计算化学公社

标题: ORCA计算能量scf不收敛 [打印本页]

作者
Author: absoluteju 时间: 2019-3-19 19:22
标题: ORCA计算能量scf不收敛
各位老师好，我想计算一个比较大的体系的能量，总共有464个原子，参考了sobereva老师的文章http://sobereva.com/214，输入文件如下
!BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2/J pal8 nopop
%maxcore 3000
%scf
shift shift 0.1 erroff 0.1 end
soscfstart 0.00033
end
* xyz 0 1
O    2.12500000    14.16400000    -1.91000000
H    1.34100000    14.43600000    -1.39200000
O    0.31900000    12.42900000    -6.85100000
H    -0.59900000    12.68300000    -7.07100000
O    -3.67600000    14.84300000    -4.66100000
O    -0.26800000    14.88000000    -1.27100000
O    -2.07300000    13.17200000    -7.35500000
O    -3.66300000    15.86600000    -6.77800000
O    4.09900000    15.53300000    -3.70500000

.....
....
(, 下载次数 Times of downloads: 69)
在论坛找里看了很多前辈们的经验，但是以前没接触过，还是不懂怎么解决，请各位老师指导一下。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-3-19 19:52
倒数第二步的能量变化上百Hartree，感觉（不太确定）是类似程序Bug发散了？

作者
Author: absoluteju 时间: 2019-3-19 20:08

liyuanhe211 发表于 2019-3-19 19:52
倒数第二步的能量变化上百Hartree，感觉（不太确定）是类似程序Bug发散了？

这个是输出结果，最后波动很大

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-19 20:41
理论方法改成B97-3c再试。虽然跟这个问题没直接关系，但这个级别比起BLYP-gCP-D3更好，而且耗时相仿佛，说不定恰好也没不收敛问题

如果不改理论方法，把%scf去掉，加上veryslowconv再试

作者
Author: plus 时间: 2019-3-19 20:50
纯GGA泛函加上KDIIS比较好用，有收敛的趋势可以加大迭代次数

作者
Author: absoluteju 时间: 2019-3-20 18:44

sobereva 发表于 2019-3-19 20:41
理论方法改成B97-3c再试。虽然跟这个问题没直接关系，但这个级别比起BLYP-gCP-D3更好，而且耗时相仿佛，说 ...

sobereva老师，我把%scf去掉，加上veryslowconv，结果还是不收敛，还有别的解决办法吗 (, 下载次数 Times of downloads: 53) (, 下载次数 Times of downloads: 59) (, 下载次数 Times of downloads: 52)

作者
Author: absoluteju 时间: 2019-3-20 18:46

plus 发表于 2019-3-19 20:50
纯GGA泛函加上KDIIS比较好用，有收敛的趋势可以加大迭代次数

我试了增加迭代次数，但是显示输入文件有问题，能帮忙写一下吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-20 19:36
结构怎么来的？如果初始结构可能有不合理性，可以先用分子力场优化下再用DFT搞

作者
Author: absoluteju 时间: 2019-3-20 19:45

sobereva 发表于 2019-3-20 19:36
结构怎么来的？如果初始结构可能有不合理性，可以先用分子力场优化下再用DFT搞

结构是从剑桥数据库找的，在MS上优化过切割出来的，一共有4个分子，两个分子各带一个正电荷，另外两个各带一个负电荷，不知道是不是这个原因，如果用Multiwfn+VMD画静电势图，不收敛的计算得到的gbw文件可以用吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-21 11:32

absoluteju 发表于 2019-3-20 19:45
结构是从剑桥数据库找的，在MS上优化过切割出来的，一共有4个分子，两个分子各带一个正电荷，另外两个各 ...

和带电状态没直接关系。记得MS里只优化氢原子，不要优化重原子。

你目前的收敛精度还明显不够
倒是可以考虑用xtb算一下得到.molden文件。xtb的速度极快，也容易SCF收敛，至少给你个定性正确的静电势分布应该是够的
然后把.molden用Multiwfn转换为.fch文件（为了能利用cubegen快速算静电势），再按照博文里的做法去绘图

作者
Author: absoluteju 时间: 2019-3-22 09:57

sobereva 发表于 2019-3-21 11:32
和带电状态没直接关系。记得MS里只优化氢原子，不要优化重原子。

你目前的收敛精度还明显不够

感谢老师！

作者
Author: absoluteju 时间: 2019-3-23 14:16

sobereva 发表于 2019-3-21 11:32
和带电状态没直接关系。记得MS里只优化氢原子，不要优化重原子。

你目前的收敛精度还明显不够

Sobereva老师，计算得到fch文件后，参考http://sobereva.com/443做静电势图，但是没有输出ESP1.cub文件， (, 下载次数 Times of downloads: 55) 求老师指导。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-23 15:05

absoluteju 发表于 2019-3-23 14:16
Sobereva老师，计算得到fch文件后，参考http://sobereva.com/443做静电势图，但是没有输出ES ...

如果用的不是最新Multiwfn版本，更新到最新再试
如果还有问题，把fch文件具体产生过程都告诉我。如果fch压缩后不超过5MB，上传我看看

作者
Author: absoluteju 时间: 2019-3-23 16:02

sobereva 发表于 2019-3-23 15:05
如果用的不是最新Multiwfn版本，更新到最新再试
如果还有问题，把fch文件具体产生过程都告诉我。如果fch ...

Multiwfn版本是3.6版本，文件是这样产生的。先从materials studio里保存pbd文件，然后用Multiwfn转换成.xyz文件获得原子坐标信息，然后ORCA的输入文件这样写的 (, 下载次数 Times of downloads: 65) 结果收敛了，.gbw文件用orca_2mkl xx -molden命令产生molden文件，然后用Multiwfn转换成fch文件，文件压缩后有100多mb，是不是因为体系太大不能这么作图呀？我用Multiwfn里带的水例子试了一下，也会显示出很多unknow，但是输出结果和做图没问题，

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-24 04:28

absoluteju 发表于 2019-3-23 16:02
Multiwfn版本是3.6版本，文件是这样产生的。先从materials studio里保存pbd文件，然后用Multiwfn转换成.x ...

跟文件大小没直接关系。不应该显示什么unknown

计算流程看起来没问题

3.6目前根本没有发布。对于3.6(dev)一定要看清楚你用的具体是哪天更新的，和官网上最后更新日期对照

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)