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标题: 求助 OPLSAA力场中的异常二面角参数转换 [打印本页]

作者
Author: topend 时间: 2019-4-16 19:12
标题: 求助 OPLSAA力场中的异常二面角参数转换
在文献中查到离子的OPLSAA二面角参数为V1, V2, V3, Improper。例如V1-V3的值为0.000 2.000 0.000，单位kcal/mol。想请问一下，如果转换成ffbonded.itp中的以下格式该如何转换呢？#define improper_X_NO_ON_NO 2 180.0 43.93200

谢谢!

作者
Author: wbn 时间: 2019-4-17 03:50
文献中在给出力场参数的同时肯定会给出方程的形式，然后在gmx manual 中也找出对应的方程，比较两个方程把参数对应起来

举个例子，假设你的V1 V2 V3是 DL_POLY的cos3形式：
(, 下载次数 Times of downloads: 32)
你想把它转换为gmx的type1 二面角，那么在gmx manual中找到type1 的方程格式：
(, 下载次数 Times of downloads: 33)
一一对应起来，比如对于A_1项 k_theta = 1/2A_1, n = 1, phi_s = 0，对于A_2项，k_theta = 1/2A_2, n = 2, phi_s = 180，以此类推

如果你不想在gmx中把一个二面角写很多行，也可以转化成Ryckaert-Bellemans形式(gmx中的type 3)：
(, 下载次数 Times of downloads: 35)
用如下的方程：
(, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: topend 时间: 2019-4-17 13:26
好详细清晰的答复，谢谢！！

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-4-22 17:04
请问对于type3 的 Ryckaert-Bellemans形式，如何二面角的角度信息如何体现？
以及，对于type1 的公式，n可以为0吗？

作者
Author: topend 时间: 2019-4-23 10:52

zc_charles_li 发表于 2019-4-22 17:04
请问对于type3 的 Ryckaert-Bellemans形式，如何二面角的角度信息如何体现？
以及，对于type1 的公式，n ...

这个我也不清楚的

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