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标题: GRO文件在VMD中打开不成键问题 [打印本页]

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-4-16 09:39
标题: GRO文件在VMD中打开不成键问题
请问一下大家就是我用Materials studio建好模型之后，导出为pdb模式，然后通过GROMACS的editconf转化为gro格式，结果就是中间的那一片铁酸钴不成键。试过了调整键的显示方式改为dynamicbonds并且调大distance cutoff，但是调大之后其它地方的原子也会相互形成键，请问有没有办法只让中间那部分成键，而其他的部分保持不动呢？谢谢大家 (, 下载次数 Times of downloads: 47) (, 下载次数 Times of downloads: 47)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-16 11:03
设置representation，只对特定区域的原子用dynamic bonds

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-4-16 12:19

sobereva 发表于 2019-4-16 11:03
设置representation，只对特定区域的原子用dynamic bonds

好的谢谢sob老师。那这个不成键的结构对后面跑md有影响吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-17 00:46

yyy1996 发表于 2019-4-16 12:19
好的谢谢sob老师。那这个不成键的结构对后面跑md有影响吗

无

作者
Author: yyy1996 时间: 2019-4-17 15:42

sobereva 发表于 2019-4-17 00:46
无

好的感谢sob老师的耐心解答

作者
Author: GXE 时间: 2024-6-20 21:54

yyy1996 发表于 2019-4-17 15:42
好的感谢sob老师的耐心解答

您好，请教一下，我在使用gromacs进行NaPF6-G2电解液分子动力学模拟的时候，优化后的PF6-产生的gro文件导入到VMD里发现没有键，这就导致我最后的模拟体系里的PF6-也没有键，即使再representation调了dynamcbonds还是没有键，请问老师这该怎么处理呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-21 06:53

GXE 发表于 2024-6-20 21:54
您好，请教一下，我在使用gromacs进行NaPF6-G2电解液分子动力学模拟的时候，优化后的PF6-产生的gro文件导 ...

载入gro有没有显示键和拓扑信息里是否有键完全是两码事
仔细看此文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作者
Author: GXE 时间: 2024-6-21 20:17
谢谢！

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