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标题: 请问计算protein pKa相对比较精确的办法有哪些？ [打印本页]

作者
Author: xyyan1207 时间: 2019-4-4 22:45
标题: 请问计算protein pKa相对比较精确的办法有哪些？
如题求助！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-5 05:32
直接的做法有这些，更严格的基于MD自由能计算实现的也有
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作者
Author: wuzhiyi 时间: 2019-4-13 17:43
amber和NAMD的cpHMD都可以预测pka虽然准不准是另一回事了

作者
Author: xyyan1207 时间: 2019-4-18 21:53

sobereva 发表于 2019-4-5 05:32
直接的做法有这些，更严格的基于MD自由能计算实现的也有

再请教下老师，如果想要计算蛋白质环境中底物配体的pKa有办法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-19 03:36

xyyan1207 发表于 2019-4-18 21:53
再请教下老师，如果想要计算蛋白质环境中底物配体的pKa有办法吗？

有不同的角度，看具体情况
比如某些情况可以通过量化程序以常规方式算pka，蛋白环境用背景电荷表达

作者
Author: xyyan1207 时间: 2019-4-19 09:37

sobereva 发表于 2019-4-19 03:36
有不同的角度，看具体情况
比如某些情况可以通过量化程序以常规方式算pka，蛋白环境用背景电荷表达

老师，如果按照这种方法计算的话，那氢质子的数据如何得到呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-19 22:09

xyyan1207 发表于 2019-4-19 09:37
老师，如果按照这种方法计算的话，那氢质子的数据如何得到呢？

有现成的实验数据或者前人已经算出来的靠谱的数据

作者
Author: xyyan1207 时间: 2019-4-20 13:10

sobereva 发表于 2019-4-19 22:09
有现成的实验数据或者前人已经算出来的靠谱的数据

老师，我理解的是这背景电荷是我自己蛋白计算体系的MM区域的呀，别人没做过这体系，那是不是说就没办法了呀，我理解对了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-20 23:54

xyyan1207 发表于 2019-4-20 13:10
老师，我理解的是这背景电荷是我自己蛋白计算体系的MM区域的呀，别人没做过这体系，那是不是说就没办法了 ...

看不懂你的问题
背景电荷肯定是MM区域的原子对应的原子电荷

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