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标题: 吉布斯自由能计算 [打印本页]

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Author: fankui1990129 时间: 2015-6-11 12:29
标题: 吉布斯自由能计算
本帖最后由 fankui1990129 于 2015-6-11 15:20 编辑

本人新手。如图所示，我想计算这个反应在水溶液中的吉布斯自由能（副产物是水）

搭建模型的是我将A+B放在一起进行opt+freq计算，同样将C+H2O放在一起进行opt+freq计算。在不加溶剂模型的时候一切正常，加完之后就不收敛了。昨天在论坛进行了咨询，尝试之后效果不大。

我现在想问一下，能不能将A，B，C和水分别进行opt+freq计算。如果这样操作得出的结果是完全不可以信呢？还是存在误差呢？
（因为我是以有机合成实验为主，我们在实验的过程中发现了一个现象，希望用计算化学说明。所以，出现误差也不是很重要，只要能和实验结果定性符合就行，不要定量的完全拟合。）

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-11 14:04
不就是应该分别计算吗放到一起计算应该不合理吧

作者
Author: fankui1990129 时间: 2015-6-11 14:55
本帖最后由 fankui1990129 于 2015-6-11 15:20 编辑

lastzealot 发表于 2015-6-11 14:04
不就是应该分别计算吗放到一起计算应该不合理吧

谢谢，也就是说原料之间的弱作用忽略不计了么？

因为这次我们必须考虑产物和水之间的弱作用，这是我们研究的重点，所以产物和水最好能要放一起。后来转念一想，水又是溶剂，所以加入溶剂模型的时候就应该会有影响了

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-11 18:55
实际上并不需要在溶剂模型下优化结构。

在气相下优化A+B复合物并做振动分析，得到气相下自由能，然后在这个优化好的结构下计算溶剂化自由能（带着溶剂模型和不带情况下的单点能的差值），将二者相加，即是溶剂下的自由能。对于H2O+C也这么计算。最后将反应物和产物求差即可。

一些人认为在气相下而非溶剂模型下优化和做振动分析并不是近似，反倒是必要的，如J. Phys. Chem. A 2010, 114, 13442–13444

作者
Author: fankui1990129 时间: 2015-6-11 21:17

sobereva 发表于 2015-6-11 18:55
实际上并不需要在溶剂模型下优化结构。

在气相下优化A+B复合物并做振动分析，得到气相下自由能，然后在 ...

非常感谢！初学者，懂得不多，自学很难。最近多亏了sob老师！！

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-11 21:38

sobereva 发表于 2015-6-11 18:55
实际上并不需要在溶剂模型下优化结构。

在气相下优化A+B复合物并做振动分析，得到气相下自由能，然后在 ...

请问初始结构怎么设计？两个反应物的距离、构象如何设计？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-11 21:59

lastzealot 发表于 2015-6-11 21:38
请问初始结构怎么设计？两个反应物的距离、构象如何设计？

摆一起，优化即可。初始结构不合适经过优化后也就自然得到实际二聚体构型了。

但很可能有多种二聚体构型，如果自己拿不准哪种二聚体构型最稳定就必须摆各种初猜结构分别优化，或者利用molclus来自动处理了（使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577）

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-11 22:45

sobereva 发表于 2015-6-11 21:59
摆一起，优化即可。初始结构不合适经过优化后也就自然得到实际二聚体构型了。

但很可能有多种二聚体构 ...

谢谢老师

作者
Author: qxx 时间: 2017-5-3 17:23

sobereva 发表于 2015-6-11 18:55
实际上并不需要在溶剂模型下优化结构。

在气相下优化A+B复合物并做振动分析，得到气相下自由能，然后在 ...

sob老师，那做优化和做单点的方法和基组要保持一致，对么？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-4 11:17

qxx 发表于 2017-5-3 17:23
sob老师，那做优化和做单点的方法和基组要保持一致，对么？

完全不需要一致

作者
Author: qxx 时间: 2017-5-4 14:47

sobereva 发表于 2017-5-4 11:17
完全不需要一致

谢谢老师！

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