计算化学公社

标题: CentOS7下安装GROMACS（GPU+AVX512）的经历分享 [打印本页]

作者
Author: naoki 时间: 2019-4-2 15:18
标题: CentOS7下安装GROMACS（GPU+AVX512）的经历分享
本帖最后由 naoki 于 2020-9-9 19:28 编辑

我大概从去年九月份开始接触一点量化计算和分子动力学模拟，因为课题组是做膜分离方向的，整个组没有任何计算机模拟的经验，开始入门和自学全靠Sob老师的博文、论坛和QQ群了，先感谢一下Sob老师和各位大佬的帮助。对于GROMACS和Linux来说我都只是个新手，长期停留在Windows舒适区，真的会使学习模拟的速度变慢，直到Windows不能满足计算需求，我才开始尝试学习Linux系统。幸运的是我的导师允许我采购一台服务器供课题组计算使用，于是我参考了Sob老师的购机博文《计算化学购机配置推荐》（http://sobereva.com/444），敲定了配置，联系国内某服务器商家采购了一台双路服务器（第一次还是没勇气自己在淘宝上买，现在看来完全不用找这种商家），大致配置如下：

主板：超微X11DAI-N
CPU：Intel Xeon Gold 6148*2
硬盘：4TB 7200RPM SATA 机械 + 500G SSD
内存：DDR4-2666 ECC 8*16GB
显卡： NVIDIA RTX2080
机器是CentOS7.3的操作系统，我按照Sob老师帖子《GROMACS的安装方法（含全程视频演示）》（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）尝试下载编译安装了GROMACS 2019.1和2018.6两个版本，编译过程一开始挺顺利的，但我想调用AVX512指令集和GPU加速，于是在cmake3那一步额外加了"-DGMX_SIMD=AVX_512"和"-DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda"，然后就提示出错，找不到AVX_512F指令集。后来经排查发现是gcc版本过低所致，CentOS7.3自带gcc的版本是4.8.5（通过执行命令 gcc -v 可以看到），通过官网（GCC 4.8 Release Series https://gcc.gnu.org/gcc-4.8/changes.html）可以查到其支持的微指令集。
gcc4：
(, 下载次数 Times of downloads: 242)
可以看到gcc4不支持AVX512。
gcc5：
(, 下载次数 Times of downloads: 242)
gcc5开始支持AVX512。
而CUDA从9.0开始支持gcc6.0，CUDA10.0支持gcc6.4，所以gcc不要直接升级到7.X这样的高版本，否则CUDA可能无法支持(CUDA官网可以查看各版本release)。
我是将gcc升级到5.5.0：

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/gcc/gcc-5.5.0/gcc-5.5.0.tar.gz；下载gcc安装包
tar -xf gcc-5.5.0.tar.gz；解压gcc安装包
cd gcc-5.5.0；进入解压后的文件夹
./contrib/download_prerequisites；下载依赖项
mkdir gcc-build-5.5.0；新建gcc-build-5.0.0文件夹
cd gcc-build-5.5.0；进入该文件夹
../configure --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib；设置编译参数：对代码进行一致性检查、支持c和c++语言、我是64位系统，禁止生成32位代码
make -j；开始编译
make install；安装编译好的文件

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCX；查看/usr/lib64下libstdc++.so.6中包含动态库有哪些版本
strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCXX；查看/usr/local/lib64下libstdc++.so.6中包含动态库有哪些版本，更新gcc后/usr/lib64下没有更新动态库，而/usr/local/lib64里有新的库，确认一下
cp /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.21 /usr/lib64/；所以把更新了的库libstdc++.so.6.0.21复制到/usr/lib64
cd /usr/lib64/；进到/usr/lib64里
rm -f libstdc++.so.6；删掉原来的旧库软链接
ln -s libstdc++.so.6.0.21 libstdc++.so.6；将默认库的软链接指向更新后的动态库
ll libstdc*；查看一下链接成功没

然后在cmake3这一步前加上两步：
export CC=/usr/local/bin/gcc
export CXX=/usr/local/bin/g++

编译就没问题了，本人很菜，如有错误还请大家多多指正~

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-4-2 18:46
谢谢分享！

作者
Author: 胡说 时间: 2019-4-3 09:39
可以测试下AVX2_256与AVX512的速度差别。
因为我机子上测试发现在GPU加速时候，AVX512要略慢于AVX2_256
只有纯CPU时，AVX512才比AVX2_256快一丢丢
网上也有类似情况
所以GPU加速的话，可能AVX2_256更好一点

作者
Author: naoki 时间: 2019-5-6 16:48

胡说发表于 2019-4-3 09:39
可以测试下AVX2_256与AVX512的速度差别。
因为我机子上测试发现在GPU加速时候，AVX512要略慢于AVX2_256
...

GROMACS官网：“AVX_512 Skylake-X desktop and Skylake-SP Xeon processors (2017); it will generally be fastest on the higher-end desktop and server processors with two 512-bit fused multiply-add units (e.g. Core i9 and Xeon Gold). However, certain desktop and server models (e.g. Xeon Bronze and Silver) come with only one AVX512 FMA unit and therefore on these processors AVX2_256 is faster (compile- and runtime checks try to inform about such cases). Additionally, with GPU accelerated runs AVX2_256 can also be faster on high-end Skylake CPUs with both 512-bit FMA units enabled.”我今天试了下256比512慢1倍。。。

作者
Author: kunkun 时间: 2019-5-6 17:15
所以centos7环境下最好升级到gcc5.0？看来我又要折腾了

作者
Author: naoki 时间: 2019-5-6 17:45

kunkun 发表于 2019-5-6 17:15
所以centos7环境下最好升级到gcc5.0？看来我又要折腾了

应该是这样的，安装的时候指定个其他路径不覆盖系统自带gcc感觉还好。。

作者
Author: kunkun 时间: 2019-5-6 18:02

naoki 发表于 2019-5-6 17:45
应该是这样的，安装的时候指定个其他路径不覆盖系统自带gcc感觉还好。。

提升如果真的有一倍的速度，那真的很可怕，必须升级了

作者
Author: naoki 时间: 2019-5-6 18:44

kunkun 发表于 2019-5-6 18:02
提升如果真的有一倍的速度，那真的很可怕，必须升级了

等等…我刚才仔细看了一下，问题应该不出在这里。现在我最新测试的情况是：

1.对于“ -DGMX_MPI=ON”+GPU+AVX2_256，3万原子数速度90ns/day
2.对于GPU+AVX2_256，3万原子数速度50ns/day
3.对于“ -DGMX_MPI=ON”GPU+AVX_512，3万原子数速度70ns/day
4.对于GPU+AVX512，3万原子数速度45ns/day
MPI版本跑动力学系统提示：Using 1 MPI process Using 40 OpenMP threads Mapping of GPU IDs to the 1 GPU rank on this node
单机版本跑动力学系统提示：Using 8 MPI process Using 5 OpenMP threads Mapping of GPU IDs to the 8 GPU ranks on this node
不懂这个具体含义，还请各位指点。。
虽然我是单节点，但是开MPI并行之后速度确实有提升。

作者
Author: naoki 时间: 2019-5-6 18:46

胡说发表于 2019-4-3 09:39
可以测试下AVX2_256与AVX512的速度差别。
因为我机子上测试发现在GPU加速时候，AVX512要略慢于AVX2_256
...

老哥你说的对，我最新的测试结果在下面，和官网说的一致，就是我不懂为啥MPI版本会更快。。

作者
Author: 万里云 时间: 2019-5-6 19:43
都手编GCC了，还说自己菜啊？楼主过谦了。

关于MPI和OpenMP的区别：MPI基于进程并行，而OpenMP基于线程。每个MPI进程间数据不共享，只有调用MPI命令时才会跨进程交换数据。而OpenMP每个线程间共享数据，会导致线程竞争的问题，解决方案一般是加锁，所以速度会比MPI慢。

作者
Author: naoki 时间: 2019-5-6 20:05

万里云发表于 2019-5-6 19:43
都手编GCC了，还说自己菜啊？楼主过谦了。

关于MPI和OpenMP的区别：MPI基于进程并行，而OpenMP基于线程 ...

我就是现学现卖，菜是真菜。谢谢老哥指教，对于我电脑的配置来说是不是MPI就是最佳解决方案了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-7 08:58

naoki 发表于 2019-5-6 20:05
我就是现学现卖，菜是真菜。谢谢老哥指教，对于我电脑的配置来说是不是MPI就是最佳解决方案了呢？

可以测试都用openmp和threadMPI的情况（分别用-ntomp和-ntmpi指定多少核用这两种方式并行）。threadMPI是内置的，不用额外编译

作者
Author: naoki 时间: 2019-5-7 10:17

sobereva 发表于 2019-5-7 08:58
可以测试都用openmp和threadMPI的情况（分别用-ntomp和-ntmpi指定多少核用这两种方式并行）。threadMPI是 ...

好的Sob老师，我去试试

作者
Author: 万里云 时间: 2019-5-7 14:26

naoki 发表于 2019-5-6 20:05
我就是现学现卖，菜是真菜。谢谢老哥指教，对于我电脑的配置来说是不是MPI就是最佳解决方案了呢？

可以做个测试：保持MPI进程数*OpenMP线程数=40，取效率最高的配置。

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2019-6-12 10:39
您好，我也是做膜过程分子模拟的，现在也是出于win舒适区向linux过度的阶段，能加个好友交流吗？

作者
Author: wolfli369 时间: 2019-7-11 10:32
本帖最后由 wolfli369 于 2019-7-11 10:40 编辑

你好，我是做膜分离的，刚接触gromacs, 能否交个朋友

作者
Author: mol 时间: 2019-7-16 19:14
lz您好，帮你补充下，安装好gcc后需要重启下才管用^_^

作者
Author: wolfli369 时间: 2019-7-18 09:45
您好，我是做无机膜分离的，能认识一下吗？

作者
Author: naoki 时间: 2019-7-23 12:53

EdwardLimit 发表于 2019-6-12 10:39
您好，我也是做膜过程分子模拟的，现在也是出于win舒适区向linux过度的阶段，能加个好友交流吗？

欢迎交流讨论~我也是个新手

作者
Author: naoki 时间: 2019-7-23 12:54

wolfli369 发表于 2019-7-18 09:45
您好，我是做无机膜分离的，能认识一下吗？

欢迎交流讨论~无机膜我也不太懂

作者
Author: wolfli369 时间: 2019-8-1 09:23
仍然谢谢你

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2019-10-30 08:40

sobereva 发表于 2019-5-7 08:58
可以测试都用openmp和threadMPI的情况（分别用-ntomp和-ntmpi指定多少核用这两种方式并行）。threadMPI是 ...

请问一下，我在超算上编译gromacs时使用了超算工作人员提供的openmp 2.0.2。编译gromacs时使用了“-DGMX_MPI=ON”。我发现编译过程中的输出里面有这么一句：“MPI is not compatible with thread-MPI. Disabling thread-MPI”，是不是就意味着我编译出来的gmx_mpi不可以使用“-ntmpi”这个参数了？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-31 06:19

Daniel_Arndt 发表于 2019-10-30 08:40
请问一下，我在超算上编译gromacs时使用了超算工作人员提供的openmp 2.0.2。编译gromacs时使用了“-DGMX_ ...

是

作者
Author: lao7 时间: 2019-12-2 16:42

naoki 发表于 2019-5-6 16:48
GROMACS官网：“AVX_512 Skylake-X desktop and Skylake-SP Xeon processors (2017); it will generally ...

我的处理器只支持AVX2_64

作者
Author: lao7 时间: 2019-12-4 21:42
我的CPU不支持！第三代V3太老了！

作者
Author: laoman 时间: 2019-12-6 08:00
gcc的编译有时还会遇到提示说找不到gmp、mpfr和mpc这三个玩意，以前老是傻傻的在网上一个个搜了下载编译，但其实gcc目录下面有个contrlib目录，里面有自动下载依赖库的脚本，直接执行就好了：
[jhli@n78 gcc-5.4.0]$ ./contrib/download_prerequisites

作者
Author: naoki 时间: 2019-12-16 10:54

laoman 发表于 2019-12-6 08:00
gcc的编译有时还会遇到提示说找不到gmp、mpfr和mpc这三个玩意，以前老是傻傻的在网上一个个搜了下载编译， ...

谢谢补充~

作者
Author: naoki 时间: 2019-12-16 10:56

lao7 发表于 2019-12-4 21:42
我的CPU不支持！第三代V3太老了！

我们组还有两颗二代的

作者
Author: lao7 时间: 2019-12-17 20:11

naoki 发表于 2019-12-16 10:56
我们组还有两颗二代的

凑乎用吧！懒得折腾换来换去。一年也就用那么两次！开机也就2个月。

作者
Author: jluZ 时间: 2020-9-9 18:04
你好博主。
因为是新手，所以不是很理解您编译gcc5.5.0的时候，后面语句的意义。
您看您是否愿意给一些注释。或者推荐我一两个网页自己去学习理解。
非常感谢！

作者
Author: naoki 时间: 2020-9-9 19:25
本帖最后由 naoki 于 2020-9-9 19:28 编辑

jluZ 发表于 2020-9-9 18:04
你好博主。
因为是新手，所以不是很理解您编译gcc5.5.0的时候，后面语句的意义。
您看您是否愿意给一些注 ...

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/gcc/gcc-5.5.0/gcc-5.5.0.tar.gz；下载gcc安装包
tar -xf gcc-5.5.0.tar.gz；解压gcc安装包
cd gcc-5.5.0；进入解压后的文件夹
./contrib/download_prerequisites；下载依赖项
mkdir gcc-build-5.5.0；新建gcc-build-5.0.0文件夹
cd gcc-build-5.5.0；进入该文件夹
../configure --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib；设置编译参数：对代码进行一致性检查、支持c和c++语言、我是64位系统，禁止生成32位代码
make -j；开始编译
make install；安装编译好的文件

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCX；查看/usr/lib64下libstdc++.so.6中包含动态库有哪些版本
strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCXX；查看/usr/local/lib64下libstdc++.so.6中包含动态库有哪些版本，更新gcc后/usr/lib64下没有更新动态库，而/usr/local/lib64里有新的库，确认一下
cp /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.21 /usr/lib64/；所以把更新了的库libstdc++.so.6.0.21复制到/usr/lib64
cd /usr/lib64/；进到/usr/lib64里
rm -f libstdc++.so.6；删掉原来的旧库软链接
ln -s libstdc++.so.6.0.21 libstdc++.so.6；将默认库的软链接指向更新后的动态库
ll libstdc*；查看一下链接成功没

作者
Author: jluZ 时间: 2020-9-12 07:46
十分感谢您的回复和宝贵的分享！

作者
Author: jluZ 时间: 2020-10-17 19:20

naoki 发表于 2019-5-6 16:48
GROMACS官网：“AVX_512 Skylake-X desktop and Skylake-SP Xeon processors (2017); it will generally ...

您知道怎样看自己的cpu适不适合AVX512吗？

作者
Author: naoki 时间: 2020-10-17 19:52

jluZ 发表于 2020-10-17 19:20
您知道怎样看自己的cpu适不适合AVX512吗？

intel官网

作者
Author: snljty 时间: 2020-10-17 21:04
本帖最后由 snljty 于 2020-10-17 21:08 编辑

jluZ 发表于 2020-10-17 19:20
您知道怎样看自己的cpu适不适合AVX512吗？

for i in avx512 avx2 "avx[^2]" sse4_2; do grep -o -e $i /proc/cpuinfo; done

复制代码

作者
Author: jluZ 时间: 2020-10-19 11:00

naoki 发表于 2020-10-17 19:52
intel官网

非常感谢！

作者
Author: jluZ 时间: 2020-10-19 11:04

snljty 发表于 2020-10-17 21:04

非常感谢！
我显示出的是
avx512
avx512
avx2
avx2
这种一长串
这样说明是可以的吗？

作者
Author: snljty 时间: 2020-10-19 11:20

jluZ 发表于 2020-10-19 11:04
非常感谢！
我显示出的是
avx512

显示了哪个，就说明支持哪个指令集~

作者
Author: jluZ 时间: 2020-10-20 10:37

snljty 发表于 2020-10-19 11:20
显示了哪个，就说明支持哪个指令集~

非常感谢！

作者
Author: lao7 时间: 2021-4-9 22:11

胡说发表于 2019-4-3 09:39
可以测试下AVX2_256与AVX512的速度差别。
因为我机子上测试发现在GPU加速时候，AVX512要略慢于AVX2_256
...

the tests are very important. Thanks.

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-4-10 03:11

snljty 发表于 2020-10-19 11:20
显示了哪个，就说明支持哪个指令集~

直接 lscpu就好了

作者
Author: hangmint 时间: 2021-4-10 13:35
你这个还好,我遇到了gcc版本过高导致无法编译，也是卸载了原来的gcc重新编译了对应的版本。

作者
Author: snljty 时间: 2021-4-10 15:23

喵星大佬发表于 2021-4-10 03:11
直接 lscpu就好了

谢谢！当时没仔细查过这类命令，不太熟悉~

作者
Author: lisanoid 时间: 2021-12-26 00:48
编译之后报错了，实在太长，最后几行如下：请帮忙分析一下吧
make[3]: *** [s-attrtab] Killed
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
rm gcc.pod
make[3]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/gcc'
make[2]: *** [all-stage2-gcc] Error 2
make[2]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0'
make[1]: *** [stage2-bubble] Error 2
make[1]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0'
make: *** [all] Error 2

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-26 05:55

lisanoid 发表于 2021-12-26 00:48
编译之后报错了，实在太长，最后几行如下：请帮忙分析一下吧
make[3]: *** [s-attrtab] Killed
make[3]: ...

你这个报错没有有价值信息。说清操作所有涉及到的版本和输入，贴更完整的信息。

作者
Author: lisanoid 时间: 2021-12-28 17:37

snljty 发表于 2021-12-26 05:55
你这个报错没有有价值信息。说清操作所有涉及到的版本和输入，贴更完整的信息。

多谢提醒
我重新安装一遍，出现了类似错误，我简单搜索了一下好像是内存不足，安装具体信息如下：
/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/xg++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/ -B/usr/local/x86_64-unknown-linux-gnu/bin/ -nostdinc++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include/x86_64-unknown-linux-gnu  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include  -I/sob/gcc-5.5.0/libstdc++-v3/libsupc++ -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs -c -g -O2 -gtoggle -DIN_GCC -fno-exceptions -fno-rtti -fasynchronous-unwind-tables -W -Wall -Wno-narrowing -Wwrite-strings -Wcast-qual -Wmissing-format-attribute -Woverloaded-virtual -pedantic -Wno-long-long -Wno-variadic-macros -Wno-overlength-strings -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../gcc -I../../gcc/. -I../../gcc/../include -I../../gcc/../libcpp/include -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpc/src  -I../../gcc/../libdecnumber -I../../gcc/../libdecnumber/bid -I../libdecnumber -I../../gcc/../libbacktrace -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./isl/include -I/sob/gcc-5.5.0/isl/include  -o ira-color.o -MT ira-color.o -MMD -MP -MF ./.deps/ira-color.TPo ../../gcc/ira-color.c
/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/xg++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/ -B/usr/local/x86_64-unknown-linux-gnu/bin/ -nostdinc++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include/x86_64-unknown-linux-gnu  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include  -I/sob/gcc-5.5.0/libstdc++-v3/libsupc++ -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs -c -g -O2 -gtoggle -DIN_GCC -fno-exceptions -fno-rtti -fasynchronous-unwind-tables -W -Wall -Wno-narrowing -Wwrite-strings -Wcast-qual -Wmissing-format-attribute -Woverloaded-virtual -pedantic -Wno-long-long -Wno-variadic-macros -Wno-overlength-strings -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../gcc -I../../gcc/. -I../../gcc/../include -I../../gcc/../libcpp/include -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpc/src  -I../../gcc/../libdecnumber -I../../gcc/../libdecnumber/bid -I../libdecnumber -I../../gcc/../libbacktrace -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./isl/include -I/sob/gcc-5.5.0/isl/include  -o ira-emit.o -MT ira-emit.o -MMD -MP -MF ./.deps/ira-emit.TPo ../../gcc/ira-emit.c
/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/xg++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/ -B/usr/local/x86_64-unknown-linux-gnu/bin/ -nostdinc++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include/x86_64-unknown-linux-gnu  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include  -I/sob/gcc-5.5.0/libstdc++-v3/libsupc++ -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs -c -g -O2 -gtoggle -DIN_GCC -fno-exceptions -fno-rtti -fasynchronous-unwind-tables -W -Wall -Wno-narrowing -Wwrite-strings -Wcast-qual -Wmissing-format-attribute -Woverloaded-virtual -pedantic -Wno-long-long -Wno-variadic-macros -Wno-overlength-strings -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../gcc -I../../gcc/. -I../../gcc/../include -I../../gcc/../libcpp/include -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpc/src  -I../../gcc/../libdecnumber -I../../gcc/../libdecnumber/bid -I../libdecnumber -I../../gcc/../libbacktrace -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./isl/include -I/sob/gcc-5.5.0/isl/include  -o ira-lives.o -MT ira-lives.o -MMD -MP -MF ./.deps/ira-lives.TPo ../../gcc/ira-lives.c
/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/xg++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/ -B/usr/local/x86_64-unknown-linux-gnu/bin/ -nostdinc++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include/x86_64-unknown-linux-gnu  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include  -I/sob/gcc-5.5.0/libstdc++-v3/libsupc++ -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs -c -g -O2 -gtoggle -DIN_GCC -fno-exceptions -fno-rtti -fasynchronous-unwind-tables -W -Wall -Wno-narrowing -Wwrite-strings -Wcast-qual -Wmissing-format-attribute -Woverloaded-virtual -pedantic -Wno-long-long -Wno-variadic-macros -Wno-overlength-strings -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../gcc -I../../gcc/. -I../../gcc/../include -I../../gcc/../libcpp/include -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpc/src  -I../../gcc/../libdecnumber -I../../gcc/../libdecnumber/bid -I../libdecnumber -I../../gcc/../libbacktrace -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./isl/include -I/sob/gcc-5.5.0/isl/include  -o jump.o -MT jump.o -MMD -MP -MF ./.deps/jump.TPo ../../gcc/jump.c
/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/xg++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./prev-gcc/ -B/usr/local/x86_64-unknown-linux-gnu/bin/ -nostdinc++ -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -B/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include/x86_64-unknown-linux-gnu  -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/include  -I/sob/gcc-5.5.0/libstdc++-v3/libsupc++ -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/src/.libs -L/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/prev-x86_64-unknown-linux-gnu/libstdc++-v3/libsupc++/.libs -c -g -O2 -gtoggle -DIN_GCC -fno-exceptions -fno-rtti -fasynchronous-unwind-tables -W -Wall -Wno-narrowing -Wwrite-strings -Wcast-qual -Wmissing-format-attribute -Woverloaded-virtual -pedantic -Wno-long-long -Wno-variadic-macros -Wno-overlength-strings -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../gcc -I../../gcc/. -I../../gcc/../include -I../../gcc/../libcpp/include -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gmp -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpfr -I/sob/gcc-5.5.0/mpc/src  -I../../gcc/../libdecnumber -I../../gcc/../libdecnumber/bid -I../libdecnumber -I../../gcc/../libbacktrace -I/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/./isl/include -I/sob/gcc-5.5.0/isl/include  -o langhooks.o -MT langhooks.o -MMD -MP -MF ./.deps/langhooks.TPo ../../gcc/langhooks.c
make[3]: *** [s-attrtab] Killed
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
rm gcc.pod
make[3]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/gcc'
make[2]: *** [all-stage2-gcc] Error 2
make[2]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0'
make[1]: *** [stage2-bubble] Error 2
make[1]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0'
make: *** [all] Error 2

作者
Author: shuiningzhu 时间: 2023-11-15 16:09

lisanoid 发表于 2021-12-28 17:37
多谢提醒
我重新安装一遍，出现了类似错误，我简单搜索了一下好像是内存不足，安装具体信息如下：
/so ...

如果内存够大，swapoff -a，关闭交换分区，否则，扩大交换分区。

作者
Author: 15939474177 时间: 2025-2-23 15:07
按照博主更新gcc5的方法，解压时为什么会出现这种错误呢

作者
Author: 算量子 时间: 2025-2-24 17:06
和楼上同样的问题 (, 下载次数 Times of downloads: 48)

作者
Author: 算量子 时间: 2025-2-24 17:19

15939474177 发表于 2025-2-23 15:07
按照博主更新gcc5的方法，解压时为什么会出现这种错误呢

来这个镜像地址下载，那个下的应该是损坏了
wget -O gcc.tar.gz http://mirrors.aliyun.com/gnu/gc ... .0.0.cb735208bCtlnI

作者
Author: Santz 时间: 2025-2-24 21:07

算量子发表于 2025-2-24 17:06
和楼上同样的问题

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