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标题: 如何评价一个体系的团聚效果 [打印本页]

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-3-27 09:25
标题: 如何评价一个体系的团聚效果
用Amber跑出来分子的团聚，跑了120ns左右，会有一大团和几个小团，没有很好的团聚成一整个大团，是不是时间不够长？请问用什么参数来评价体系的团聚效果比较好？尝试用了回旋半径，但是由于分子还有一些小团，回旋半径做出来的图并不是很理想。求问有没有别的评价方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-27 10:20
时间不够长可能性很大。另外，模拟结果受初始结构影响程度也很高，严格来说应该随机摆不同初始结构，然后把模拟结果取平均还可以考虑被研究的分子在体系中最远距离的变化。
当有多个团时，可以把所有团作为整体来统计。但至于怎么考虑最合适，还得看具体体系

作者
Author: Abandon-fmt 时间: 2019-3-27 20:57
好的，谢谢sob老师

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