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标题: 请教各位，使用AIM计算氢键时与IGM模型计算的结果并不一致是为什么呢？ [打印本页]

作者
Author: shaco 时间: 2019-3-18 12:34
标题: 请教各位，使用AIM计算氢键时与IGM模型计算的结果并不一致是为什么呢？
各位老师好，最近拜读了Sober老师《使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图》及《通过独立梯度模型（IGM）考察分子内和分子间的弱相互作用》两篇博文，受益匪浅。最近对自己的课题进行研究的过程中，出现了一些问题，想请教下各位老师。首先，我对同一团簇分子进行了拓扑分析和IGM分析，AIM结果显示C-H···O键处并无键径（所有拓扑点均已找到），但IGM结果显示该处有相互作用，且为静电吸引作用（略显蓝色）如图1,2所示。但按照化学常识，该氢键的键角已大于30度，应该很难存在氢键，所有IGM分析的结果应该如何解释？解释为vdW弱相互作用是否合理？其次，在后续的研究过程中，通过AIM寻找氢键时，我发现了一种情况，氧原子处伸出的键径直接指向了C-H键，具体情况如图3（C16-H20···O83）,图4（C1-H3···O84）所示，请问这种情况是否属于氢键的范畴？是否有类似的结构模型，如半氢键等说法来解释该结构特征？如上两个问题还请各位老师不吝赐教！万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-18 15:44
RDG或者IGM可以更完整地揭示弱相互作用存在的区域，而AIM根据临界点去判断，很多时候会有遗漏，例如：

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至于你的IGM等值面图，不一定非得解释成典型氢键，可以解释成弱氢键，并伴随着周围的大面积的色散作用。

那个不是指向了C-H，实际上还是通向碳，只不过最后一段被键给掩盖了。
这种看似古怪情况也是体现键径这种东西只是数学上定义的，未必有确切化学意义。此时应当用RDG或IGM来分析解释

作者
Author: shaco 时间: 2019-3-19 14:28

sobereva 发表于 2019-3-18 15:44
RDG或者IGM可以更完整地揭示弱相互作用存在的区域，而AIM根据临界点去判断，很多时候会有遗漏，例如：

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多谢sober老师！我再多体会一下里面的道理，看能否更合适的运用到自己的课题里面去。十分感谢！

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