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标题: Gaussian做刚性扫的输入文件如何定义两个方向的扫描变量？ [打印本页]
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Author: Novice    时间: 2019-3-22 10:06
标题: Gaussian做刚性扫的输入文件如何定义两个方向的扫描变量？
本帖最后由 Novice 于 2019-3-22 10:14 编辑

如下图，假如我想考察两个蒽分子间的π-π作用随着两个分子相对位置的改变而变化的趋势，为了获得相对位置不同时的势能面，我想构筑一个做刚性扫描的输入文件。如下图，如果我想定义两个扫面变量分别让位于XZ平面上的蒽分子沿着图中红箭头所示的a和b两个方向变化，我该怎么写输入文件？
(, 下载次数 Times of downloads: 43)
由于我网上查到的例子都是定义的单个分子的键长的变化或/和扭角的变化，对于两个分子间扫描的定义我想不明白怎么去做。
下面为我创建好的两个蒽分子的坐标，请大佬帮忙定义一下两个扫面变量。提前表示感谢。
  1. %chk=Pi-2.chk
  2. # scan b3lyp/6-31+g(d,p) em=gd3bj

  4. π-π

  6. 0 1
  7. C                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
  8. C                  0.00000000    0.00000000    1.36462300
  9. C                  1.23122100    0.00000000    2.09751400
  10. C                  2.46296800   -0.00551800    1.37351700
  11. C                  2.42147700   -0.00681800   -0.05872300
  12. C                  1.22918400   -0.00344700   -0.72250600
  13. C                  1.25411000    0.00489600    3.49641500
  14. C                  3.67413500   -0.00723900    2.07389400
  15. C                  3.69701900   -0.00161400    3.47283500
  16. C                  2.46531599    0.00580600    4.19680400
  17. C                  2.50693999    0.01291600    5.62898600
  18. H                  1.55141300    0.01951700    6.17485600
  19. C                  3.69929500    0.01395800    6.29272300
  20. C                  4.92841000    0.00578600    5.57024000
  21. C                  4.92826500   -0.00158100    4.20559700
  22. H                  0.30487300    0.00921500    4.05411800
  23. H                 -0.94327800    0.00240400   -0.56587200
  24. H                 -0.94173400    0.00310600    1.93394900
  25. H                  3.37702300   -0.01142200   -0.60453600
  26. H                  1.19301900   -0.00487800   -1.82190400
  27. H                  4.62311600   -0.01150700    1.51575500
  28. H                  3.73519900    0.02011800    7.39212900
  29. H                  5.87158700    0.00688007    6.13632001
  30. H                  5.86988200   -0.00785300    3.63605400
  31. C                  0.00000000    3.00000000    0.00000000
  32. C                  0.00000000    3.00000000    1.36462300
  33. C                  1.23122100    3.00000000    2.09751400
  34. C                  2.46296800    3.00551800    1.37351700
  35. C                  2.42147700    3.00681800   -0.05872300
  36. C                  1.22918400    3.00344700   -0.72250600
  37. C                  1.25411000    3.00489600    3.49641500
  38. C                  3.67413500    3.00723900    2.07389400
  39. C                  3.69701900    3.00161400    3.47283500
  40. C                  2.46531599    3.00580600    4.19680400
  41. C                  2.50693999    3.01291600    5.62898600
  42. H                  1.55141300    3.01951700    6.17485600
  43. C                  3.69929500    3.01395800    6.29272300
  44. C                  4.92841000    3.00578600    5.57024000
  45. C                  4.92826500    3.00158100    4.20559700
  46. H                  0.30487300    3.00921500    4.05411800
  47. H                 -0.94327800    3.00240400   -0.56587200
  48. H                 -0.94173400    3.00310600    1.93394900
  49. H                  3.37702300    3.01142200   -0.60453600
  50. H                  1.19301900    3.00487800   -1.82190400
  51. H                  4.62311600    3.01150700    1.51575500
  52. H                  3.73519900    3.02011800    7.39212900
  53. H                  5.87158700    3.00688007    6.13632001
  54. H                  5.86988200    3.00785300    3.63605400

复制代码



作者
Author: sobereva    时间: 2019-3-22 12:22
没有办法直接用Gaussian实现。你得自己写个程序，产生你期望的这种方式的二维扫描的各个点的结构然后批量运行

诸如此文里的dimerscan就是我自己为了实现难以直接用Gaussian定义扫描方式而写的小程序，你也可以写个类似的
考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法
http://sobereva.com/469（http://bbs.keinsci.com/thread-12324-1-1.html）
作者
Author: Novice    时间: 2019-3-22 13:18
sobereva 发表于 2019-3-22 12:22
没有办法直接用Gaussian实现。你得自己写个程序，产生你期望的这种方式的二维扫描的各个点的结构然后批量运 ...

好的，多谢社长，我研究研究
作者
Author: 一颗赛艇    时间: 2019-3-23 02:22
柔性扫描的话，我觉得你可以冻结一些角和二面角来保持平行，然后再扫描某个键长

刚性扫描的话直接扫对应的两个碳原子就行了吧？
作者
Author: Novice    时间: 2019-3-23 08:58
一颗赛艇 发表于 2019-3-23 02:22
柔性扫描的话，我觉得你可以冻结一些角和二面角来保持平行，然后再扫描某个键长

刚性扫描的话直接扫对应 ...

不是，Gaussian扫描时好像默认沿键的方向吧，这现在两个分子间没有键。。。
作者
Author: 一颗赛艇    时间: 2019-3-23 10:40
Novice 发表于 2019-3-23 08:58
不是，Gaussian扫描时好像默认沿键的方向吧，这现在两个分子间没有键。。。

任何扫描都与成键无关
作者
Author: Novice    时间: 2019-3-23 14:24
一颗赛艇 发表于 2019-3-23 10:40
任何扫描都与成键无关

我觉得吧，如果按照你说的去做，设定好要扫描的两个分子中原子的距离时，Gaussian并不知道该往哪个方向移动啊，它极有可能沿着ab之间的方向去扫描，所以根本没办法完成我想要的绘制出势能面随着a，b两个方向的变化而变化的情况。



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