计算化学公社

标题: 请问跑完动力学没有生成.gro文件怎么办? [打印本页]

作者
Author:
yihanxu    时间: 2019-3-25 02:55
标题: 请问跑完动力学没有生成.gro文件怎么办?
本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-24 12:59 编辑

老师好,请问跑完动力学没有生成field.gro文件怎么办?谢谢。其他文件类型都生成了。
注:用的以下命令
gmx grompp -f field.mdp -c eq.gro -t eq.cpt -p PANI2_mm.top -o field.tpr
gmx mdrun -deffnm field -nt $SLURM_NTASKS


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sobereva    时间: 2019-3-25 03:59
检查log文件,大不了直接提取轨迹最后一帧当gro用
作者
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少年爱吃地三鲜    时间: 2019-3-25 08:49
老师,我想请教。如何将tpr格式转换成gro格式呢?
作者
Author:
sobereva    时间: 2019-3-25 15:52
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-25 08:49
老师,我想请教。如何将tpr格式转换成gro格式呢?

产生tpr时候的格式文件没留这么?

靠gmx dump可以把tpr里的信息都转换成文本信息,然后手动整理成gro文件
作者
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少年爱吃地三鲜    时间: 2019-3-25 19:11
sobereva 发表于 2019-3-25 15:52
产生tpr时候的格式文件没留这么?

靠gmx dump可以把tpr里的信息都转换成文本信息,然后手动整理成gro ...

原来是这样  非常感谢您的指导!
作者
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yihanxu    时间: 2019-3-26 00:21
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-24 18:49
老师,我想请教。如何将tpr格式转换成gro格式呢?

你好!为什么要将tpr格式转换成gro格式呢?
作者
Author:
少年爱吃地三鲜    时间: 2019-3-26 09:35
yihanxu 发表于 2019-3-26 00:21
你好!为什么要将tpr格式转换成gro格式呢?

因为我看见您说, 你没有gro文件,sob老师让您提取轨迹文件最后一帧当做gro文件,所以我想问那个问题
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yihanxu    时间: 2019-3-26 10:58
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-25 19:35
因为我看见您说, 你没有gro文件,sob老师让您提取轨迹文件最后一帧当做gro文件,所以我想问那个问题

哦!明白了,谢谢回复,哈哈
作者
Author:
少年爱吃地三鲜    时间: 2019-3-26 16:55
yihanxu 发表于 2019-3-26 10:58
哦!明白了,谢谢回复,哈哈

希望多多交流沟通!
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yihanxu    时间: 2019-3-27 04:25
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-26 02:55
希望多多交流沟通!

是的!哈哈
作者
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yihanxu    时间: 2019-3-30 02:54
sobereva 发表于 2019-3-24 13:59
检查log文件,大不了直接提取轨迹最后一帧当gro用

老师好,用VMD可以把轨迹保存成gro吗?我试了一下,没成功呢。谢谢。
作者
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sobereva    时间: 2019-3-30 03:19
yihanxu 发表于 2019-3-30 02:54
老师好,用VMD可以把轨迹保存成gro吗?我试了一下,没成功呢。谢谢。

得选selected atoms
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yihanxu    时间: 2019-3-30 04:26
sobereva 发表于 2019-3-29 13:19
得选selected atoms

谢谢老师,但是我selected atoms里面输入all也没成功呢,生成的文件0K。
作者
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sobereva    时间: 2019-3-30 05:50
yihanxu 发表于 2019-3-30 04:26
谢谢老师,但是我selected atoms里面输入all也没成功呢,生成的文件0K。

远程说不清楚。只能怀疑你载入的就有问题




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