计算化学公社

标题: 计算DNA在水中的free energy perturbation的MDP参数文件 [打印本页]

作者
Author: jackie 时间: 2019-3-29 12:40
标题: 计算DNA在水中的free energy perturbation的MDP参数文件
本人目前是基于Gromacs程序来做一些自由能的分子模拟计算。

网上的教程只能搜索到简单的计算水中溶解自由能的教程例子：http://www.mdtutorials.com/gmx/free_energy/index.html
如果想通过free energy perturbation方法计算protein-DNA的结合能，对于MD模拟中的MDP文件中的参数应该如果设置，有没有计算相关体系的老师或同学们共享一下你们所用的MDP参数文件？

不胜感激，非常感谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-30 01:16
这种问题就不适合用free energy perturbation。用MMPBSA才是妥当、高效的做法

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