计算化学公社

标题: 求助gromacs中压缩系数 [打印本页]

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-26 09:52
标题: 求助gromacs中压缩系数
我想请教老师，手册中对于compressibility的介绍只有处于一个标准大气压下水的压缩系数，我想请问压缩系数影响的是什么？另外我想知道其他聚合物的压缩系数应该在哪里找？

作者
Author: Recycled 时间: 2019-3-26 14:46
这个问题我之前有问过。在GROMACS计算过程中这一项很直观的影响到了体系体积的涨落速度，大的压缩系数往往需要减小时间步长否则会Blowing-up。其余的没摸出头绪。至于如何获得值，可以参考其他人的文献的设置。我之前是用实验值自己大概估算的。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-26 16:54

Recycled 发表于 2019-3-26 14:46
这个问题我之前有问过。在GROMACS计算过程中这一项很直观的影响到了体系体积的涨落速度，大的压缩系数往往 ...

感谢您的回复！假如涨落速度受到影响，但是对最终的体积有影响吗？

作者
Author: Recycled 时间: 2019-3-26 17:35

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-26 16:54
感谢您的回复！假如涨落速度受到影响，但是对最终的体积有影响吗？

我不清楚，但当时我把这个概念理解为“压缩率”，就是类似于V对P的偏导。如果这么理解应该有，但我很不确定。但应该能够正常运行的话，就没啥问题。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-26 18:34

Recycled 发表于 2019-3-26 17:35
我不清楚，但当时我把这个概念理解为“压缩率”，就是类似于V对P的偏导。如果这么理解应该有，但我很不确 ...

谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-27 03:56
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-27 08:30

sobereva 发表于 2019-3-27 03:56

感谢您的回答！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-27 10:11

sobereva 发表于 2019-3-27 03:56

老师，我有一个问题，我npt用10ns 平衡体系看后5ns的体系密度，这时我体系导出的帧数最好是多少时最为准确？我之前是100帧求平均，总觉得不够

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-27 10:27

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-27 10:11
老师，我有一个问题，我npt用10ns 平衡体系看后5ns的体系密度，这时我体系导出的帧数最好是多少时最 ...

1000帧够了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-27 15:51

sobereva 发表于 2019-3-27 10:27
1000帧够了

非常感谢您！

作者
Author: ExZero 时间: 2019-5-3 21:39

sobereva 发表于 2019-3-27 03:56

社长，我想问一下compressibility接近水的的值是指数量级相当吗？挺好奇的，因为我做的环己烷体系，查到的数据是11.2*10-5，接近水的三倍了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-4 06:21

ExZero 发表于 2019-5-3 21:39
社长，我想问一下compressibility接近水的的值是指数量级相当吗？挺好奇的，因为我做的环己烷体系，查到 ...

这不是什么重要的量，不用太关注

作者
Author: ExZero 时间: 2019-5-4 11:55

sobereva 发表于 2019-5-4 06:21
这不是什么重要的量，不用太关注

原来如此，谢谢社长解答

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