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标题: CASTEP(MS)计算乙苯在Pd(110)上的吸附能的问题 [打印本页]

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Fermium    时间: 2019-4-16 09:58
标题: CASTEP(MS)计算乙苯在Pd(110)上的吸附能的问题
向大神求助:需要计算乙苯分子在Pd(110)上的吸附能,目前能够使用的软件为CASTEP(MS),看到Tutorial中的是CO在Pd(110)上的吸附,其中CO是通过add atom的方式加入到Pd(110),位置及距离都能够精确调控,但是如果换成乙苯分子,怎么将乙苯分子加入呢?如果直接将乙苯分子复制于金属表面附近,那么是否需要考虑放置位置?


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yiranfengbai    时间: 2019-4-16 10:17
当然需要考虑位置了,而且这还应该是你要计算的主要内容之一。先将乙苯分子在一个盒子中优化,之后复制到Pd表面,需要考虑不同的位置,如顶位,桥位,hcp位等。同时还要考虑乙苯分子是横着,竖着,斜着。乙苯分子与表面的距离一般设为2.5到3.0nm之间。需要做很多组测试呢。
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Fermium    时间: 2019-4-16 10:31
yiranfengbai 发表于 2019-4-16 10:17
当然需要考虑位置了,而且这还应该是你要计算的主要内容之一。先将乙苯分子在一个盒子中优化,之后复制到Pd ...

多谢大神指点,调整吸附位置的时候是通过改变原子坐标么?CO只有两个原子比较好调整,但是乙苯分子这么多原子如何调整呢?
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sobereva    时间: 2019-4-16 10:59
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的标题“CASTEP(MS)计算乙苯在Pd(110)上的吸附能”改了,以后请务必注意!
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yiranfengbai    时间: 2019-4-16 15:25
Fermium 发表于 2019-4-16 10:31
多谢大神指点,调整吸附位置的时候是通过改变原子坐标么?CO只有两个原子比较好调整,但是乙苯分子这么多 ...

你选中乙苯分子,整体移动就行了。乙苯分子确实略大,这就需要你自己先猜测了,根据乙苯分子的对称性,乙苯分子的活性位点,猜测乙苯分子中哪些部分可能会与表面发生反应。如,官能团。那么就把官能团头朝下对着不同的位置。若是邻位或间位C,就把C放在不同位置正上方。笨方法就是把所有的情况全部都考虑,全部计算,看最终结果。
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Fermium    时间: 2019-4-16 16:01
yiranfengbai 发表于 2019-4-16 15:25
你选中乙苯分子,整体移动就行了。乙苯分子确实略大,这就需要你自己先猜测了,根据乙苯分子的对称性,乙 ...

嗯嗯,感谢感谢,加入乙苯分子后,需不需要rebuild crystal之后再计算呢?还是直接进行计算?
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yiranfengbai    时间: 2019-4-16 17:09
Fermium 发表于 2019-4-16 16:01
嗯嗯,感谢感谢,加入乙苯分子后,需不需要rebuild crystal之后再计算呢?还是直接进行计算?

不需要。乙苯分子加入后,还是按照原来的设置就行。
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Fermium    时间: 2019-4-17 10:43
yiranfengbai 发表于 2019-4-16 17:09
不需要。乙苯分子加入后,还是按照原来的设置就行。

谢谢指导,已经初步算出了一个结果,Final Enthalpy = -2.29439063E+004 eV,这个数量级不知道对不对?

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Fermium    时间: 2019-4-17 10:53
Fermium 发表于 2019-4-17 10:43
谢谢指导,已经初步算出了一个结果,Final Enthalpy = -2.29439063E+004 eV,这个数量级不知道对不对?

大神,还有一个问题,文献里边会显示成键,我这边计算好了之后没有显示出成键。
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yiranfengbai    时间: 2019-4-17 11:17
建议你优化完之后,再进行单点能计算,也就是计算一次Energy。成键的话需要自己设置,在"Buld"中有个“Bonds”选项,然后calculate即可。
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granvia    时间: 2019-4-17 14:19
不仅需要考虑分子整体的平移,还需考虑沿z方向的转动从而explore不同的相对取向。另外,这个体系必须加dispersion校正
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卡西特    时间: 2019-4-24 11:46
yiranfengbai 发表于 2019-4-17 11:17
建议你优化完之后,再进行单点能计算,也就是计算一次Energy。成键的话需要自己设置,在"Buld"中有个“Bond ...

我想请教下,你说的关于成键的问题,这不应该是优化之后会自动出现吗,那请问怎么才能知道有没有键的生成,判断依据是什么?
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yiranfengbai    时间: 2019-4-24 14:59
卡西特 发表于 2019-4-24 11:46
我想请教下,你说的关于成键的问题,这不应该是优化之后会自动出现吗,那请问怎么才能知道有没有键的生成 ...

不会出现吧,因为我们引入外来原子时破坏了对称性,哪怕优化后吸附原子与表面的距离只有0.1nm都不会成键,需要自己判断的。判断的依据一般是:首先看吸附能大小,判断是化学吸附还是物理吸附,然后计算Mulliken电荷,看吸附原子的电荷,从而说明得到多少电子或失去多少点,最后看差分电荷密度图,从图中说明电荷的得失,这样才能准确的说明是否成键。
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卡西特    时间: 2019-4-24 16:41
yiranfengbai 发表于 2019-4-24 14:59
不会出现吧,因为我们引入外来原子时破坏了对称性,哪怕优化后吸附原子与表面的距离只有0.1nm都不会成键 ...

还想问下,就是物理和化学吸附两者标准可以根据吸附能来判断吗,两者区分的界限是啥
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yiranfengbai    时间: 2019-4-24 17:44
卡西特 发表于 2019-4-24 16:41
还想问下,就是物理和化学吸附两者标准可以根据吸附能来判断吗,两者区分的界限是啥

可以的,一般来说吸附能的绝对值大于1以上的是化学吸附,小于1的是物理吸附,记不太清具体的界限了,你找一下关于吸附的论文看一下,一般都会有的。吸附能可以解释为相互作用能,大的吸附能说明两者之间有强的相互作用力,吸附能小的说明两者之间并没有很强的相互作用力,只是通过范德华力产生作用。
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雁笑云散    时间: 2021-12-27 21:53
yiranfengbai 发表于 2019-4-24 17:44
可以的,一般来说吸附能的绝对值大于1以上的是化学吸附,小于1的是物理吸附,记不太清具体的界限了,你找 ...

请问这个绝对值大于1单位是ev吗




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