计算化学公社

标题: 详谈使用Gaussian做势能面扫描 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-1 05:38
标题: 详谈使用Gaussian做势能面扫描
见
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474

由于图太多，30多张，三万字，懒得这里再贴一遍了。推荐所有Gaussian用户和研究内容与势能面扫描有关的人阅读。如果有文章相关的问题可以在此帖咨询

作者
Author: Novice 时间: 2019-4-1 08:47
大赞，关于"4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描", 曾经我就思考过乙烷分子怎么刚性扫描，然后百思不得解，然后就没有然后了。

作者
Author: Novice 时间: 2019-4-1 09:10
本帖最后由 Novice 于 2019-4-1 09:41 编辑

Novice 发表于 2019-4-1 08:47
大赞，关于"4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描", 曾经我就思考过乙烷分子怎么刚性扫描，然后百思 ...

用Atom List Editor修改内坐标定义要扫描的两面角

1 显示原子编号,以便观察两面角 GaussView View > Labels
(, 下载次数 Times of downloads: 157)
这里我们需要扫描的两面角是7-6-2-1。 GaussView Tools > Atom List 如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 146)
在Atom List Editor对话框里，我们很容易发现第7行是我们关注的：“Show”后面的7 C 6 2 1，它的含义是编号为7的原子为C原子，它的位置由编号为6 2 1的原子定义。而我们要扫描的二面角也正是7-6-2-1。但注意到第8行，分子右半部分中的一个氢原子（编号为8）也是由6 2 1号原子定义。这意味着在扫描势能面的过程中二面角8-6-2-1是不变的，这样导致的结果是8号原子与右半部分其他原子的相对位置发生改变，从而得不到想要的扫描结果。为此我们需要重新定义内坐标，使得用右半部分的原子定义8号原子的位置不发生冲突。

2 内坐标的重新定义
首先，我们将8号氢原子的编号由8改为10，可以看到图形中的原子编号也在实时变化（一个原子的位置只能由具有更小序号的原子定义）。在这里，我们将这个氢原子（此时序号已经变为10）的位置由6 7 8号原子定义，因此在第8行中把原来的原子编号改成新的原子编号，如下图所示。
(, 下载次数 Times of downloads: 109)
保存文件，需要注意的是为了保存成内坐标的形式，必须取消“write cartesians”的勾选。现在，你就可以用准备好的内坐标文件做刚性扫描了。

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-4-1 10:12
早上就迫不及待地把帖子看完了，赞

作者
Author: 胡说 时间: 2019-4-1 10:34
老师请教个问题：“4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描”,这部分里的动图里的帧号是怎么加上的？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-1 11:50

胡说发表于 2019-4-1 10:34
老师请教个问题：“4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描”,这部分里的动图里的帧号是怎么加上的？

使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13

作者
Author: 胡说 时间: 2019-4-1 16:40

sobereva 发表于 2019-4-1 11:50
使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13

多谢老师

作者
Author: pcxlm1 时间: 2019-4-1 19:50
多谢老师分享

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-4-3 09:50
请教老师一个问题：
Gaussian做柔性扫描时，每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描两个键长，比如
A-B：1.2 1.4 1.6 1.8
C-D：1.0 1.1 1.2 1.3
扫描时就会先固定C-D键长1.0，然后A-B键长1.2 --> 1.8；然后C-D键长固定为1.1，A-B键长由1.8变回1.2，如此反复。但当C-D=1.0，A-B=1.8时，A-B键一优化就断裂了，生成了别的分子，无法恢复了。所以后面的扫描就没有意义了。不知这个问题有办法解决吗？
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-3 10:30

霜晨月发表于 2019-4-3 09:50
请教老师一个问题：
Gaussian做柔性扫描时，每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描 ...

那就自己拆成多个一维扫描任务

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-4-3 16:55

sobereva 发表于 2019-4-3 10:30
那就自己拆成多个一维扫描任务

嗯，看来只有这样了，只是比较麻烦

作者
Author: Hassan 时间: 2019-5-21 17:31
谢谢老师分享，货及其干

作者
Author: xxzj 时间: 2019-6-29 14:22
老师，您好，请问关于“考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法”的帖子有中文版的吗，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-1 10:50

xxzj 发表于 2019-6-29 14:22
老师，您好，请问关于“考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法”的帖子有中文版的吗，谢 ...

没有

作者
Author: xxzj 时间: 2019-7-24 14:34
老师，您好，我有一个问题没有理解，就是我如果设计两个X型结构的分子，其中一个分子的给体单元外面进行4个受体单元连接时，如果4个受体单元相同，我能否定义该分子是各向同性的分子结构，如果4个受体单元不同，是不是就可以定义成该分子是各向异性的分子结构，就是单纯从分子结构上定义，可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-24 22:29

xxzj 发表于 2019-7-24 14:34
老师，您好，我有一个问题没有理解，就是我如果设计两个X型结构的分子，其中一个分子的给体单元外面进行4个 ...

看不懂
分子的“各向异性”本身的定义也很不明确

作者
Author: dwdjljd 时间: 2019-12-12 16:42
老师您好，想请教您一个问题，因为目前做的体系波函数优化非常困难，所以只能手动设置位置做柔性扫描了。使用的关键词opt=(maxcyc=40,modr),结果出错了L103，但是modr关键词不能和cart同时使用。请问一下应该怎么解决呢？

作者
Author: hzfish 时间: 2019-12-12 19:04

霜晨月发表于 2019-4-3 09:50
请教老师一个问题：
Gaussian做柔性扫描时，每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描 ...

xtb可以解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-12-15 10:34

dwdjljd 发表于 2019-12-12 16:42
老师您好，想请教您一个问题，因为目前做的体系波函数优化非常困难，所以只能手动设置位置做柔性扫描了。使 ...

柔性扫描说的是结构优化，和“波函数优化”完全是两码事
提问时不要说l几几几报错，直接说报错提示
柔性扫描时这种情况怎么处理文中已经明确说了，仔细阅读

作者
Author: dwdjljd 时间: 2019-12-16 09:51

sobereva 发表于 2019-12-15 10:34
柔性扫描说的是结构优化，和“波函数优化”完全是两码事
提问时不要说l几几几报错，直接说报错提示
柔 ...

好的！谢谢老师

作者
Author: 杜坤 时间: 2020-5-19 09:45
谢谢老师，大赞

作者
Author: Novice 时间: 2020-11-18 16:21
sob老师，请教一个问题，对于具有对称性的分子，以不破坏对称性的方式进行扫描，柔性扫描和刚性扫描时能否一直保持分子点群不变呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-19 05:37

Novice 发表于 2020-11-18 16:21
sob老师，请教一个问题，对于具有对称性的分子，以不破坏对称性的方式进行扫描，柔性扫描和刚性扫描时能否 ...

刚性扫描你可以通过令特定的内坐标共享被扫描的变量实现
柔性扫描实现这点需要利用GIC实现

作者
Author: zhangxy 时间: 2021-9-20 11:42
老师好，我需要做您在总结部分提到的这种势能面扫描， (, 下载次数 Times of downloads: 48) ，但是基本不懂如何写程序，请问有没有更详细的说明或者其他解决方案？

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-20 12:47

zhangxy 发表于 2021-9-20 11:42
老师好，我需要做您在总结部分提到的这种势能面扫描，，但是基本不懂如何写程序，请问有没有更详细的说明或 ...

用Excel按列做加减法。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-20 13:45

zhangxy 发表于 2021-9-20 11:42
老师好，我需要做您在总结部分提到的这种势能面扫描，，但是基本不懂如何写程序，请问有没有更详细的说明或 ...

Multiwfn里直接就能对指定片段的坐标按特定矢量进行平移，之后还能导出成xyz文件，仔细看
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

结合脚本运行还能一次产生一批对应位移不同距离的xyz文件，参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）
之后cat一合并就能得到xyz轨迹文件

比用Excel明显更方便。

作者
Author: zhangxy 时间: 2021-9-20 15:00

sobereva 发表于 2021-9-20 13:45
Multiwfn里直接就能对指定片段的坐标按特定矢量进行平移，之后还能导出成xyz文件，仔细看
Multiwfn中非 ...

好的，谢谢老师，我去尝试一下。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-3-16 13:02
对于主客体扫描如果步数不多的话，也可用MS去移动，保存成mol再换成gjf文件，用脚本批量计算，分别提取能量作图

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-17 03:37

七尺贱发表于 2022-3-16 13:02
对于主客体扫描如果步数不多的话，也可用MS去移动，保存成mol再换成gjf文件，用脚本批量计算，分别提取能量 ...

没必要用M$
直接用文中的dimerscan是最简单的
M$对结构操作能做的任何事情GaussView也都能做到，我认为后者还方便得多

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-3-18 16:42

sobereva 发表于 2022-3-17 03:37
没必要用M$
直接用文中的dimerscan是最简单的
M$对结构操作能做的任何事情GaussView也都能做到，我认为 ...

好的老师

作者
Author: wwjun 时间: 2022-3-19 16:14
老师好，请问我怎么对一个分子的HOMO能量随二面角的变化进行扫描？谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-19 17:54

wwjun 发表于 2022-3-19 09:14
老师好，请问我怎么对一个分子的HOMO能量随二面角的变化进行扫描？谢谢老师

按http://sobereva.com/474的方法做扫描，再对扫描出来的每个结构分别画HOMO

作者
Author: wwjun 时间: 2022-3-19 19:00

wzkchem5 发表于 2022-3-19 17:54
按http://sobereva.com/474的方法做扫描，再对扫描出来的每个结构分别画HOMO

好的，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-20 14:21

wwjun 发表于 2022-3-19 16:14
老师好，请问我怎么对一个分子的HOMO能量随二面角的变化进行扫描？谢谢老师

一种做法是按照下文，设置非标准路径，使得扫描的每一步都经过L601模块，此模块会输出轨道能量。之后写个脚本批量提取
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57

还一种办法是把扫描轨迹拆分成单点输入文件，然后批量执行再批量提取
产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具：IRCsplit和SCANsplit
http://sobereva.com/199

作者
Author: ginlpein 时间: 2022-3-20 21:44
老师好，柔性扫描的结果输出文件过大导致gaussview打开时出错是否有什么办法解决？
由于结构比较大，经常有200~500原子，即使不加Additional Print的选项，计算结果输出的log/out文件也经常在1G以上，偶尔超过2G。超大的输出文件在gaussview中打开会出现以下两种情况的错误：1. 点选Result-Scan后绘制出来的势能面各数据点坐标不对，或者选中数据点显示出来的结构与数据点变量不符。 2. 计算完全成功后，gaussview读取不完全。比如二维扫描设置了10*10的100个点，服务器计算全部成功，但是使用gaussview打开时只能读取出最前的3*10的30个结构。
这些问题做的少的时候可以自己重新从log文件中挨个把数据点和结构抠出来，但大量做的时候实在是有点效率低下，也不利于观察结构变化，请问老师有什么便捷的解决办法？

作者
Author: snljty 时间: 2022-3-20 21:52

ginlpein 发表于 2022-3-20 21:44
老师好，柔性扫描的结果输出文件过大导致gaussview打开时出错是否有什么办法解决？
由于结构比较大，经常 ...

试试http://bbs.keinsci.com/thread-16684-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-21 07:25

ginlpein 发表于 2022-3-20 21:44
老师好，柔性扫描的结果输出文件过大导致gaussview打开时出错是否有什么办法解决？
由于结构比较大，经常 ...

尝试用#T

作者
Author: ginlpein 时间: 2022-3-25 23:15

snljty 发表于 2022-3-20 21:52
试试http://bbs.keinsci.com/thread-16684-1-1.html

十分感谢！您的xyz批量提取输出的软件十分好用！

作者
Author: ginlpein 时间: 2022-5-18 22:48
很大很复杂的结构进行二维扫描时，各点扫描顺序不同会导致结果势能面会产生很大差异，特别在远离势能面极小值的地方尤为明显。请问老师，这种情况该如何解决？是否有什么便捷办法避免这种情况？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-19 22:42

ginlpein 发表于 2022-5-18 22:48
很大很复杂的结构进行二维扫描时，各点扫描顺序不同会导致结果势能面会产生很大差异，特别在远离势能面极小 ...

没法解决，原理上注定如此

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2022-6-22 15:52
请问老师，扫描完成后，该如何将参数拟合到力场文件中？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-6-22 16:00

Elden、Lord 发表于 2022-6-22 15:52
请问老师，扫描完成后，该如何将参数拟合到力场文件中？

用origin等直接提供拟合的程序，或者自己写程序做拟合

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2022-6-28 09:04
请问Sob老师，我用高斯做了二面角的扫描，然后从log文件中提取了21个构像生成了xyz文件，想用Gromacs的rerun来跑一下每个构像的单点能，我找不到完整的命令，还有命令中的topol该用什么文件呢？

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-28 09:09

Elden、Lord 发表于 2022-6-28 09:04
请问Sob老师，我用高斯做了二面角的扫描，然后从log文件中提取了21个构像生成了xyz文件，想用Gromacs的reru ...

一个我个人使用的方法，不一定是最佳的。用VMD载入多帧xyz，设置好【每一帧】的盒子尺寸，然后保存成tpr。然后gmx mdrun后面参数除了-f *.mdp -c *.gro -p *.top等以外再加上-rerun *.tpr（上面的*要换成实际的文件名）。得到edr以后用gmx energy提取potential即可。

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2022-6-28 09:30

snljty2 发表于 2022-6-28 09:09
一个我个人使用的方法，不一定是最佳的。用VMD载入多帧xyz，设置好【每一帧】的盒子尺寸，然后保存成tpr ...

感谢老师，我最初就是在您的帖子中看到这种方法的，但是去找rerun也没找到很详细的说明。请问老师，命令中的mdp文件应该使用哪一种呢？

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-28 14:45

Elden、Lord 发表于 2022-6-28 09:30
感谢老师，我最初就是在您的帖子中看到这种方法的，但是去找rerun也没找到很详细的说明。请问老师，命令 ...

随便弄一个就行了，因为不是跑动力学，大部分设置会失效。唯独有一点是由于盒子有巨大的真空区而且计算量极小，个人建议DispCorr设为none，静电和vdW都用cut-off计算并且把cut-off设成足够大。

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2022-6-29 10:26

snljty2 发表于 2022-6-28 14:45
随便弄一个就行了，因为不是跑动力学，大部分设置会失效。唯独有一点是由于盒子有巨大的真空区而且计算量 ...

请问老师，我把盒子设置成10 10 10 然后用的是npt.tpr，输入 gmx mdrun -s npt.tpr -rerun *.trr
然后会提示盒子太小 Rerun trajectory frame step 0 time 0.000000 has too small box dimensions
请问老师这种情况该怎么处理呢？

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2022-6-29 16:59

snljty2 发表于 2022-6-28 09:09
一个我个人使用的方法，不一定是最佳的。用VMD载入多帧xyz，设置好【每一帧】的盒子尺寸，然后保存成tpr ...

老师，我保存为trr文件后，再用vmd打开，里面看不到构像。

作者
Author: snljty2 时间: 2022-6-29 18:34

Elden、Lord 发表于 2022-6-29 16:59
老师，我保存为trr文件后，再用vmd打开，里面看不到构像。

trr缺乏原子类型信息，不能直接被VMD查看。这部分你rerun的时候是从tpr里面读的。随便找个有这些信息的文件，比如那个xyz的第一帧，加载到VMD，然后再用addfile把trr加载到这个结构文件里，再删掉第0帧就能看了。上面那个报错，是不是因为你只设了某一帧的盒子尺寸，没有对整个轨迹都设？可以加个循环解决。

作者
Author: Elden、Lord 时间: 2022-6-29 19:03

snljty2 发表于 2022-6-29 18:34
trr缺乏原子类型信息，不能直接被VMD查看。这部分你rerun的时候是从tpr里面读的。随便找个有这些信息的文 ...

老师，我用您说的办法可以看trr了，然后我的盒子尺寸在21个构像中都加了，但是还提示盒子太小。是我的命令有问题吗？我用的gmx -s npt.tpr -rerun *.trr 。

作者
Author: Dolantin 时间: 2022-12-8 22:02
求问在柔性扫描实例4中“由于涉及到共价键断裂，所以关键词必须用guess(mix,always)”。为啥在柔性扫描实例3：辅助寻找乙醇脱水的过渡态没有加上关键词guess(mix,always)，实例3中不是也涉及到共价键的断裂吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-9 05:19

Dolantin 发表于 2022-12-8 22:02
求问在柔性扫描实例4中“由于涉及到共价键断裂，所以关键词必须用guess(mix,always)”。为啥在柔性扫描实例 ...

绝对不是所有涉及共价键断裂的反应过程都会涉及到对称破缺单重态。乙醇脱水整个反应过程都是闭壳层，旧的共价键断裂时还形成了新的共价键。

作者
Author: Dolantin 时间: 2022-12-9 15:33

sobereva 发表于 2022-12-9 05:19
绝对不是所有涉及共价键断裂的反应过程都会涉及到对称破缺单重态。乙醇脱水整个反应过程都是闭壳层，旧的 ...

学到了，谢谢卢老师

作者
Author: a-Student 时间: 2023-4-11 20:17
本帖最后由 a-Student 于 2023-4-18 10:30 编辑

老师，打扰您一下，有个小问题就不单独发帖了，如图，在做势能曲线时采用柔性扫描，基态势能曲线极小点到激发态极小点之间，这个过程是不是激发能，我有几个理解：
1.如果选择的都是基态优化好的结构，基于这个结构去分别扫描基态和激发态的势能曲线，则对应的是激发能。
2.如果基态势能曲线用的基态优化好的结构去扫描，而激发态势能曲线用激发态优化好的结构去扫描，则对应的是绝热激发能。
但是在博文473中描述，在柔性扫描中，每次按照你的要求而改变特定几何参数时，做的不是单点计算而是限制性优化，即没有被扫描的变量都会被优化以使得体系能量尽可能低，相当于允许这些变量自发地弛豫（relax），意思是柔性扫描实际上是对分子做限制性优化，那么扫描基态和激发态势能曲线无论选择哪一态（基态还是激发态）结构作为基础结构扫描，对应的应该都是绝热激发能了。（1）请问老师，我这样理解是否正确？柔性扫描时.
（2）如果是基于基态优化好的结构进行td opt=modredundant，Gaussian计算的顺序是先几何变化一步就优化一次基态结构在进行计算td energy 能量计算吗？
请老师指正。谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-11 20:30

a-Student 发表于 2023-4-11 13:17
老师，打扰您一下，有个小问题就不单独发帖了，如图，在做势能曲线时采用柔性扫描，基态势能曲线极小点到激 ...

绝热激发能要求的是非限制性优化。一般说优化默认指完全不做任何限制的优化。
td opt优化的是激发态结构，不涉及优化基态结构（这个和是否有=modredundant无关）

作者
Author: a-Student 时间: 2023-4-11 21:44

wzkchem5 发表于 2023-4-11 20:30
绝热激发能要求的是非限制性优化。一般说优化默认指完全不做任何限制的优化。
td opt优化的是激发态结构 ...

谢谢您，老师我还有一个问题，在做激发能计算时，在基态结构基础上算td energy单点任务得到的是激发能，那上面那个图激发态势能曲线我用的优化好激发态结构做的，基态势能曲线用的是优化好的基态结构做的，那这两个极小点能量之差是激发能吗？因为您说绝热激发能要求的是非限制性优化，柔性扫描是限制性优化，所以我由点不明白，再次麻烦您。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-11 22:05

a-Student 发表于 2023-4-11 14:44
谢谢您，老师我还有一个问题，在做激发能计算时，在基态结构基础上算td energy单点任务得到的是激发能， ...

当扫描步长无限小时，两条势能曲线的极小值点的差是绝热激发能。此时相当于你虽然做的所有计算都是限制性优化，但是你限制的那个方向改为用“画出势能曲线然后用肉眼找极小值点”这种原始方法做了优化，所以每个方向上都做了优化，结果等价于非限制性优化。
实际上扫描步长不是无限小，因此两条势能曲线的极小值点的差近似等于绝热激发能，但一般不严格等于。

作者
Author: 赤赤媛 时间: 2023-5-21 18:39

Novice 发表于 2019-4-1 09:10
用Atom List Editor修改内坐标定义要扫描的两面角

1 显示原子编号,以便观察两面角 GaussView Vi ...

作者
Author: 一条君 时间: 2023-7-17 11:22
本帖最后由一条君于 2023-7-17 11:28 编辑

老师，请问2.5 刚性扫描实例4：同时扫描水分子的键长与键角中，用B3LYP/def2SVP得到的水的键角是103度，我用B3LYP/6-311g**在真空或水溶剂中也是103度，但是公认的键角是104.5左右，这种结构优化的误差是可以接受的吗？
方法改成B3LYP/def2tzvp后，水溶剂中水的键角为104.3，是否说明一般建议的结构优化方法应该建议B3LYP/def2tzvp呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-17 11:29

一条君发表于 2023-7-17 11:22
老师，请问2.5 刚性扫描实例4：同时扫描水分子的键长与键角中，用B3LYP/def2SVP得到的水的键角是103度，我 ...

水相中水的键角实验没法测
相差1度根本不算什么事。def2-TZVP那么昂贵的基组用Gaussian优化50原子体系以上都老费劲了。若对精度要求高、嫌def2-SVP low，对于较大体系撑死了用def2-TZVP(-f)或def-TZVP也就够了。而且没有任何理论方法没有误差，讨论基组本身精度必须结合精度尽可能高的理论方法，只结合B3LYP不能说明问题，或者去跟接近完备基组极限的基组对比，例如和def2-QZVP对比。

作者
Author: 木贞 时间: 2023-9-12 16:03
怎么输出扫描各点的笛卡尔坐标呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-12 16:28

木贞发表于 2023-9-12 16:03
怎么输出扫描各点的笛卡尔坐标呢

产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具：IRCsplit和SCANsplit
http://sobereva.com/199

作者
Author: 吴双 时间: 2023-10-11 10:13
本帖最后由吴双于 2024-3-25 14:37 编辑

老师想跟您请教一下，我计算的催化剂模型是LnCr(Ⅲ)Mo6(Ⅵ)O24H3（简称1，电荷-3 ，自旋多重度4），催化剂1以氢键作用吸附H2O2，发生的反应是催化剂羟基上的H原子通过PCET过程进攻H2O2的过氧键，生成H2O...OH的结构。想找这一步的过渡态，做了柔性扫描，以生成物为柔性扫描的初始结构，发现随着H2O..OH上H向催化剂上O靠近的过程中，过氧化氢自身O-O键并没有拉近的趋势，想跟您请教下这是为什么呢？麻烦您啦（柔性扫描输出文件在附件中）

作者
Author: qiyangtt 时间: 2023-10-24 16:01
介绍得非常详细，谢谢sob老师的分享

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