计算化学公社
标题:
NWChem跨节点并行的困惑
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作者Author:
ikea1984
时间:
2019-4-8 15:00
标题:
NWChem跨节点并行的困惑
编译出来的NWChem用一个节点计算挺好的，效率也不错。但是跨点并行会出各种奇怪的问题，比如数值算着算着就不对了，效率很低之类的。是不是需要做什么特殊设置？
编译器Intel2017，MPI用了Intelmpi，openmpi，ARMCI_NETWORK设置为OPENIB和MPI-TS都试过，都不行。。。
作者Author:
chrinide
时间:
2019-4-8 18:32
跨格点，我记得得用GA这个库
作者Author:
Mikasa
时间:
2019-4-8 22:49
这是我用的脚本，供参考。用module load加载intel编译器，或者自己安装并正确设置环境变量。
要用OPENIB的话得提供IB_LIB, IB_INCLUDE, IB_LIB_NAME。
#!/bin/bash -l
echo " "
export NWCHEM_TOP=`pwd`
module load intel/2018/release mkl/2018/release impi/2018/release
cd $NWCHEM_TOP/src
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export IB_LIB=/usr/lib64
export IB_INCLUDE=/usr/include
export IB_LIB_NAME="-libverbs"
export ARMCI_NETWORK=OPENIB
export USE_MPI=y
export USE_MPIF=y
export USE_MPIF4=y
export USE_SCALAPACK=y
export MKL_INCLUDE="$MKLROOT/include"
export SCALAPACK="-L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread -lm"
export SCALAPACK_LIB="$SCALAPACK"
export SCALAPACK_SIZE=8
export BLASOPT="-L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread -lm"
export BLAS_SIZE=8
export USE_NOIO=y
export CRAYPE_LINK_TYPE=dynamic
export LARGE_FILES=true
export NWCHEM_MODULES=all
export F77=ifort
export F90=ifort
export FC=ifort
export FL=ifort
export CC=icc
export CXX=icpc
make clean
make nwchem_config
make
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