计算化学公社

标题: 请问对于壳聚糖或纤维素在水中跑md应该如何建模呢？ [打印本页]

作者
Author: naoki 时间: 2019-3-22 20:54
标题: 请问对于壳聚糖或纤维素在水中跑md应该如何建模呢？
本帖最后由 naoki 于 2019-3-23 15:05 编辑

分成以下三个问题吧：

1.想用GMX对壳聚糖+水+染料分子进行动力学模拟，观察壳聚糖或纤维素对水中染料的吸附，不知是否可行？
2.壳聚糖的PDB和itp文件怎么获取呢，是自己画低分子量壳聚糖来做吗？…
3.如果用packmol建好模型，怎样使壳聚糖在md过程中一直固定在模拟盒子底部不动呢？
请各位大佬支招~谢谢！
Sob老师求帮助>_<@Sobereva

作者
Author: lll. 时间: 2023-2-28 20:04
你好，很抱歉打扰你。我想问你的纤维素在水中跑md搞好了吗，我也要搞纤维素与水的md，现在还不知道如何建模，有了解到cellulose builder可以建模，但不知道如何键，另外对md也不怎么了解，方便可以请教你一些问题吗。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)