53
1627.46
1681.43
1768.83
1867.73
1961.06
2039.83
2100.61
2142.28
2165.12
2171.37
2165.66
2154.36
2144.18
2140.37
2145.47
2158.70
2175.81
2189.50
2190.78
2171.15
楼上说的timecon是手册的推荐值，我用了10，不知道这个温度偏差这么大是什么原因造成的。

作者
Author: captain 时间: 2019-4-10 10:31

ShuangfeiZhu 发表于 2019-4-10 08:51
交流一下，最近也在用ORCA做AIMD，找手册先编了一个输入文件：
! MD BLYP D3 def2-SVP
%pal nprocs 56 en ...

这个温度偏差应该还算在合理的范围内

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-4-10 10:53

captain 发表于 2019-4-10 10:31
这个温度偏差应该还算在合理的范围内

好的，谢谢啦，刚看了手册，目前只支持Berendsen热浴，Nose–Hoover热浴在以后才会支持，用Nose–Hoover后效果应该会好一些吧？

作者
Author: captain 时间: 2019-4-10 10:58

ShuangfeiZhu 发表于 2019-4-10 10:53
好的，谢谢啦，刚看了手册，目前只支持Berendsen热浴，Nose–Hoover热浴在以后才会支持，用Nose–Hoover ...

有可能

作者
Author: biogon 时间: 2019-4-11 09:21
你这个做完了能正常输出trajectory.xyz吗

作者
Author: dmg123 时间: 2019-4-12 15:04

biogon 发表于 2019-4-11 09:21
你这个做完了能正常输出trajectory.xyz吗

可以正常输出

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