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标题: 请教: MD产生相可以用Berendsen压浴吗？P-R压浴参数tau_p取>=3的值可以接受吗 [打印本页]

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Author: yihanxu 时间: 2019-4-17 05:16
标题: 请教: MD产生相可以用Berendsen压浴吗？P-R压浴参数tau_p取>=3的值可以接受吗
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-16 15:23 编辑

老师好，大家好，我做NPT模拟一个边长3nm的立方纯溶剂盒子。先做了EM和平衡相模拟（步长1fs,共5ns，做的时间比较长，是因为之前报错说可能没达到平衡，我想这样应该能确保达到平衡了吧）。然后做产生相模拟，控压用的P-R， tau_p=2.5，但是盒子边长刚开始正常、后来变得特别大（几纳米增至上百纳米），然后又缩小、又变大一个来回，压力见下图左上角。于是我尝试tau_p=3，这样得到的盒子尺寸变化较小、看起来正常，得到压力如右下角的图所示。也尝试了Berendsen压浴，这样得到的盒子看起来也很正常，得到压力如左下角的图所示。请问可以为P-R压浴用tau_p=3甚至更大的值吗？产生相可以用Berensden压浴吗，记得sob老师说审稿人会可能会有意见，该怎么办呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-17 13:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题，有些人对理论过于吹毛求疵了

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-4-17 15:11
理论上P-R能给出正确的ensemble，比直接放缩强。实际上结果多半没差别，讲真你把NPT换成NVT都不见得能看出显著差别来。但是人家都证明了P-R比放缩好，你还选Berendsen，那不就是往枪口上撞嘛……

不过Berendsen的一大缺点就是会掩盖问题。用P-R之后blow up是个挺危险的信号，建议别忽略掉。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-18 02:04

k64_cc 发表于 2019-4-17 01:11
理论上P-R能给出正确的ensemble，比直接放缩强。实际上结果多半没差别，讲真你把NPT换成NVT都不见得能看出 ...

P-R之后blow up该怎样解决啊，求指导

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-18 02:34

sobereva 发表于 2019-4-16 23:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题，有些人对理论过于吹毛求疵了

老师好，为什么用Berendsen压浴盒子看起来正常但是用P-R压浴盒子尺寸变化和体系压力波动就很诡异呢？如果说体系达到平衡才好用P-R压浴，那么EM和EQ我都做了的，体系也不大，感觉应该达到平衡了呀？

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-4-18 10:18
本帖最后由 k64_cc 于 2019-4-18 10:20 编辑

yihanxu 发表于 2019-4-18 02:04
P-R之后blow up该怎样解决啊，求指导

可以试试Berendsen跑几ns之后转成P-R。更推荐的方法是手算一下合理的盒子大小，NVT跑几ns平衡之后再上barostat。
建议贴一下thermostat和barostat的参数。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-19 05:19

k64_cc 发表于 2019-4-17 20:18
可以试试Berendsen跑几ns之后转成P-R。更推荐的方法是手算一下合理的盒子大小，NVT跑几ns平衡之后再上bar ...

Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl    = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0 ;ps
ref_p = 1.01325
compressibility = 4.5e-5

若是Pcoupl    = Berendsen则用tau_p=0.5

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-24 15:02
本帖最后由 yihanxu 于 2019-4-24 01:04 编辑

k64_cc 发表于 2019-4-17 20:18
可以试试Berendsen跑几ns之后转成P-R。更推荐的方法是手算一下合理的盒子大小，NVT跑几ns平衡之后再上bar ...

您好，可以请问一下“NVT跑几ns平衡之后再上barostat”的原理或者道理是什么吗，为什么先NVT呢？谢谢。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-4-24 15:07

sobereva 发表于 2019-4-16 23:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题，有些人对理论过于吹毛求疵了

老师请问P-R压浴用tau_p=3怎么样？可以通过1楼的最后一张图评价控压效果好或不好吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-24 22:46

yihanxu 发表于 2019-4-24 15:02
您好，可以请问一下“NVT跑几ns平衡之后再上barostat”的原理或者道理是什么吗，为什么先NVT呢？谢谢。

一开始就用控压，由于体系结构可能还处于严重非平衡状态，有出现异常（诸如盒子剧烈波动导致崩溃等问题）的风险
NVT阶段可以先让体系内部恰当弛豫，再打开控压出现异常情况的可能性就会下降

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-24 22:47

yihanxu 发表于 2019-4-24 15:07
老师请问P-R压浴用tau_p=3怎么样？可以通过1楼的最后一张图评价控压效果好或不好吗？

一般设2.5ps左右就可以。
没有那么多讲究，你那图也看不出什么显著问题

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-5-8 06:12
本帖最后由 yihanxu 于 2019-5-7 19:51 编辑

老师好@sobereva ，如果我要对比一组MD计算结果，那么这一组MD计算要用相同的tau_p才行吗？换句话说，如果没有保持tau_p一致，有的计算用tau_p=3，有的用tau_p=2，那么这些数据还可以拿来对比吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-9 09:02

yihanxu 发表于 2019-5-8 06:12
老师好@sobereva ，如果我要对比一组MD计算结果，那么这一组MD计算要用相同的tau_p才行吗？换句话说，如果 ...

可以。这对结果影响很小

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-5-9 10:02

sobereva 发表于 2019-5-8 19:02
可以。这对结果影响很小

谢谢老师。您的意思是在能算的情况下，tau_p的值对计算结果影响很小吗？可以请教一下为什么这对结果影响很小吗，怎么理解？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-10 10:25

yihanxu 发表于 2019-5-9 10:02
谢谢老师。您的意思是在能算的情况下，tau_p的值对计算结果影响很小吗？可以请教一下为什么这对结果影响 ...

很小，而且有随意性
这只不过是控制压浴的强度而已，参数差个一星半点，也就是微观波动程度会有所不同，从最终统计结果上看看不出多大差异

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-11-7 06:30

sobereva 发表于 2019-5-9 20:25
很小，而且有随意性
这只不过是控制压浴的强度而已，参数差个一星半点，也就是微观波动程度会有所不同， ...

老师，请问用Berendsen 压浴的时候（算平衡相的时候）tau_p也是有随意性且对结果的影响很小吗？比如用个较大点的tau_p值tau_p = 1.0是可以的吧.
谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-11 11:25

yihanxu 发表于 2019-11-7 06:30
老师，请问用Berendsen 压浴的时候（算平衡相的时候）tau_p也是有随意性且对结果的影响很小吗？比如用个 ...

影响不大。一般我用0.5 ps

作者
Author: 一条君 时间: 2020-10-3 00:00

sobereva 发表于 2019-4-17 13:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题，有些人对理论过于吹毛求疵了

请问老师，如果产生相也用Berensden压浴，那和平衡相有什么区别呢，除了培训例子eq.mdp里退火外，只是多跑了几纳秒吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-4 15:02

一条君发表于 2020-10-3 00:00
请问老师，如果产生相也用Berensden压浴，那和平衡相有什么区别呢，除了培训例子eq.mdp里退火外，只是多 ...

目的和意义不同

作者
Author: 肥力丝 时间: 2024-7-21 09:09

sobereva 发表于 2019-4-17 13:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题，有些人对理论过于吹毛求疵了

请问老师，我在模拟一张细胞膜，在NPT平衡过程中，首先使用P-R但是会报告段错误，然后我更改了先使用Berendsen运行10ns，然后使用P-R，不会报错，但是盒子变小了三分之一，请问老师这样更改会影响结果可以和直接用P-R压浴的结果对比吗？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-23 03:37

肥力丝发表于 2024-7-21 09:09
请问老师，我在模拟一张细胞膜，在NPT平衡过程中，首先使用P-R但是会报告段错误，然后我更改了先使用Bere ...

本来就该这样用
说明一开始的膜面积明显偏大

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-24 20:18
本帖最后由 science_6 于 2025-3-24 20:20 编辑

sobereva 发表于 2019-4-17 13:00
产生相用Berensden压浴从实际来讲完全没问题，有些人对理论过于吹毛求疵了

sob老师好，请问已经到了2025年产生相如果继续用Berensden压浴的话，盲审的话审稿专家会纠着压浴这一点不放吗？或者说现在这两年产生相一般都是常用的是P-R压浴吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-3-24 21:01
本帖最后由牧生于 2025-3-24 21:03 编辑

science_6 发表于 2025-3-24 20:18
sob老师好，请问已经到了2025年产生相如果继续用Berensden压浴的话，盲审的话审稿专家会纠着压浴这一点不 ...

Berendsen比较过时了，现在主流是P-R，但是C-rescale则是未来几年的主流

至于审稿人会不会揪着Berendsen不放，要看运气了。如果我是审稿人，我会放过这一次，但建议以后改用更好的。

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-24 21:25

牧生发表于 2025-3-24 21:01
Berendsen比较过时了，现在主流是P-R，但是C-rescale则是未来几年的主流

至于审稿人会不会揪着Berends ...

那我还是用P-R压浴吧，不清楚服务器的gromacs2022.6版本能不能适配C-rescale压浴

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-25 00:28

science_6 发表于 2025-3-24 21:25
那我还是用P-R压浴吧，不清楚服务器的gromacs2022.6版本能不能适配C-rescale压浴

gmx 2021起就支持了

Berendsen压浴没什么毛病，只是用于产生相容易被较真审稿人bb
PR压浴只适合产生相，而时常有人发现产生相改用PR后出现异样，还不如一直用Berendsen
c-rescale很理想、最普适，但提出晚，一些审稿人对其还不了解，文章里可以解释一下用它的理由，免得被问为什么不用PR

作者
Author: science_6 时间: 2025-3-25 08:53

sobereva 发表于 2025-3-25 00:28
gmx 2021起就支持了

Berendsen压浴没什么毛病，只是用于产生相容易被较真审稿人bb

好的，谢谢sob老师

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