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标题: tleap运行结果警告The unperturbed charge of the unit (-0.060000) is not integral [打印本页]

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-12 16:39
标题: tleap运行结果警告The unperturbed charge of the unit (-0.060000) is not integral
利用tleap生成水和尿素混合物体系的prmtop和inpcrd文件，tleap运行完毕后，出现以下警告：
/teLeap: Warning!
The unperturbed charge of the unit (-0.060000) is not integral.
Warning!
The unperturbed charge of the unit (-0.060000) is not zero.
生成的prmtop和inpcrd文件可以使用吗？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-12 22:20
再检查检查尿素里原子电荷，看看是否加和非常接近于0，不是的话人为轻微调节一下。尽量让电荷更接近整数

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-13 19:02
本帖最后由 hzamber 于 2019-4-13 19:40 编辑

sobereva 发表于 2019-4-12 22:20
再检查检查尿素里原子电荷，看看是否加和非常接近于0，不是的话人为轻微调节一下。尽量让电荷更接近整数

尿素各原子电荷加和为0.001。

电荷计算法为antechamber生成mol2时选择AM1-BCC方法。

测试了一些烷烃、烯烃小分子，发现有些分子整体电荷为零，有些分子整体电荷为0.002。

问题一：对于中性分子，理论上是不是要求整体电荷为零用于MD模拟才合理？整体电荷多小可以接受？有没有标准？

问题二：原子电荷一般选择哪种方法比较好？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-13 20:14
1 是。没有什么标准，不为0都是数值误差所致，误差应当尽量小，诸如小数点后四位
2 用于动力学模拟，RESP电荷是最理想选择，用Multiwfn可以非常容易地计算，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-15 13:25

sobereva 发表于 2019-4-13 20:14
1 是。没有什么标准，不为0都是数值误差所致，误差应当尽量小，诸如小数点后四位
2 用于动力学模拟，RESP ...

谢谢！

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