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标题: 求助：对体系控压的时候盒子变得越来越大、分子跑得特别远，怎么办？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-9 04:45
标题: 求助：对体系控压的时候盒子变得越来越大、分子跑得特别远，怎么办？
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-12 10:10 编辑

老师好，大家好，体系中间是一个大分子链和一个小分子组成的团簇，周围填充的溶剂分子。对团簇进行限制性动力学计算，结果看起来正常。但是做长时间NPT模拟就出问题了，盒子变得越来越大（边长由初始的8nm变到了几百nm）、分子跑得特别远，怎么办？后来我对体系按下面的mdp文件只控压，发现控压时会有上面的问题（只控温就不会有该问题）。求指点，谢谢

define =
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 5000000 ; 10ns
comm-grps  = System
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 5000
nstenergy = 5000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Pcoupl    = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
;constraints = hbonds
update 1------------------------------------------------------------
刚刚对该体系重新依次做了Energy minimization、平衡相动力学（共400ps：0-200ps升到室温，200-400ps保持室温）、产生相动力学（保持在室温），在产生相动力学模拟的时候依然会出现盒子变得很大的情况，搞不懂为什么，平衡相和产生相主要的区别就是压浴的方式由Berendsen换成P-R了。具体错误提示为Fatal error:
An atom moved too far between two domain decomposition steps
This usually means that your system is not well equilibrated 难道需要跑更久的产生相动力学吗？

作者
Author: wbn 时间: 2019-4-9 05:34
这mdp文件是真的还是假的，控压不控温的我还是头一次见，还有你说的NVP 是什么鬼... 初学者刚上手的时候不要忙着做，多读点书和文献，把gmx manual 过一过比啥都强...

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-9 06:22
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-8 16:24 编辑

wbn 发表于 2019-4-8 15:34
这mdp文件是真的还是假的，控压不控温的我还是头一次见，还有你说的NVP 是什么鬼... 初学者刚上手的时候不 ...

谢谢您。NVP是打错了，应该是NPT的，对不起哈。正常的活是想用NPT做实际研究的，这里我做了只控压和只控温的情况是想通过这样看看到底问题出在哪块，确实是第一次做，不知道这种排查错误的方式合不合理。谢谢您的建议。

作者
Author: wbn 时间: 2019-4-9 07:44

yihanxu 发表于 2019-4-9 06:22
谢谢您。NVP是打错了，应该是NPT的，对不起哈。正常的活是想用NPT做实际研究的，这里我做了只控压和只控 ...

可以检查一下你的top文件，看LJ参数的sigma项有没有写对，以及盒子的总电荷是不是0。也有可能是因为你的溶剂在当前温度下气化了，可以降低温度再试。

另外不要在别人已经回了你的帖子之后再修改问题描述，有Update的话加分隔线在下面写，否则其他人会以为我没看清楚问题就回答了

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-9 08:02

wbn 发表于 2019-4-8 17:44
可以检查一下你的top文件，看LJ参数的sigma项有没有写对，以及盒子的总电荷是不是0。也有可能是因为你的 ...

已采用您的建议。如果改写更方便别人阅读的话，我还是倾向改写，希望以后万一遇到这种情况您别介意。谢谢

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-9 08:12

wbn 发表于 2019-4-8 17:44
可以检查一下你的top文件，看LJ参数的sigma项有没有写对，以及盒子的总电荷是不是0。也有可能是因为你的 ...

盒子带-0.004个电荷，这种电荷大小可以忽略吗？

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-4-9 09:50
你用的什么溶剂？溶剂力场不好有可能气化了

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-9 11:53
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-8 22:00 编辑

fhh2626 发表于 2019-4-8 19:50
你用的什么溶剂？溶剂力场不好有可能气化了

谢谢，我会检查一下。可是如果这样的话，为什么平衡相模拟没问题呢？怕楼层太占页面，平衡相mdp见附件。
产生相mdp:
define =
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 10000000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 5000
nstenergy = 5000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2 0.2 0.2
tc_grps = PPY Li2S4 Solvent
ref_t = 298.15 298.15 298.15
;
Pcoupl    = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0 ;ps
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
;constraints = hbonds

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-9 13:05

fhh2626 发表于 2019-4-8 19:50
你用的什么溶剂？溶剂力场不好有可能气化了

刚刚忘了回答：用的GAFF, 溶剂用的DOL和DME，分子结构在这里有图：
http://bbs.keinsci.com/thread-11064-1-1.html#pid76242

作者
Author: wbn 时间: 2019-4-10 02:47

yihanxu 发表于 2019-4-9 08:12
盒子带-0.004个电荷，这种电荷大小可以忽略吗？

盒子有总电荷肯定要去掉，如果你的盒子有1000个分子的话，这样就意味你每mol的物质带有整整0.3库伦的电荷。另外你确定你就是把Berendsen barastat 换成 Parrinello-Rahman barastat 的时候盒子才开始explosion的吗？Parrinello-Rahman barastat 需要在盒子已经平衡地非常充分地条件下进行，事先最好用Berendsen barastat 平衡几个ns. 不过即使盒子没平衡好恐怕也不会出现explosion的状况。你先把电荷调成0，用Berendsen 看看盒子会不会膨胀，再换成P-R 再试

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-10 06:39
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-9 16:41 编辑

wbn 发表于 2019-4-9 12:47
盒子有总电荷肯定要去掉，如果你的盒子有1000个分子的话，这样就意味你每mol的物质带有整整0.3库伦的电荷 ...

谢谢，我单独模拟了溶剂，出现问题，所以可能是和溶剂分子参数等有关，现在正在进一步检查。等检查的结果出来再更新帖子。谢谢！

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-10 06:40

wbn 发表于 2019-4-9 12:47
盒子有总电荷肯定要去掉，如果你的盒子有1000个分子的话，这样就意味你每mol的物质带有整整0.3库伦的电荷 ...

调成0试了，还是原样。可能带电量小，影响不大。

作者
Author: Limk 时间: 2020-5-16 21:29
你好，请问你的问题解决了吗，我也遇到了同样的问题，只要控压体系就会崩溃，如果解决可否交流一下，谢谢

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-5-17 12:05

Limk 发表于 2020-5-16 07:29
你好，请问你的问题解决了吗，我也遇到了同样的问题，只要控压体系就会崩溃，如果解决可否交流一下，谢谢

您好时间有点久了我记不起来了
是不是体系没达到平衡？还没平衡是别用PR压浴，用berendsen
或者确认成键相关参数有无问题，跑个单分子真空模拟确认结构能正确维持

作者
Author: Limk 时间: 2020-5-17 21:27

yihanxu 发表于 2020-5-17 12:05
您好时间有点久了我记不起来了
是不是体系没达到平衡？还没平衡是别用PR压浴，用berendsen
或者确认 ...

感谢您的回复，是压浴的选择问题，应该是没平衡就用了PR，谢谢！

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-5-18 06:35

Limk 发表于 2020-5-17 07:27
感谢您的回复，是压浴的选择问题，应该是没平衡就用了PR，谢谢！

不客气

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