计算化学公社

标题: 用Multifwn结合VMD作阴离子图时的一些疑问 [打印本页]

作者
Author: haly 时间: 2019-3-28 11:02
标题: 用Multifwn结合VMD作阴离子图时的一些疑问
本帖最后由 haly 于 2019-3-28 11:27 编辑

老师您好，我在用Multifwn结合VMD作阴离子体系图时，发现阴离子体系表面的静电势全为红色（阴离子体系的静电势应该为蓝色的）
以下是我的操作步骤：
（1）分别将furan.pdb、surfanalysis.pdb和vtx.pdb拖动到VMD主窗口里
（2）操作vtx.pdb文件时，在Trajectory标签页里将Color Scale Data Range填上-107和-37并点击Set，结果阴离子体系的表面静电势全为红色
其实Trajectory标签页里的Color Scale Data Range上自动显示的是-4.57和-1.70，此时用的是eV作单位，但是我想用kcal/mol作单位，所以将数值改过来了
我的问题是：
（1）为什么阴离子体系表面静电势全为红色？
（2）我尝试将Trajectory标签页里将Color Scale Data Range填上-107和107并点击Set，结果静电势表面为白色，为什么？

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作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-28 11:04
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、加快下载速度。我已把你超标的fchk文件删了，如果需要上传，需压缩后再上传。以后请注意

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-28 11:04
仔细看此文末尾
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
导出文件时候注意看屏幕上的提示，弄清楚pdb文件里记录静电势的单位是什么。VMD的色彩刻度设置范围取决于pdb里实际记录的数值

作者
Author: haly 时间: 2019-3-28 11:23

sobereva 发表于 2019-3-28 11:04
仔细看此文末尾
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
...

VMD的色彩刻度设置范围取决于pdb里实际记录的数值
老师您好，我平时作图时都是用kcal/mol做单位，并且根据Multiwfn算出来的实际数据修改了Trajectory标签页里的Color Scale Data Range，颜色都是正常的。
以下是我画出的阳离子体系的静电势图：
C:\Users\Administrator.DESKTOP-VI6BEQP\Desktop\分子图片\ten years\5-cat
为什么阴离子体系的颜色就不正确了啊？
谢谢老师

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-3-28 12:16
右边那么大一个color bar你倒是看一眼啊。你表面上最大的地方都是负值，那么就算是红色，也是在表示负的静电势。

另外Color Scale Data Range的单位和Color Scale Bar上的text要分别调。就算你改了Color Bar，Color Scale Data Range单位还是eV。-107~107eV的range……它不白就见鬼了

作者
Author: haly 时间: 2019-3-28 14:42

k64_cc 发表于 2019-3-28 12:16
右边那么大一个color bar你倒是看一眼啊。你表面上最大的地方都是负值，那么就算是红色，也是在表示负的静 ...

嗯嗯，好的，谢谢您，我再试一下

作者
Author: haly 时间: 2019-3-28 15:16

sobereva 发表于 2019-3-28 11:04
仔细看此文末尾
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
...

Results have been outputted to surfanalysis.pdb in current folder
Carbons and oxygens correspond to local maximum and minimum points respectively. Note that since magnitude of ESP on the surface of this system is quite large, eV instead of kcal/mol is used to record ESP in the B-factor field of surfanalysis.pdb。
谢谢老师，我刚才看了一下，由于这个体系表面静电势很大，所以它以eV的单位输出了。

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