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标题: 求助自己写了个gromacs的拓扑文件，请老师们指点下 [打印本页]

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Author: 晓滨MD 时间: 2019-3-27 19:48
标题: 求助自己写了个gromacs的拓扑文件，请老师们指点下
本帖最后由晓滨MD 于 2019-3-27 20:42 编辑

gromacs刚入门，自己写的甲酚和甲苯体系的拓扑文件，请老师们指点指点哪些地方写的不对，还有一个就是我用Multiwfn计算的RESP电荷应该放在什么地方

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-27 20:33
东西在哪

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Author: 晓滨MD 时间: 2019-3-27 20:43

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-27 20:33
东西在哪

不好意思，忘记添加了，现在已经有了

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-27 21:24
这里我补充两个问题麻烦sob老师：（1）opls力场 ffnonbond中  【 atomtypes 】下
name    bond_type mass  ***  ***  ***  ***
opls_001 c 6    12.01100
opls_002 o 8    15.99940
这里 name 是代表原子类型名？这个name 是包含opls_001 和 c 两列吗？
（2）  这里的 bond_type 是如何定义的？我如何自己添加的原子类型这个数字该如何写他的规则是什么？在哪里看？感谢老师！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-28 02:29
文件结构太乱了。而且诸如都#include "oplsaa.ff/cresol.itp"了，却还把cresol.itp里的内容在里面又贴了一遍，完全是不合理的
res下面***明显不是合理的残基名
自己改原子电荷把[atoms]里对应charge的那一列替换成Multiwfn算的即可

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-28 02:30

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-27 21:24
这里我补充两个问题麻烦sob老师：（1）opls力场 ffnonbond中【 atomtypes 】下
name bond_type ...

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作者
Author: 晓滨MD 时间: 2019-3-28 14:42

sobereva 发表于 2019-3-28 02:29
文件结构太乱了。而且诸如都#include "oplsaa.ff/cresol.itp"了，却还把cresol.itp里的内容在里面又贴了一 ...

谢谢老师的指导，我刚才用acpype重新生成了甲酚的拓扑文件，但是res一列还是***，甲酚分子是我自己用DMOL3画的，请教一下老师这个问题该怎么解决

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-28 15:03

sobereva 发表于 2019-3-28 02:30

非常感谢您的回复！

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-28 16:56

sobereva 发表于 2019-3-28 02:30

老师请问如果是这两个成对的的话，i和j 写成bond_type我这么写对吗？; name  bond_type mass charge ptype       sigma    epsilon
opls_001 C 6    12.01100    0.500    A 3.75000e-01  4.39320e-01 ; SIG
opls_002 O 8    15.99940 -0.500    A 2.96000e-01  8.78640e-01 ; SIG

[ bondtypes ]
; i j  func    b0       kb
c_6 o_8    1 0.09572 502080.0 ; For TIP4F Water - wlj 1/98
  OW LP    1 0.01750 753120.0 ;       -idem-

老师 bond_types中这个等号和加号有什么含义吗？
C= C    1 0.14600 322168.0 ; wlj acrolein
  C= C_2    1 0.14600 322168.0 ; wlj acrolein
  C= C_3    1 0.14600 322168.0 ; wlj acrolein
  CT C+    1 0.14600 445847.0 ; wlj- JACS 94, 4632 (1972)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-28 23:11

晓滨MD 发表于 2019-3-28 14:42
谢谢老师的指导，我刚才用acpype重新生成了甲酚的拓扑文件，但是res一列还是***，甲酚分子是我自己用DMOL ...

res名字自己随便填一个
DMOL3是计算程序，不是建模程序

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-28 23:12

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-28 16:56
老师请问如果是这两个成对的的话，i和j 写成bond_type我这么写对吗？; name bond_type mass char ...

如果没什么特殊必要的话，我建议别用OPLS-AA，麻烦

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Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-29 08:08

sobereva 发表于 2019-3-28 23:12
如果没什么特殊必要的话，我建议别用OPLS-AA，麻烦

好哒老师！感谢！

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