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标题: 请教：关于GAFF中两种相同的原子类型能否“合并”的问题 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-3 14:14
标题: 请教：关于GAFF中两种相同的原子类型能否“合并”的问题
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-3 00:16 编辑

老师好，如果用acpype.py生成的itp文件中，原子类型有cc和cd，而GAFF中的原子类型写到：
cc : Sp2 carbons in non-pure aromatic systems
cd : Sp2 carbons in non-pure aromatic systems, identical to cc
那么我可以把所有文件（.itp等）中的cd改成cc来用吗？其他类似的情况也同理吗？

谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-3 16:01
仔细看看AMBER程序里gaff.dat里关于这两个原子类型的定义，如果都相同，那用谁都可以

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