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标题: Gromacs第二次能量最小化出现的问题 [打印本页]

作者
Author: 王精英 时间: 2019-3-29 20:41
标题: Gromacs第二次能量最小化出现的问题
想请教一下各位老师，我用自己的写的top文件和itp尝试了一下模拟。在grompp之后的mdrun命令时，出现了图示错误。我应该怎么改正呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-30 01:19
我暂时没时间仔细看你的文件。我建议做能量极小化的时候总是用柔性水，即mdp里使用define = -DFLEXIBLE。如果还有问题，或者结果诡异，再去检查mdp其它部分、拓扑文件和结构

作者
Author: 王精英 时间: 2019-3-30 08:57

sobereva 发表于 2019-3-30 01:19
我暂时没时间仔细看你的文件。我建议做能量极小化的时候总是用柔性水，即mdp里使用define = -DFLEXIBLE。如 ...

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