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标题: 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-23 04:45
标题: 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

Use of Packmol to construct initial structure of molecular dynamics

文/Sobereva@北京科音 2019-Mar-23

由于经常有人问Packmol怎么安装、怎么用，这里就写一篇文章，做一个完整的介绍，初学者应该都能读懂，之前用过的人看了可能还能了解一些之前没注意到的细节和技巧。笔者在北京科音的分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里会对Packmol讲得更具体、给更多例子。

1 Packmol简介

Packmol是一个免费的、很有价值的构建分子动力学模拟初始结构的工具，非常流行。简单来说就是由用户提供一种或多种分子的结构文件，并且设定一些约束条件，Packmol就会把各种分子按照设定将指定数目的分子堆积到满足要求的区域中。程序会通过优化算法不断尝试各种堆积方式，直到构建出原子间没有不合理接触而且能满足所有约束条件的结构。在堆积过程中分子结构会保持刚性，即构象不会变化。Packmol在堆积过程只考虑空间因素，完全不考虑能量、电荷分布等额外问题。

Packmol的选项设定非常灵活，可以容易地构建出复杂的模型。Packmol产生的结构可以被用于各种主流的分子动力学程序的模拟中，比如GROMACS、AMBER等。M$程序里的Amorphous Cell的用处和Packmol颇有类似之处，但远远不及Packmol灵活、强大。

Packmol的网址是https://m3g.github.io/packmol/，在上面有关键词介绍，可以下载到源代码和预编译的Windows版，还提供了一些例子。

2 Packmol的安装与运行

2.1 在Linux下编译和使用Packmol

在Linux下使用Packmol之前需要先对源代码进行编译，如下所示。如果你不方便自己编译，也可以直接下载我已经编译好的：http://sobereva.com/soft/packmol_18.169_Linux.zip

Packmol是Fortran写的，如果你的机子里还没有Fortran编译器，需要先安装Fortran编译器。比如在CentOS下使用yum install gfortran命令即可安装gfortran编译器。

将官网上下载到的packmol.tar.gz解压，进入解压后的目录，在命令行模式下输入make即可编译，十秒钟左右就能编译完。编译完成后当前目录就出现了名为packmol的可执行文件。

修改用户目录下的.bashrc文件（比如输入gedit ~/.bashrc命令），在末尾加上一行export PATH=$PATH:/sob/packmol-18.169，这里假定/sob/packmol-18.169是packmol可执行文件的所在目录。保存文件后重新进入终端，输入packmol命令检查是否能正常启动，如果能冒出一堆和packmol有关的信息来，就说明已经装好了。

之后用比如packmol < test.inp命令，就代表以test.inp作为输入文件运行packmol程序。输出文件都会产生在当前目录下。

2.2 在Windows下使用Packmol

Packmol源代码也可以在Windows下编译，但我们没必要这么做，因为在Packmol主页上已经提供了编译好的可执行文件，仅适用于64bit Windows系统。你也可以直接在这里下载：http://sobereva.com/soft/packmol_18.169_win64.rar。

解压此文件包，然后进入Windows的命令行模式下（cmd环境。不会进入的话自行google，属于Windows使用常识。绝对不要用恶心的powershell环境），输入packmol < test.inp命令即可运行。如果packmol不在当前目录下，则需要输入其绝对路径，或者加入到Windows的Path环境变量里（不会的话参考《GROMACS 2018.4原生Windows版的安装演示》https://www.bilibili.com/video/av39914815/视频中的对应部分）。

PS：别问为什么双击packmol.exe图标运行不了，因为packmol根本就不是这么用的！

3 Packmol输入文件的设置

Packmol的使用需要提供两类文件
• 输入文件。文件名随意，用来定义各种类型分子如何分布、有多少个。
• 各种要加入的分子的结构文件。一般使用pdb格式，用什么程序产生都可以。

输入文件里的关键词在http://m3g.iqm.unicamp.br/packmol/userguide.shtml#basic有汇总。下面只提及常用的关键词，方括号里的是参数。

3.1 全局设定

tolerance [数值]：要求原子间距离不能小于多少，一般设为2.0。Packmol里所有长度的单位都是埃

output [文件名]：输出文件的路径

filetype [类型]：输出文件的格式。默认为pdb，也可以设比如xyz

seed -1：写这个的话每次运行产生的结构都会不同

add_box_sides：给输出的pdb中增加CRYST1字段定义盒子，盒子尺寸对应体系中原子最大、最小坐标。如果写诸如add_box_sides 1.2，则会给盒子各方向再增加1.2埃，避免做模拟时有某些边界的原子和镜像盒子里的原子间存在不合理接触

3.2 分子设定

每个下面这种字段设置一种分子如何出现在当前体系中。可以写无数个这种字段。

structure [分子结构文件]
number [分子数]
[分子规则]
end structure

分子规则用来定义分子里的所有原子必须满足的条件，其常用关键词如下。

inside cube [xmin ymin zmin d]：要求分子出现在长度为d的立方盒子内，盒子x,y,z最小值为xmin ymin zmin

inside box [xmin ymin zmin xmax ymax zmax]：要求分子出现在矩形盒子内，盒子两个顶角坐标分别为xmin ymin zmin和xmax ymax zmax

inside sphere [x y z r]：要求分子出现在中心为(x,y,z)半径为r的圆球中。另外，用inside ellipsoid关键词的话还可以要求出现在特定的椭球中

inside cylinder [a1 b1 c1 a2 b2 c2 r l]：要求分子出现在圆柱内。圆柱的定义是从(a1,b1,c1)往(a2,b2,c2)方向伸展l长度，半径为r

以上inside都可以改为outside，要求不能出现在指定范围内。上面的空间范围要求可以同时使用多个，条件会同时满足。还有一些设置：

over plane [a b c d]：要求分子出现位置满足平面方程ax+by+cz-d>=0。比如over plane 1 0 0 10.5就相当于要求出现在x>=10.5埃的区域。over可以改成below来反转条件。

constrain_rotation [x/y/z 平均值最大偏差]：默认情况下分子可以绕x,y,z轴随意旋转任意角度。用这个选项可以设置分子绕x或y或z旋转的情况，可以同时设多个。如constrain_rotation x 20 5代表允许绕着y和z轴随意旋转，而绕着x轴旋转的范围必须在15~25度之间，平均值为20度。

fixed [x y z a b c]：用来直接定义分子出现在哪里。此设置代表将分子结构文件里的坐标平移(x,y,z)，并绕x,y,z轴分布旋转a,b,c弧度。如果还同时写了center关键词，相当于把分子的中心摆到(x,y,z)位置再旋转

3.3 原子设定

Packmol里还可以要求某种分子的某些特定序号的原子出现的范围必须满足的要求，格式为

structure [分子结构文件]
[分子规则]
atoms [第一批原子序号]
[原子规则]
end atoms
atoms [第二批原子序号]
[原子规则]
end atoms
...
end structure

原子规则的设置语法、关键词和分子规则完全一样。

4 几个实例

下面举几个Packmol使用例子。所有输入输出文件都可以在此下载：http://sobereva.com/attach/473/file.rar

4.1 构建5*5*5 nm^3甲醇盒子

首先在GaussView或其它可以对分子建模的程序里画一个甲醇，然后保存为methanol.pdb。对于这种刚性小分子，用Packmol之前结构不需要非得优化，毕竟GaussView直接画的甲醇的基本几何参数是合理的，而且不管对其做不做优化，等动力学跑起来之后就都一样了。

创建一个名为methanol_box.inp的文本文件，内容如下

tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output methanol_box.pdb
structure methanol.pdb
number 1000
inside cube 0. 0. 0. 50.
end structure

将methanol.pdb和methanol_box.inp都放到当前目录，运行packmol < methanol_box.inp，经过几秒钟，当前目录下就出现了methanol_box.pdb。将之拖到VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）程序里观看，并且在VMD的命令行窗口里输入pbc box显示出盒子，看到的图像如下

(, 下载次数 Times of downloads: 262)

可见构建得很成功。但是1000个甲醇肯定不是Packmol能填充进这个5*5*5 nm^3盒子的上限，因为Packmol很容易就产生成功了，而且从图上看还有一些空隙。如果大家希望得到更致密的盒子，可以尝试一点点增加甲醇的number数，看看设到多少的时候Packmol半天也没法成功产生结构或者提示产生失败，Packmol最多能插入多少甲醇你心里就有数了。

4.2 构建水+甲醇混合溶液的气液界面体系

此例我们想构建一个水+甲醇摩尔比1:1溶液的气液界面体系，界面平行于XY方向，盒子的X、Y长度都为4nm，溶液层厚度是5nm，溶液上下两侧都是真空区，每一侧真空区厚度都是3nm。

首先，我们靠Packmol创建一个水+甲醇的4*4*5 nm^3的溶液盒子。甲醇的pdb文件已经有了，我们再用GaussView画个水，保存为water.pdb。然后编辑一个文件mix.inp，内容如下（经测试，水和甲醇各插入1000个时盒子已经比较致密了，而且已经需要好多轮循环才能成功产生结构，所以笔者就不再尝试插入更多了）

tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mix.pdb
structure water.pdb
  number 1000
  inside box 0. 0. 0. 40. 40. 50.
end structure
structure methanol.pdb
  number 1000
  inside box 0. 0. 0. 40. 40. 50.
end structure

将得到的mix.pdb弄到VMD里显示：

(, 下载次数 Times of downloads: 265)

但是目前还没有真空区。由于溶液层厚度为5nm，每一侧真空区厚度为3nm，因此盒子Z方向总长度应为5+3+3=11nm。因此我们在VMD里输入pbc set {40 40 110}来设置盒子尺寸为4*4*11 nm^3，这里单位是埃。

目前溶剂区域在盒子最底部，我们要将之挪到盒子中间去，也即把所有原子往Z的正方向挪3nm。这可以用VMD的几何变换命令轻易实现。在VMD里输入[atomselect top all] moveby {0 0 30}，然后将VMD改成正交视角便于观看（Display - Orthographic），看到下图。

(, 下载次数 Times of downloads: 250)

然后在VMD里将当前体系保存成新的pdb文件即可。值得一提的是，动力学模拟开始后，肯定最后达到稳定状态时溶液层厚度不可能正好是我们最初期望的5nm，但由于目前已经堆积得比较致密了，应该偏离不太大。如果发现偏离的程度超过自己能接受的程度，可以在建模时再适当增加点分子数、在packmol建模时让盒子在Z方向稍微大一点。

4.3 氯仿+甲醇+富勒烯体系

这是一个稍微复杂的例子，没有什么实际意义，主要是体现Packmol的灵活性。此例我们要构建一个半径1.5nm的溶剂球，甲醇和氯仿各一个半球区域，并且富勒烯正好出现在球中央。

此例的输入文件如下。chloroform.pdb和C60.pdb都是GaussView直接构建的，后者在GaussView的片段库里直接就有。

tolerance 2.0
output mix.pdb
structure chloroform.pdb
  number 200
  inside box 0. 0. 0. 40. 40. 20.
  inside sphere 20. 20. 20. 15.
end structure
structure methanol.pdb
  number 200
  inside box 0. 0. 20. 40. 40. 40.
  inside sphere 20. 20. 20. 15.
end structure
structure C60.pdb
number 1
center
fixed 20. 20. 20. 0. 0. 0.
end structure

此例我们假定球的中心在(2,2,2) nm的位置，因此直接用center和fixed关键词将C60的中心定位在这个地方。对于氯仿和甲醇，inside sphere要求它们只能出现于距离(2,2,2)半径1.5 nm的区域内，由于二者的inside box设定范围正好相接，因此这两种分子会分布出现在Z=2nm平面的上、下两侧。由于当前模拟的是孤立体系，所以没有用add_box_sides关键词来产生盒子信息。

用VMD观看得到的pdb文件，如下所示

(, 下载次数 Times of downloads: 261)

4.4 构建水球+十二烷基磺酸钠

这个例子主要用来体现怎么使用原子设定。十二烷基磺酸钠(SDS')的头部基团是亲水的，烷烃尾巴是疏水的。此例我们要构建一个半径为20埃的水球，让100个SDS'绕着它分布，SDS'的头部基团都埋在水球里，而且让烷烃尾巴的方向基本上垂直于水球的界面，最终构建出的结构应该类似于海胆，SDS'就是海胆的刺。

我们先用GaussView画一个SDS'。由于钠离子的位置放在哪可能凭直觉不好确定，因此画完之后可以做一下几何优化，比如用Gaussian在PM7半经验方法下粗略优化后得到如下结构，看起来很合理

(, 下载次数 Times of downloads: 278)

创建packmol输入文件，内容如下

tolerance 2.0
output mix.pdb
structure water.pdb
  number 1200
  inside sphere 0. 0. 0. 20.
end structure

structure SDS.pdb
number 100
atoms 42
  inside sphere 0. 0. 0. 15.
end atoms
atoms 1
  outside sphere 0. 0. 0. 30.
end atoms
end structure

创建水球那部分没什么好说的，经测试差不多最多就能放1200个水，再多就很难产生成功了。安置SDS'的这一段值得提一下。我们让42号原子，即钠离子必须出现在距离水球中心15埃范围以内，而让1号原子，即烃链最末端的碳原子必须距离水球中心30埃以上。由于在SDS'中这俩原子距离为18埃，仅略大于30-15=15埃，因此这么定义可以起到让SDS'链垂直于水球界面的效果。

在VMD里绘制产生后的pdb，如下所示，结构完全达到了我们的期望。

(, 下载次数 Times of downloads: 291)

官网上http://m3g.iqm.unicamp.br/packmol/examples.shtml里也有一些例子，有兴趣可以看看。

5 相关问题&注意事项

这里说一些使用Packmol建模应当注意的问题，并且结合最主流的分子动力学程序GROMACS说一些相关事项。

Packmol的执行过程实际上是个循环过程，如果你当前的空间范围设定比较简单，Packmol很快就会顺利产生最终结构。空间约束设定得越多、越复杂，往往成功产生结构需要的循环次数越多，总耗时越高。如果你把空间范围约束得过度复杂甚至相互矛盾，或者要加入的分子数较多但允许分子出现的空间范围相对而言过度狭小，那么Packmol会反复循环，一直也收敛不了，或者最终宣告产生失败。碰到这种情况，应当将约束条件适当放宽、简化，或者设的分子数少一点再试。

一般情况下，用Packmol构建的体系肯定是比较松散的，或者说其密度肯定显著低于真实密度，因为此时还没有考虑分子间相互作用、构象的变化从而使得分子间能够接触得更紧密。但这没关系，在NPT下跑一下MD就好了，盒子尺寸会自发进行调节。而直接用Packmol产生的结构做NVT模拟一般是无意义的，因为跑起来之后分子会自发紧密聚集，其它地方就成了真空区了，和实际不符。

用Packmol实现构建含有Na+、Cl-离子的溶液体系是可以的。但是肯定没有用GROMACS里专用的gmx genion命令好，因为gmx genion在插入时会考虑体系电荷分布，会把阳离子和阴离子分别加入到静电势较负和较正的地方，这样比较合理。而Packmol则没有考虑这点，并且有可能比如产生的结构里恰好Na+出现在显著带正电荷的区域，这可能会令模拟初期稳定性较差（此时需要用较谨慎的模拟参数，比如小步长）。

虽然也可以用Packmol构建蛋白质、核酸浸在溶剂环境中的体系，但是这样做明显不如用动力学程序自带的专用做这种事情的程序好，因为Packmol产生的水的密度偏低，水的分布特征和实际体相水相差较大，可能NPT模拟起来之后盒子变形、收缩得厉害，出现溶质与其镜像最近距离太近之类问题。而如果用比如GROMACS里的gmx solvate命令给蛋白质/核酸加溶剂，由于是直接用事先已经做NPT平衡好的溶剂盒子（比如加水一般用自带的spc216.gro）通过平移复制来填充真空区，加的溶剂的分布状态明显理想得多得多。

GROMACS有一个命令叫gmx insert-molecules，可以由用户提供分子结构文件、指定插入盒子的分子数，然后试图将这些分子都插入盒子（但如果设的数目太多，会能插入多少就插入多少）。此命令远没有Packmol那么灵活，它能做的事用Packmol都可以实现，而且Packmol会通过优化算法试图让分子尽可能好地堆叠，因此对于同样的盒子范围，靠Packmol最多能插入的分子数比用gmx insert-molecules明显要多，故能得到更紧凑的结构。

Packmol原理上也可以产生磷脂双分子膜，乃至膜蛋白这样的体系的，但是这需要设置很多约束条件才能产生靠谱的结果，而且耗时很高，结果也不理想。比如磷脂之间或者磷脂与蛋白之间会有好多空隙，这会导致模拟刚开始就有水大量跑进疏水区，后续模拟将毫无意义。构建磷脂膜我最推荐用我写的genmixmem程序，速度很快，用着很方便，结合GROMACS模拟磷脂体系特别容易，详见《生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem》（http://sobereva.com/245）。至于产生膜蛋白，我最推荐使用GROMACS可以实现的membed方法，在北京科音动力学与GROMACS培训班里会演示操作。

如果你要建模的是分子团簇，用于构型搜索之类目的，用笔者开发的genmer比使用Packmol好得多，一次可以产生一大批，输入文件写起来省事得多，参见《genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具》（http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html）。

如果你用Packmol建模的目的是之后用GROMACS做模拟，别忘了GROMACS的拓扑文件里[molecules]字段里的分子按顺序完全展开后，原子的顺序必须和结构文件完全相同。为保证这一点，用于Packmol建模的分子结构文件里的原子顺序首先就得和这个分子的拓扑信息（具体来说是[atoms]字段）相对应。

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-3-25 13:08
推荐北京科音的分子动力学与GROMACS培训班，Sob老师会讲更多packmol的细节，如约束的详细定义，残基号的确定规则，Restart文件

作者
Author: kunkun 时间: 2019-3-25 21:47

lijiayisjtu 发表于 2019-3-25 13:08
推荐北京科音的分子动力学与GROMACS培训班，Sob老师会讲更多packmol的细节，如约束的详细定义，残基号的确 ...

好惭愧，我居然都忘光了...

作者
Author: 装着智慧的花瓶 时间: 2019-3-27 18:02
本帖最后由装着智慧的花瓶于 2019-3-27 18:03 编辑

好惭愧，我居然才知道这个

作者
Author: 我是一个小白啊 时间: 2019-10-14 16:16
sob老师，用packmol建模，是否相当于只是把原子放在了盒子里，原子是不带任何信息的（比如此种原子的电荷、周期性排列方式等）？如果通过VMD把结构数据文件交给lammps跑计算，会影响计算结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-15 01:12

我是一个小白啊发表于 2019-10-14 16:16
sob老师，用packmol建模，是否相当于只是把原子放在了盒子里，原子是不带任何信息的（比如此种原子的电荷、 ...

packmol只给出含有坐标信息的结构文件，其它都不体现

作者
Author: lxc 时间: 2020-1-23 00:00

请问运行产生这个结果应该怎么处理呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-23 20:00

lxc 发表于 2020-1-23 00:00
请问运行产生这个结果应该怎么处理呢

贴图方式不对，你贴的是你本机的链接，别人看不到
怎么上传图片看置顶的新社员必读贴

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-1-31 20:59
请教老师，packmol可以像gmx insert-molecules那样把几个分子结构插入一个已存在的结构中吗？我想对插入方式做约束，insert-molecules没法子

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-1 02:12

tjuptz 发表于 2020-1-31 20:59
请教老师，packmol可以像gmx insert-molecules那样把几个分子结构插入一个已存在的结构中吗？我想对插入方 ...

可以
把当前体系作为一个被插入的分子看待即可

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-2-1 10:11
本帖最后由 tjuptz 于 2020-4-3 07:04 编辑

sobereva 发表：于 2020-2-1 02:12
可以
把当前体系作为一个被插入的分子看待即可

谢谢老师，我用fixed 0. 0. 0. 0. 0. 0.成功了。
注：如果已有盒子尺寸与希望的不匹配导致报错，删掉后在输入中重新定义即可

作者
Author: qaz 时间: 2020-3-24 16:56
请教老师，packmol能构建直链烷烃的联合原子模型吗，并把模型建立成球形的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-25 15:40

qaz 发表于 2020-3-24 16:56
请教老师，packmol能构建直链烷烃的联合原子模型吗，并把模型建立成球形的

packmol不是建立单个分子的，而是将单个分子组装成凝聚状态的。所以后一个问题可行。

作者
Author: qaz 时间: 2020-3-25 17:00

sobereva 发表于 2020-3-25 15:40
packmol不是建立单个分子的，而是将单个分子组装成凝聚状态的。所以后一个问题可行。

好的，谢谢您

作者
Author: xzb 时间: 2020-3-31 11:31
请教老师，怎么才能实现在packmol中插入两个不同的分子，并控制它们之间的距离使它们靠近一些呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-1 03:20

xzb 发表于 2020-3-31 11:31
请教老师，怎么才能实现在packmol中插入两个不同的分子，并控制它们之间的距离使它们靠近一些呢？

没有对分子间距离进行约束的设定，没法实现。如果只是希望出现在相近的空间区域倒是可以

作者
Author: xzb 时间: 2020-4-1 09:52

sobereva 发表于 2020-4-1 03:20
没有对分子间距离进行约束的设定，没法实现。如果只是希望出现在相近的空间区域倒是可以

好的谢谢老师

作者
Author: lxc 时间: 2020-4-17 12:33
请问packmol建立石墨烯模型好建立吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-19 00:40

lxc 发表于 2020-4-17 12:33
请问packmol建立石墨烯模型好建立吗

packmol根本不是用来构建单个分子的
石墨烯用VMD自带的Extensions - Modeling - Nanotube builder就能建立

作者
Author: yinzi 时间: 2020-6-27 12:55
本帖最后由 yinzi 于 2020-6-27 12:59 编辑

请问老师，packmol建立混合溶剂体系（多肽在水和甲醇）后，再用gromacs模拟时，npt出现问题，请问这是盒子设置问题出现了错误吗？
Fatal error:
The X-size of the box (5.297948) times the triclinic skew factor (1.000000) is
smaller than the number of DD cells (4) times the smallest allowed cell size
(1.325000)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-27 18:00

yinzi 发表于 2020-6-27 12:55
请问老师，packmol建立混合溶剂体系（多肽在水和甲醇）后，再用gromacs模拟时，npt出现问题，请问这是盒子 ...

mdrun先结合-ntmpi 1跑试试

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-8 16:39
新手求问packmo可以用于NAMD吗，利用packmol建模后怎么生成psf文件呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-8 17:01

孙宝刚发表于 2020-7-8 16:39
新手求问packmo可以用于NAMD吗，利用packmol建模后怎么生成psf文件呢。

我不用NAMD

作者
Author: yinzi 时间: 2020-7-20 22:45
老师，我模拟多肽在乙腈和水的均匀混合体系中的md，但是在跑完1ns的npt之后，会发现原本均匀的溶剂，水分子会抱团。请问这是什么原因。inp文件如下：
#
# CsA inside water and methanol
#

tolerance 2.0
filetype pdb
output CsA-5-1086-1044-cubic-5-center.pdb

structure CsA-em.pdb
  number 1
  center
  fixed 25. 25. 25. 0. 0. 0.
end structure

structure jz2.pdb
  number 1086
  inside box 0. 0. 0. 50. 50. 50.
end structure

structure water.pdb
  number 1044
  inside box 0. 0. 0. 50. 50. 50.
end structure

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-21 00:31

yinzi 发表于 2020-7-20 22:45
老师，我模拟多肽在乙腈和水的均匀混合体系中的md，但是在跑完1ns的npt之后，会发现原本均匀的溶剂，水分子 ...

这只体现初始建模情况，而完全没有提供动力学过程的信息

乙腈和水的亲和性也不算特别高，出现局部相分离是正常的

作者
Author: yinzi 时间: 2020-7-21 09:37
本帖最后由 yinzi 于 2020-7-22 15:06 编辑

sobereva 发表于 2020-7-21 00:31
这只体现初始建模情况，而完全没有提供动力学过程的信息

乙腈和水的亲和性也不算特别高，出现局部相分 ...

谢谢老师回复！动力学模拟的参数文件如下，在进行30ns的md模拟之后，发现水分子会渐渐成为柱状穿插在乙腈中，如图（图片不太能明确表示我所描述的状态）。模拟过程中的压力平均值在2，如下图所示，最终的主链骨架rmsd值如下图所示。这样的模拟结果是否值得信任。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-21 22:05

yinzi 发表于 2020-7-21 09:37
谢谢老师回复！动力学模拟的参数文件如下，在进行30ns的md模拟之后，发现水分子会渐渐成为柱状穿插在乙腈 ...

你应当贴考虑PBC的结构图，当前图什么也看不出来。
按照你的描述，就是形成了两相，这没什么异常
蛋白质结构合理与否一看结构便知。如果你要发表文章的话，MD最好再跑跑，RMSD还没有充分收敛

作者
Author: yinzi 时间: 2020-7-22 15:06

sobereva 发表于 2020-7-21 22:05
你应当贴考虑PBC的结构图，当前图什么也看不出来。
按照你的描述，就是形成了两相，这没什么异常
蛋白 ...

谢谢老师的回答，我再磨一磨。

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-7-28 10:51
老师请问一下win版本和linux版本功能有差异吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-29 03:17

WB1040720479 发表于 2020-7-28 10:51
老师请问一下win版本和linux版本功能有差异吗

无

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-7-29 08:50

sobereva 发表于 2020-7-29 03:17
无

蟹蟹你！

作者
Author: 战泽天 时间: 2020-10-8 17:00
sob老师，这个软件可用于晶体材料分子混合模型的建立吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-10 00:37

战泽天发表于 2020-10-8 17:00
sob老师，这个软件可用于晶体材料分子混合模型的建立吗？

你最好举个例子，我不清楚你描述的情况

作者
Author: 战泽天 时间: 2020-10-10 16:21

sobereva 发表于 2020-10-10 00:37
你最好举个例子，我不清楚你描述的情况

比如说我想要研究KCL和NaCl两种物质按一定比例混合的高温性质，原子间的成键情况等，packmol可以适用于建立这种混合晶体的模型吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-13 06:45

战泽天发表于 2020-10-10 16:21
比如说我想要研究KCL和NaCl两种物质按一定比例混合的高温性质，原子间的成键情况等，packmol可以适用于建 ...

可以构建NaCl和KCl按照指定数目无序地堆积在指定区域的模型，至于之后能考察什么，看之后你具体怎么做模拟

作者
Author: 战泽天 时间: 2020-10-13 20:40

sobereva 发表于 2020-10-13 06:45
可以构建NaCl和KCl按照指定数目无序地堆积在指定区域的模型，至于之后能考察什么，看之后你具体怎么做模 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: 计化社阶乘 时间: 2020-12-8 15:24
我在MS中将一个烷烃分子粗粒化Coarse Grain后就不能再使用packmol了吗？

作者
Author: 计化社阶乘 时间: 2020-12-8 15:38

计化社阶乘发表于 2020-12-8 15:24
我在MS中将一个烷烃分子粗粒化Coarse Grain后就不能再使用packmol了吗？

问题应该已解决！可以先用packmol再粗粒化！

作者
Author: 疯狂的阿太 时间: 2021-1-4 00:31
太好了，真的帮助初学者建模，谢谢sob老师！

作者
Author: zhi2679889405 时间: 2021-7-26 15:25
老师，您好，我用PACKMOL构建异辛烷与氧气的混合模型时，输入的命令是要构造一个50*50*150nm的盒子，但是最后用VMD转化成data文件时，里面盒子的大小是50*50*100，这个是出现了什么问题吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-26 23:43

zhi2679889405 发表于 2021-7-26 15:25
老师，您好，我用PACKMOL构建异辛烷与氧气的混合模型时，输入的命令是要构造一个50*50*150nm的盒子，但是最 ...

我不用NAMD，不清楚

作者
Author: zhi2679889405 时间: 2021-7-27 09:25

sobereva 发表于 2021-7-26 23:43
我不用NAMD，不清楚

老师，我也没用NAMD，我是用VMD将pdb文件转换为data文件，然后盒子的大小和我最开始设置的不一样

作者
Author: zhi2679889405 时间: 2021-7-27 09:32

sobereva 发表于 2021-7-26 23:43
我不用NAMD，不清楚

谢谢老师了

作者
Author: zhi2679889405 时间: 2021-7-29 09:39
老师，您好，packmol构建的盒子有尺寸要求吗，比如说它能构建的最大盒子尺寸

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-30 07:02

zhi2679889405 发表于 2021-7-29 09:39
老师，您好，packmol构建的盒子有尺寸要求吗，比如说它能构建的最大盒子尺寸

没这个限制

作者
Author: zhi2679889405 时间: 2021-7-30 08:57

sobereva 发表于 2021-7-30 07:02
没这个限制

好的，谢谢老师

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2021-9-15 10:26
老师您好，我想问一下我目前用MS建了一个5*5*5的supercell,然后想把这个supercell作为我的substrate,接着想用packmol在substrate上面随机混加A和B，请问这样的操作packmol能做到吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-16 06:31

飒飒萨达发表于 2021-9-15 10:26
老师您好，我想问一下我目前用MS建了一个5*5*5的supercell,然后想把这个supercell作为我的substrate,接着想 ...

可以，恰当设置A和B的出现区域，并且恰当指定底物结构出现的坐标，且不让底物随机旋转

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2021-9-16 11:18

sobereva 发表于 2021-9-16 06:31
可以，恰当设置A和B的出现区域，并且恰当指定底物结构出现的坐标，且不让底物随机旋转

好的谢谢社长

作者
Author: nianbin 时间: 2021-11-5 17:26
请问卢老师，packmol如何在两层石墨烯的pdb文件中填充小分子

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-6 01:32

nianbin 发表于 2021-11-5 17:26
请问卢老师，packmol如何在两层石墨烯的pdb文件中填充小分子

设置约束条件，让小分子出现区域只在两层石墨烯中间即可

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2021-12-2 21:40

sobereva 发表于 2019-10-15 01:12
packmol只给出含有坐标信息的结构文件，其它都不体现

sob老师，我用packmol导出pdb后，再用vmd导出的data文件里面在补充完所有拓扑关系后，竟然显示bond atom 7693 7695 missing，我看了bond里面相关数据还存在，然后我是仿照别人的原文，势函数肯定会是对的，请问这个怎么解决

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-2 22:29

mengxiangidea 发表于 2021-12-2 21:40
sob老师，我用packmol导出pdb后，再用vmd导出的data文件里面在补充完所有拓扑关系后，竟然显示bond atom ...

我不清楚你用的什么程序
如果是lammps，我不清楚。本帖只说packmol本身的事

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2021-12-3 15:12

sobereva 发表于 2021-12-2 22:29
我不清楚你用的什么程序
如果是lammps，我不清楚。本帖只说packmol本身的事

我的情况就是packmol+vmd导data文件，我首先用packmol把pdb文件弄出来，然后通过vmd的tk控制台转data文件，修改键角数据后在lammps里面竟然报原子丢失的错误。
好的，我去问关于lammps专门的人

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-1-14 20:31
sob老师，请教一下我用packmol建模的过程中，对两个分开的液滴，比如里面的钠离子和氯离子，用相同的离子pdb文件去跑，最后得到的新的pdb文件，用vmd转data文件之后，放到lammps里面会出现角动量不守恒的问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-15 06:52

mengxiangidea 发表于 2022-1-14 20:31
sob老师，请教一下我用packmol建模的过程中，对两个分开的液滴，比如里面的钠离子和氯离子，用相同的离子pd ...

我不用lammps，不清楚

作者
Author: 作业抄 时间: 2022-4-21 14:48
老师您好，packmol建立NaCl-H2O模型时，直接创建NaCl的pdb文件，还是分别创建Na和Cl的pdb文件，这两者有什么区别吗，理论上讲NaCl水溶液中Na+和Cl-是以解离的状态下存在的

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-21 14:53

作业抄发表于 2022-4-21 14:48
老师您好，packmol建立NaCl-H2O模型时，直接创建NaCl的pdb文件，还是分别创建Na和Cl的pdb文件，这两者有什 ...

注意看博文里的例子和内容。

用Packmol实现构建含有Na+、Cl-离子的溶液体系是可以的。但是肯定没有用GROMACS里专用的gmx genion命令好，因为gmx genion在插入时会考虑体系电荷分布，会把阳离子和阴离子分别加入到静电势较负和较正的地方，这样比较合理。而Packmol则没有考虑这点，并且有可能比如产生的结构里恰好Na+出现在显著带正电荷的区域，这可能会令模拟初期稳定性较差（此时需要用较谨慎的模拟参数，比如小步长）。

作者
Author: 作业抄 时间: 2022-4-21 15:26

snljty 发表于 2022-4-21 14:53
注意看博文里的例子和内容。

谢谢您的回复，我有注意到这里的内容，因为我是新接触到的分子模拟，目前只掌握了packmol建模，所以就暂时不考虑博文里提到的问题。只想通过packmol把这个模型建出来。我也搜索过类似的itp文件，有NaCl也有Na和Cl分别的，因此就有了上面的疑问

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-22 01:41

作业抄发表于 2022-4-21 15:26
谢谢您的回复，我有注意到这里的内容，因为我是新接触到的分子模拟，目前只掌握了packmol建模，所以就暂 ...

gmx solvate构建水盒子，gmx genion加入离子。根本用不着packmol

作者
Author: 作业抄 时间: 2022-4-22 10:00

sobereva 发表于 2022-4-22 01:41
gmx solvate构建水盒子，gmx genion加入离子。根本用不着packmol

谢谢老师，那如果是有机电解液体系，是直接用gmx建模还是用packmol呢，溶剂是二乙二醇二甲醚，溶质是NaPF6？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-23 03:07

作业抄发表于 2022-4-22 10:00
谢谢老师，那如果是有机电解液体系，是直接用gmx建模还是用packmol呢，溶剂是二乙二醇二甲醚，溶质是NaPF ...

packmol

作者
Author: 作业抄 时间: 2022-4-23 10:51

sobereva 发表于 2022-4-23 03:07
packmol

谢谢老师，我知道了

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-30 15:56
sob老师，向您请教一个问题，我用ms建立了CO2，H2O, CO2 hydrate的pdb，我写的inp文件内容是：tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mixmodel.pdb
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.30.30.20
end structure
structure chaojingbao.pdb
number 1
inside box 0.0.0.20.30.30.50
end structure
structure CO2.pdb
number 6
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure
但出现了这样的问题，请问这种情况应该怎么解决呀

作者
Author: 牧生 时间: 2022-4-30 16:20
本帖最后由牧生于 2022-4-30 16:30 编辑

chaochao 发表于 2022-4-30 15:56
sob老师，向您请教一个问题，我用ms建立了CO2，H2O, CO2 hydrate的pdb，我写的inp文件内容是：tolerance 2. ...

你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0.0.0.30.30.20
但这部分就错了
structure H2O.pdb
number 368
inside box 0.0.0.50.30.30.70
end structure

好好看一下packmol的使用，如何建立立方盒子，它的原理很简单的，每个顶点都可以用xyz三个数字来表示的，你完全可以照抄sob的作业。

或者你抄一下我的作业，我建立的这个盒子比晶胞略大一点点，所以不加add_box_sides 1.2也是行得通的，如果你加上也是没问题的。如果对以下还有不理解的，特别是那几个坐标不理解，自己在纸上画一个立方盒子，把一个点作为0. 0. 0. 的原点，手动去标一下盒子的其他几个点的坐标，就会理解了。

tolerance 2.0
output mix.pdb
filetype pdb

structure H2O.pdb                               \\盒子的一端放入水和CO2，从0. 0. 0. 延展到25. 25. 25.
number 368
inside box 0. 0. 0. 25. 25. 25.
end structure
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0. 0. 0. 25. 25. 25.
end structure

structure chaojingbao.pdb                   \\盒子中间放入晶胞，起点为0. 0. 25.  延展到25. 25. 50.
number 1
inside box 0. 0. 25. 25. 25. 50.
end structure

structure H2O.pdb                               \\盒子另一端放入水和CO2，从0. 0. 50.延展到  25. 25. 75..
number 368
inside box 0. 0. 50. 25. 25. 75.
end structure
structure CO2.pdb
number 64
inside box 0. 0. 50. 25. 25. 75.
end structure

作者
Author: chaochao 时间: 2022-4-30 17:25

牧生发表于 2022-4-30 16:20
你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb

问题已解决，感谢指点

作者
Author: adong 时间: 2022-6-26 16:41
sob老师，packmol在用fixed旋转的时候使用的弧度单位，如何准确旋转90度呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-27 05:00

adong 发表于 2022-6-26 16:41
sob老师，packmol在用fixed旋转的时候使用的弧度单位，如何准确旋转90度呢？

语义不明
弧度和度数的换算小学就学过

作者
Author: xylz6188 时间: 2022-6-27 13:20
sob老师，packmol 能自组装晶体么？

作者
Author: adong 时间: 2022-6-27 15:53

sobereva 发表于 2022-6-27 05:00
语义不明
弧度和度数的换算小学就学过

sob老师，抱歉，是我没有表达清楚，就是弧度有个pai的问题，之前疑惑packmol语法中如何表达pai这个无理数，例如要准确旋转90度，弧度就是二分之一pai，现在就是多写几位小数就行了

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-27 16:02

adong 发表于 2022-6-27 15:53
sob老师，抱歉，是我没有表达清楚，就是弧度有个pai的问题，之前疑惑packmol语法中如何表达pai这个无理数 ...

一个常识，计算机不能直接存储无理数，换算成十进制，最常用的的存储实数的方法中，双精度浮点数只有15~16位有效数字，单精度浮点数只有6~7位有效数字，再多计算机存不下，或者说常见程序极少有用更大的四精度浮点数的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-29 01:39

xylz6188 发表于 2022-6-27 13:20
sob老师，packmol 能自组装晶体么？

要搞清楚packmol的算法是什么，知道了算法自然就知道不可能给你产生分子晶体。自组装过程是靠分子动力学模拟体现的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-29 01:40

adong 发表于 2022-6-27 15:53
sob老师，抱歉，是我没有表达清楚，就是弧度有个pai的问题，之前疑惑packmol语法中如何表达pai这个无理数 ...

让你用弧度的时候就自己换算成具体数值写进去就完了，要求精度高的话就多保留几位

作者
Author: eziosaber 时间: 2022-10-12 21:22
老师您好，我的inp文件如下，但是会报错，排查了多次发现去掉小数就能成功运行，想请问怎么在cube里设置小数呢？
tolerance 2.0
output lyc_593OUT.pdb
filetype pdb

structure LiCl.pdb
  number 57
  inside cube 0. 0. 0. 18.2526.
end structure

structure KCl.pdb
  number 13
  inside cube 0. 0. 0. 18.2526.
end structure

structure CsCl.pdb
  number 29
  inside cube 0. 0. 0. 18.2526.
end structure (, 下载次数 Times of downloads: 104)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-13 10:53

eziosaber 发表于 2022-10-12 21:22
老师您好，我的inp文件如下，但是会报错，排查了多次发现去掉小数就能成功运行，想请问怎么在cube里设置小 ...

18.2526.根本什么都不是，哪能有两个小数点

作者
Author: eziosaber 时间: 2022-10-17 22:52

sobereva 发表于 2022-10-13 10:53
18.2526.根本什么都不是，哪能有两个小数点

不好意思，我对格式的理解不太到位，感谢sob老师的指点

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2022-12-3 14:31

sobereva 发表于 2020-3-25 15:40
packmol不是建立单个分子的，而是将单个分子组装成凝聚状态的。所以后一个问题可行。

请教SOB老师，问题一：packmol能把我导入的一个聚合物链的结构单元分子聚合成链吗？
问题二：我用MS建了一个聚合度为12的链，优化后，在packmol中填充在盒子中，packmol填充时候链保持刚性，可视化后链不密集，我是模拟膜分离气体的，请问有办法让他密集一点吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-12-3 15:35

luogaoyang123 发表于 2022-12-3 14:31
请教SOB老师，问题一：packmol能把我导入的一个聚合物链的结构单元分子聚合成链吗？
问题二：我用MS建了 ...

Packmol不能将单体链接成聚合物，不过可以限制分子分散在某个小区域。

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2022-12-3 17:56

chands 发表于 2022-12-3 15:35
Packmol不能将单体链接成聚合物，不过可以限制分子分散在某个小区域。

好的谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-4 01:08

luogaoyang123 发表于 2022-12-3 14:31
请教SOB老师，问题一：packmol能把我导入的一个聚合物链的结构单元分子聚合成链吗？
问题二：我用MS建了 ...

做完NPT的动力学，自然就密了

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2022-12-6 11:37

sobereva 发表于 2022-12-4 01:08
做完NPT的动力学，自然就密了

明白了谢谢老师

作者
Author: YiYibao 时间: 2023-3-14 11:41
sob老师，请问用packmol建立固体颗粒悬浮液，单个粒子表示多个水分子，单个粒子表示固体颗粒，应该怎么建模呢（单个粒子的pdb文件怎么获取）？

作者
Author: teller3531 时间: 2023-5-11 10:30

kunkun 发表于 2019-3-25 21:47
好惭愧，我居然都忘光了...

我也一样，全忘了

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2023-9-25 11:51
sob老师我在lammps教程看到，用lammps内置的命令可以建立圆锥的模型，请问用packmol可以建立圆锥的模型吗

作者
Author: fd7 时间: 2023-10-28 09:41
请问老师，packmol建模之后用NPT跑下MD之后，如何判断水的密度是约为1g/cm3，或者说该怎么判断结构合理了呢。另外想请教老师，这个NPT是指NPE_F嘛。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-29 00:54

哪有这么脆弱发表于 2023-9-25 11:51
sob老师我在lammps教程看到，用lammps内置的命令可以建立圆锥的模型，请问用packmol可以建立圆锥的模型吗

建不了
但是可以考虑packmol建一个立方盒子，然后载入VMD，保存坐标的时候用恰当的选择语句根据几何关系选中一个锥形区域里的原子/分子

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-29 00:56

fd7 发表于 2023-10-28 09:41
请问老师，packmol建模之后用NPT跑下MD之后，如何判断水的密度是约为1g/cm3，或者说该怎么判断结构合理了呢 ...

显然不是NPE_F。NPT说明用了热浴来控温（T恒定），用了热浴自然就不属于NPE，因为此时体系和热浴之间有能量交换

诸如你用gromacs跑的，gmx energy从edr文件中直接就可以提取密度随时间的变化

PS：诸如此类动力学模拟的理论和计算的基础知识在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）都详细讲

作者
Author: fd7 时间: 2023-10-29 09:39

sobereva 发表于 2023-10-29 00:56
显然不是NPE_F。NPT说明用了热浴来控温（T恒定），用了热浴自然就不属于NPE，因为此时体系和热浴之间有能 ...

谢谢老师，我是用CP2K跑，老师您的意思是在创建输入文件的时候需要通过Multiwfn设置10：2(CSVR)和13：1，这样吗。我是一个盒子里面是石墨烯平面上面有100个水分子，通过packmol创建之后想按照老师讲的做一下水的密度的平衡，使其合理些。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-30 01:36

fd7 发表于 2023-10-29 09:39
谢谢老师，我是用CP2K跑，老师您的意思是在创建输入文件的时候需要通过Multiwfn设置10：2(CSVR)和13：1， ...

选项13是13 Toggle suppressing printing SCF information during MD，跟当前无关
选项12里选1 Use barostat, flexible cell

作者
Author: fd7 时间: 2023-10-30 08:51

sobereva 发表于 2023-10-30 01:36
选项13是13 Toggle suppressing printing SCF information during MD，跟当前无关
选项12里选1 Use baro ...

谢谢老师

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2023-11-30 20:01
请问add_box_sides 1.2这一行是不是意味着创建的盒子每个方向上都在原来的基础上增加了1.2埃，那盒子大小就不是我原来计算密度时设定的大小了这样会对最终结果产生影响吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-1 05:14

zhangfaxue 发表于 2023-11-30 20:01
请问add_box_sides 1.2这一行是不是意味着创建的盒子每个方向上都在原来的基础上增加了1.2埃，那盒子大小就 ...

没有什么所谓的“原来的基础”
这是代表相对于当前体系最外侧原子，往各个方向延展1.2埃来定义盒子，类似于gmx editconf的-d

作者
Author: wilely 时间: 2024-3-12 20:23
您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物为基础与l另外一个分子结合。可不可以开始就把三个分子放在一起作为初始结构。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-13 07:32

wilely 发表于 2024-3-12 20:23
您好，我做环糊精与另外两个分子结合的模拟，初始结构文献是先用环糊精与一个分子结合计算后，再以此复合物 ...

完全取决于研究目的
倘若你对结合过程感兴趣，显然就不能这样

作者
Author: davi 时间: 2024-3-13 10:02
老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-14 10:12

davi 发表于 2024-3-13 10:02
老师，问个问题，建packmol或者说跑动力学前，需要对分子进行量子化学优化opt吗

没绝对必要

作者
Author: 小沫沫 时间: 2024-4-7 11:42

牧生发表于 2022-4-30 16:20
你注意看一下你建立盒子的大小
比如这部分是没有错的
structure CO2.pdb

您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？我是通过腐殖酸片段模拟腐殖酸的结构，麻烦您了

   tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output HA.pdb

structure C:\Packmol\test1\water.pdb
  number 1000
  inside box 0.0.0.50.50.50
end structure

structure C:\Packmol\test1\C4H4O4.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C4H6O5.pdb
  number 1
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C5H8O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture

structure C:\Packmol\test1\C6H12O3.pdb
  number 2
  inside box 0.0.0.50.50.50
end sturcture
错误也是segmantation fault

作者
Author: 牧生 时间: 2024-4-7 12:06

小沫沫发表于 2024-4-7 11:42
您好，看到您修改了一个帖子的错误，跟我当时模拟的错误一样，您可以帮忙看下吗？我是通过腐殖酸片段模 ...

你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

作者
Author: 小沫沫 时间: 2024-4-7 14:35
我都放在一起了，但是运行时还是出现segmantation fault (, 下载次数 Times of downloads: 91)

作者
Author: 小沫沫 时间: 2024-4-7 14:37

牧生发表于 2024-4-7 12:06
你看一下第一楼的教程和模板吧
需要把pdb文件和inp放在一起

我放在一起运行的，但还是有这个错误，是我的输入文件有问题吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 86)

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