计算化学公社

标题: 求助orca计算内存不足问题 [打印本页]

作者
Author: ouhengjia 时间: 2019-3-25 10:41
标题: 求助orca计算内存不足问题
老师们好，我在用orca计算单点能时out文件报错说内存不足，报错内容如下：
--------------------------------
AUTOMATIC CHOICE OF INCORE LEVEL
--------------------------------
Memory available                         ... 256.00 MB
Memory needed for S+T                   ... 2113.24 MB
Memory needed for J+K                   ... 4229.13 MB
Memory needed for DIIS                   ...  29585.38 MB
Memory needed for 3-ext                   ...  28880.97 MB
Memory needed for 4-ext                   ... 308448.71 MB
Memory needed for triples                ... 5776.19 MB
-> Final InCoreLevel ... 0
Error (ORCA_MDCI): not enough memory for computing triples
  => Memory needed : 5776.19 MB
  => Memory available : 256.00 MB
[file orca_autoci/../orca_mdci/mdci_util.cpp, line 2737]:    ... aborting the job

ORCA finished by error termination in MDCI
Calling Command: ../../orca_4_0_1/orca_mdci 1_1_pd1_9.mdciinp.tmp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 432]:
  .... aborting the run

然后我看以后的求助帖设置了并行运算，输入文件如下：
# avogadro generated ORCA input file
# Basic Mode
#
! F12/RI-CCSD(T) cc-pVTZ-F12 cc-pVTZ-F12-CABS
%pal nprocs 120 end
%maxcore 2700
* xyz 0 1
C       3.04400    -0.74600       1.33100
H       3.37200    -1.62700       1.87100
H       3.77400       0.02800       1.11200
C       1.78100    -0.59700       0.93400
H       1.02000    -1.34500       1.12300
C       1.39500       0.63800       0.19900
C    -0.05700       0.83000    -0.23200
H    -0.54800       1.51100       0.47100
H    -0.08100       1.27700    -1.22800
O       2.16900       1.53600    -0.04800
O    -0.70900    -0.44200    -0.22500
N    -2.07200    -0.37800    -0.48100
O    -2.54600       0.71100    -0.68000
O    -2.59900    -1.45100    -0.46800
*

但是又出现以下错误：ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt
用来进行计算的超算已经安装了openmpi，想请问各位老师如何解决这个问题？

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-3-25 15:22

Error (ORCA_MDCI): not enough memory for computing triples
  => Memory needed : 5776.19 MB
  => Memory available : 256.00 MB
[file orca_autoci/../orca_mdci/mdci_util.cpp, line 2737]:    ... aborting the job

？？？
你节点怎么回事…

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2019-3-25 19:54
应该是你的bashrc问题，我的建议是不要在root下改bashrc，在其他用户下改bashrc。然后将openmpi和orca的文件夹全部chmod -R 777.
这个应该是权限问题，或者是openmpi和其他mpi冲突的问题。

作者
Author: plus 时间: 2019-3-26 10:06
%pal nprocs 120 end 疯了
先试试单核

作者
Author: ouhengjia 时间: 2019-3-26 22:39

plus 发表于 2019-3-26 10:06
%pal nprocs 120 end 疯了
先试试单核

好的谢谢您~

作者
Author: ouhengjia 时间: 2019-3-26 22:40

xaomidaxue 发表于 2019-3-25 19:54
应该是你的bashrc问题，我的建议是不要在root下改bashrc，在其他用户下改bashrc。然后将openmpi和orca的文 ...

您好，我是提交到超算去算的，没有root权限

作者
Author: ouhengjia 时间: 2019-3-26 22:41

k64_cc 发表于 2019-3-25 15:22
？？？
你节点怎么回事…

您好，我是申请了用5个节点算···但是不知道为什么节点数越多分配的内存越少了

作者
Author: ouhengjia 时间: 2019-3-27 00:05
谢谢各位老师，发现因为openmpi版本与orca要求的版本不一样

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