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标题: 如何解决Domain decomposition does not work with nstlist=0呢？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-21 11:42
标题: 如何解决Domain decomposition does not work with nstlist=0呢？
本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-29 21:40 编辑

sob老师好，大家好，
为一个聚合物链运行一个真空下的MD或者EM,出现：
Domain decomposition does not work with nstlist=0
想请教大家如何解决？多谢！

作者
Author: beyond 时间: 2019-3-21 16:58
提示说的很明白啊，修改mdp文件中的nstlist，使之>0

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-22 02:35

beyond 发表于 2019-3-21 02:58
提示说的很明白啊，修改mdp文件中的nstlist，使之>0

谢谢。请问不可以等于0吗？为什么呢？

作者
Author: beyond 时间: 2019-3-23 01:05

yihanxu 发表于 2019-3-22 02:35
谢谢。请问不可以等于0吗？为什么呢？

那你为什么要设为0呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-23 03:50
你的这个链本身是有限长度的，还是无限长度的跨越盒子那种？如果是前者，em.gro里就不应该有盒子信息，而且看着是PBC形式记录的轨迹。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-23 03:51

beyond 发表于 2019-3-23 01:05
那你为什么要设为0呢

0对应The neighbor list is only constructed once and never updated. This is mainly useful for vacuum simulations in which all particles see each other

真空下模拟，考虑无穷远范围的相互作用，邻居列表只需要这样要求一开始构建一次就够了。对于有限长度的不用pbc的真空下模拟的情况，这样是合适的。

作者
Author: beyond 时间: 2019-3-23 04:07

sobereva 发表于 2019-3-23 03:51
0对应The neighbor list is only constructed once and never updated. This is mainly useful for vacuu ...

原来如此，没做过真空模拟，对于这点倒是没了解
受教了！

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-23 08:56
sob老师好，请问rlist和buffer距离是一个概念吧

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-23 09:04

sobereva 发表于 2019-3-22 13:50
你的这个链本身是有限长度的，还是无限长度的跨越盒子那种？如果是前者，em.gro里就不应该有盒子信息，而且 ...

是有限长度的。谢谢老师，我再仔细检查检查。构建邻居列表时用的group方式，这方式基于电荷组，但是GAFF力场的每个原子自己是一个电荷组，需要手动把原子归到电荷组让每个电荷组的总电荷为零吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-23 15:01

yihanxu 发表于 2019-3-23 09:04
是有限长度的。谢谢老师，我再仔细检查检查。构建邻居列表时用的group方式，这方式基于电荷组，但是GAFF ...

不用管电荷组的问题，和当前问题无关

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-23 15:02

yihanxu 发表于 2019-3-23 08:56
sob老师好，请问rlist和buffer距离是一个概念吧

不一码事
buffer距离是rlist与cutoff之差

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-24 10:34

sobereva 发表于 2019-3-23 01:02
不一码事
buffer距离是rlist与cutoff之差

谢谢老师！不然我就理解错了。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-30 11:42
本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-29 21:49 编辑

sobereva 发表于 2019-3-23 01:02
不一码事
buffer距离是rlist与cutoff之差

您讲的金原子撞击金板例子中rlist和cutoff都设为1.2，buffer就是零了，就是说邻居列表范围和cutoff范围是一样的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-30 12:26

yihanxu 发表于 2019-3-30 11:42
您讲的金原子撞击金板例子中rlist和cutoff都设为1.2，buffer就是零了，就是说邻居列表范围和cutoff范围是 ...

对于不同gmx版本，rlist的实际意义不同
目前的gmx默认用cutoff-scheme=verlet，此时根本不需要设rlist，程序总会自动调合适

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-31 08:22

sobereva 发表于 2019-3-29 22:26
对于不同gmx版本，rlist的实际意义不同
目前的gmx默认用cutoff-scheme=verlet，此时根本不需要设rlist， ...

谢谢老师。如果是gmx2018.4且设置如下，buffer距离是0吗？
pbc = xyz
rlist = 1.2
nstlist = 1
cutoff-scheme = group
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = no

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-31 12:30

yihanxu 发表于 2019-3-31 08:22
谢谢老师。如果是gmx2018.4且设置如下，buffer距离是0吗？
pbc = xyz
rlist = 1.2

一看手册就知道，你手动设这个没意义，程序是自动确定的
With the cutoff-scheme=Verlet cutoff-scheme, this is by default set by the verlet-buffer-tolerance option and the value of rlist is ignored.

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-15 10:54
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-15 21:14 编辑

@sobereva 老师好，我想研究真空中分子间相互作用，参考了Actos四聚体分子自组装的MD模拟。体系包含43个S4（2-）阴离子、86个Li+阳离子、和1个聚合物链。但是提交md任务后会出现Fatal error: Domain decomposition does not work with nstlist=0，请问该怎么解决呢？在其他条件都不变的情况下，我又分别试了只放1个聚合物链、1个聚合物链+1组离子（1个S4+2个Li）、1个聚合物链+5组离子，都没有报错，但是1个聚合物链+10组离子就会发生相同的错误了。请老师指点。谢谢。

附md.mdp
define =
integrator = md
dt       = 0.002 ; ps
nsteps    = 3000000
comm-grps  = system
comm-mode  = Angular
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = no
nstlist = 0
rlist = 0
cutoff-scheme = group
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 0
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-16 11:22
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-15 21:23 编辑

@sobereva 老师好，因为上一楼的error我没能解决，所以又参考了纳米水球MD模拟的设置来研究真空中分子间相互作用，但还是没成功，可以请老师帮忙看看可以怎么办吗？谢谢。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-17 09:59
mdrun用了-nt 1，可以计算了

作者
Author: mol 时间: 2020-4-18 20:48

yihanxu 发表于 2019-4-17 09:59
mdrun用了-nt 1，可以计算了

lz您好，我们碰到了类似的问题，但不能一直一个核跑吧，您后来找到更合适的解决办法了吗

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-4-19 04:49

mol 发表于 2020-4-18 06:48
lz您好，我们碰到了类似的问题，但不能一直一个核跑吧，您后来找到更合适的解决办法了吗

很可惜没找到其他好办法有的情况试其他的核数说不准几个核可以

作者
Author: 一条君 时间: 2020-12-6 21:30

sobereva 发表于 2019-3-23 03:50
你的这个链本身是有限长度的，还是无限长度的跨越盒子那种？如果是前者，em.gro里就不应该有盒子信息，而且 ...

请问老师链本身是有限长度的，em.gro里就不应该有盒子信息——是删掉gro文件最后一行解决吗？删掉后还是报Domain decomposition does not work with nstlist=0，请问如何解决呢，谢谢

作者
Author: 一条君 时间: 2020-12-6 21:30
请问同学你最后是怎么解决的呢，谢谢

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-12-7 04:58

一条君发表于 2020-12-6 07:30
请问同学你最后是怎么解决的呢，谢谢

mdrun用了-nt 1，可以计算了

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-4-13 22:06

yihanxu 发表于 2019-3-23 09:04
是有限长度的。谢谢老师，我再仔细检查检查。构建邻居列表时用的group方式，这方式基于电荷组，但是GAFF ...

请问你当时是怎么解决这个问题的？我现在也遇到了，谷歌目前也没找到解决方法，是不是和并行有关系？

作者
Author: yihanxu 时间: 2021-4-14 10:39

王采岑发表于 2021-4-13 08:06
请问你当时是怎么解决这个问题的？我现在也遇到了，谷歌目前也没找到解决方法，是不是和并行有关系？

mdrun用了-nt 1，可以计算了

作者
Author: 王采岑 时间: 2021-4-14 10:44

yihanxu 发表于 2021-4-14 10:39
mdrun用了-nt 1，可以计算了

我用-nt 1 会出现下面的错误。
Fatal error:
The total number of threads requested (1) is not divisible by the number of
thread-MPI ranks requested (6)
我刚发了一个帖子问，在谷歌上搜到的是要用少于8个线程，可以不调用Domain decomposition，这个应该是MPI的问题，我还没弄清楚，对inux的知识少了，等社长或其他大佬回复，再来

作者
Author: yihanxu 时间: 2021-4-14 14:14

王采岑发表于 2021-4-13 20:44
我用-nt 1 会出现下面的错误。
Fatal error:
The total number of threads requested (1) is not divis ...

嗯嗯要是他们回复了请艾特我谢谢！你可以先试试其他数目

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