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标题: MS8.0几何优化原子跑出去求助 [打印本页]

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-3-21 20:03
标题: MS8.0几何优化原子跑出去求助
各位大神，小弟初学MS 8.0，遇到点问题。
我在用MS8.0按教程研究高分子聚合物在化合物表面的吸附模拟。为什么用同样的几何优化方法，氧化铝原子没跑出去而氮化硅原子跑出去了？跑出去的原子是没有添加约束，全部添加约束后不能进行几何优化。
另外，网上下载了packmol，网上安装教程看不懂，有通俗易懂的安装及使用教程吗？

作者
Author: yiranfengbai 时间: 2019-3-21 20:19
你怎么没加真空层呢？

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-3-21 21:04

yiranfengbai 发表于 2019-3-21 20:19
你怎么没加真空层呢？

这个是几何优化完，再用supercell，再加真空层，教程就是这么个顺序

作者
Author: SherryLiu 时间: 2019-3-22 03:25
优化化合物表面+吸附分子：1. 优化底层分子，需要先优化晶胞，晶胞优化好后可以切表面，然后加大Supercell，然后再建真空层，然后再优化+计算底层分子；
2. 吸附分子，需要先在真空中优化构型；3. 优化好的吸附分子再摆到适当的优化好的底层结构上，再继续优化吸附构型。

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-3-22 08:05

SherryLiu 发表于 2019-3-22 03:25
优化化合物表面+吸附分子：1. 优化底层分子，需要先优化晶胞，晶胞优化好后可以切表面，然后加大Supercell ...

谢谢你，我试试看。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-22 12:11
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“MS8.0几何优化”改了，以后请务必注意
不同问题别合在同一个帖子里问，否则信息的秩序会被搞乱

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-22 12:13
packmol安装：
将packmol-17.333.tar.gz解压，进入解压的目录，输入make即可编译。
然后修改~/.bashrc，在末尾加上比如export PATH=$PATH:/sob/packmol-17.333。保存后重新进入终端，输入packmol检查是否能正常启动，即冒出一堆信息来，能冒出来就对了。

运行方法：packmol < packmol.inp

一个例子
(, 下载次数 Times of downloads: 87)

官网上有更多的例子

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-3-22 13:50

sobereva 发表于 2019-3-22 12:11
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348 ...

第一次发帖，以后会注意的，谢谢sob老师的解答。

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-3-22 14:00

sobereva 发表于 2019-3-22 12:13
packmol安装：
将packmol-17.333.tar.gz解压，进入解压的目录，输入make即可编译。
然后修改~/.bashrc， ...

老师，真不明白，解压后，在哪输入make啊，，，

作者
Author: naoki 时间: 2019-3-22 16:06

星空DMU 发表于 2019-3-22 14:00
老师，真不明白，解压后，在哪输入make啊，，，

进入解压目录，打开终端（右击空白处-Open in Terminal），输入make。

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-3-22 21:05
解压完是这样的，右击空白处？？？没有打开终端啊，我有点蒙，各位大神。

作者
Author: naoki 时间: 2019-3-23 01:32
原来你是在Win下用Packmol啊，刚才Sob老师说的是在Linux下编译安装的操作。可以去官网看看在Win下怎么编译，也可以在网上找找看编译好的可执行文件，我记得是有的。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-23 04:51
专门写了个文章，一站式弄懂packmol

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: 风实验室 时间: 2019-12-15 17:38
你好，请问一下您照着help里的粒子跑氮化碳，原子跑出去的原因找到了么？是什么原因造成的，麻烦您给说说。

作者
Author: 风实验室 时间: 2019-12-19 00:09

SherryLiu 发表于 2019-3-22 03:25
优化化合物表面+吸附分子：1. 优化底层分子，需要先优化晶胞，晶胞优化好后可以切表面，然后加大Supercell ...

你好，晶胞怎么能优化呢？每次都是失败的？您能给指导一下吗？还有就是你说的这些步骤和help里的完全不一样呀。

作者
Author: 风实验室 时间: 2019-12-19 00:12

sobereva 发表于 2019-3-22 12:11
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348 ...

sob老师您好，楼主的这个问题我在模拟过程中也遇到了，可是按照sherryliu的步骤是继续不下去的呀,而且他的步骤与help里的完全不一样，您能给指导下下么？十分感谢。

作者
Author: SherryLiu 时间: 2019-12-19 05:57

风实验室发表于 2019-12-19 00:09
你好，晶胞怎么能优化呢？每次都是失败的？您能给指导一下吗？还有就是你说的这些步骤和help里的完全不一 ...

可否把MS的help文件贴出来看看你这样讲我完全没有概念

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-12-21 15:32

风实验室发表于 2019-12-15 17:38
你好，请问一下您照着help里的粒子跑氮化碳，原子跑出去的原因找到了么？是什么原因造成的，麻烦您给说说。

还没有找到原因

作者
Author: dmpb 时间: 2020-1-3 11:07
你可以试试 incell 在display

作者
Author: Hing 时间: 2022-6-22 10:25
我也遇到这个问题了，请问楼主找到原因了吗？要怎么解决呢？

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