计算化学公社

标题: 求助弱相互作用电子密度差的盆分析 [打印本页]

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-3-28 21:13
标题: 求助弱相互作用电子密度差的盆分析
本帖最后由 ShuangfeiZhu 于 2019-3-28 21:13 编辑

想利用盆分析对电子密度差进行定量的分析，但是有些问题想不通，还请老师解答。使用的文件：
Multiwfn程序examples/water_tetramer文件夹中的波函数文件。
具体操作：
1、电子密度差图步骤参考http://sobereva.com/113得到，如图1所示。
2、进行盆分析。基于1进行以下操作：0//返回主菜单；17//盆分析；1//生成盆；2//基于现有格点划分盆; 2//积分盆; 1//电子密度; 0//可视化。见图2。积分数据见图3。
问题：
1. 这两个图之间有关联么？每个盆都能在电子密度差图中找到与之对应的部分么？
2. 使用积分后的数值进行定量分析电子密度的转移是否可取？
3. 两个水分子之间的盆(2, 7 ,9 ,10号盆)对应的是弱相互作用的电子密度增加量？1，15号盆是H的电子密度减小量？11,12号盆是O的电子密度减小量？19号盆是H-O键的电子密度增加量？

另，http://sobereva.com/179中4.4部分计算的是H2O，但后续分析中出现了C-H键，Multiwfn手册4.17.4部分中有相同的情况。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-28 23:32
1 有。但是盆的图形和等值面的图形不同。你可以去挨个看各个盆的图形，会看到与你的等值面图的各个部分有对应性，但形状截然不同。所有等值面的体积总和不等于盒子总大小（取决于等值面数值），而盆的空间总和对应盒子总大小。等值面图只是一种展现函数三维空间分布的一种便利的方式，而盆则是根据零通量面去把整个三维空间进行分解。

2 可取
顺带一提，如果你只是想积分等值面内部区域，Multiwfn也可以做到，这叫做域分析，可参考手册4.200.14节

3 这么说不完全严格。毕竟盆和原子并没有直接对应关系。如果你只是想考察原子上带的电子增减，直接考察原子电荷变化是最省事、明确的。

后面那是笔误，之后会修改

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-3-29 07:53

sobereva 发表于 2019-3-28 23:32
1 有。但是盆的图形和等值面的图形不同。你可以去挨个看各个盆的图形，会看到与你的等值面图的各个部分有对 ...

感谢老师的回复

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-3-29 08:48

sobereva 发表于 2019-3-28 23:32
1 有。但是盆的图形和等值面的图形不同。你可以去挨个看各个盆的图形，会看到与你的等值面图的各个部分有对 ...

老师，按照您说的，我上述模型做了域分析，但一直卡在Clustering domains这儿不动，是什么原因？电脑是铂金双路服务器。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-29 09:29

ShuangfeiZhu 发表于 2019-3-29 08:48
老师，按照您说的，我上述模型做了域分析，但一直卡在Clustering domains这儿不动，是什么原因？电脑是铂 ...

你的用法不对。你应当先产生密度差格点数据，然后进入域分析功能，此时用选项3设置好标准，然后选-1直接用内存里的格点数据（密度差格点数据）来产生域

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2019-3-31 17:31
sob老师，按照您说的方法，能够产生域了，但是又有另外一个问题想请教。我的体系中域的个数比较多，我想在VMD中作图，我在Multiwfn选择了“-1 Input indices of the domains you want to merge”，把我想要的域进行了合并，观看域发现确实已经合并成功了，但是我用“ 10 Export a domain as domain.cub file in current folder”后，在VMD中作图发现没有合并成功，显示的还是合并以前的域。请问我该怎么操作才能导出合并后域的cub文件？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)