计算化学公社

标题: 求助antechamber计算resp电荷本该是零，结果相差0.02309 [打印本页]

作者
Author: cosmopolitan 时间: 2019-4-17 09:48
标题: 求助antechamber计算resp电荷本该是零，结果相差0.02309
命令：resp -O -i t6A_resp1.in -o t6A_resp1.out -p t6A_resp1.pch -t t6A_resp1.chg -q t6A_resp1.qin -e t6A_tide_esp1.esp

在respin里限制了两个约束，第一个约束，分子1的 6，8-10，分子2的21，34电荷和为0，结果respout文件里相加这6个原子电荷量，却是-0.023209；第二个约束，分子1的7，11-13，分子2的22.36电荷和为0，respout文件里相加，结果是0.000387。请问是我输入文件设置的问题还是resp程序本身的问题？谢谢！

部分文件：
t6A-RESP1 RUN #1
&cntrl
nmol=2,
ihfree=1,
qwt=0.0005,
iqopt=2,
/
1.0
DMP
-1 13
15 -1
8 -1
8 -1
8 -1
8 -1
6 0
6 0
1 0
1 0
1 0
    1 0
1 0
1 0

1.0
t6A
-1 48
7 0
7 0
7 0
7 0
7 0
7 0
6 -1
6 -1
6 -1
6 0
6 0
6 0
6 0
6 0
6 0
6 0
6 0
6 0
6 0
8 -1
8 0
8 0
8 0
8 0
8 0
8 0
6 -1
8 -1
6 -1
1 -1
1 -1
1 -1
1 -1
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 0
1 -1
1 -1
1 -1

      Intra and/or inter-molecular charge restraints for atom or group of atoms

6  0.000000
1 6 1 8 1 9 1 10 2 21 2 34
6  0.000000
1 7 1 11 1 12 1 13 2 22 2 36

t6A

      Point Charges Before & After Optimization

no.  At.no. q(init)    q(opt)    ivary d(rstr)/dq
1  15    1.166200    1.166200    -1    0.000427
2 8    -0.776000    -0.776000    -1    0.000639
3 8    -0.776000    -0.776000    -1    0.000639
4 8    -0.498900    -0.498900    -1    0.000983
5 8    -0.524600    -0.524600    -1    0.000936
6 6    0.000000    0.280463    0    0.001679
7 6    0.000000    0.204837    0    0.002194
8 1    0.000000    -0.036422    0    0.000000
9 1    0.000000    -0.004260    0    0.000000
10 1    0.000000    -0.026177    0    0.000000
  11 1    0.000000    -0.004571    0    0.000000
12 1    0.000000    0.015549    0    0.000000
13 1    0.000000    -0.020119    0    0.000000

14 7    0.000000    -0.249226    0    0.001862
15 7    0.000000    -0.565783    0    0.000870
16 7    0.000000    -0.660810    0    0.000748
17 7    0.000000    -0.633745    0    0.000779
18 7    0.000000    -0.467952    0    0.001045
19 7    0.000000    -0.619038    0    0.000797
20 6    0.202200    0.202200    -1    0.002217
21 6    0.106500    0.106500    -1    0.003423
22 6    0.055800    0.055800    -1    0.004366
23 6    0.000000    0.520048    0    0.000944
24 6    0.000000    0.263689    0    0.001773
25 6    0.000000    0.017577    0    0.004925
26 6    0.000000    0.539716    0    0.000911
27 6    0.000000    0.459254    0    0.001064
28 6    0.000000    0.770757    0    0.000643
29 6    0.000000    0.045717    0    0.004547
30 6    0.000000    0.788226    0    0.000629
31 6    0.000000    0.289652    0    0.001632
32 6    0.000000    -0.245641    0    0.001885
33 8    -0.354800    -0.354800    -1    0.001356
34 8    0.000000    -0.682595    0    0.000725
35 8    0.000000    -0.588242    0    0.000838
36 8    0.000000    -0.773669    0    0.000641
37 8    0.000000    -0.775197    0    0.000640
38 8    0.000000    -0.565972    0    0.000870
39 8    0.000000    -0.679583    0    0.000728
40 6    0.067000    0.067000    -1    0.004154
41 8    -0.613900    -0.613900    -1    0.000804
42 6    0.039400    0.039400    -1    0.004652
43 1    0.061500    0.061500    -1    0.000000
44 1    0.117400    0.117400    -1    0.000000
45 1    0.067900    0.067900    -1    0.000000
46 1    0.067900    0.067900    -1    0.000000
   47 1    0.000000    0.445782    0    0.000000
48 1    0.000000    0.105542    0    0.000000
  49 1    0.000000    0.392933    0    0.000000
50 1    0.000000    0.064976    0    0.000000
51 1    0.000000    0.079596    0    0.000000
52 1    0.000000    0.321907    0    0.000000
53 1    0.000000    0.009644    0    0.000000
54 1    0.000000    0.015659    0    0.000000
55 1    0.000000    0.406936    0    0.000000
56 1    0.000000    0.089279    0    0.000000
57 1    0.000000    0.059962    0    0.000000
58 1    0.000000    0.287201    0    0.000000
59 1    0.097200    0.097200    -1    0.000000
60 1    0.418600    0.418600    -1    0.000000
61 1    0.200700    0.200700    -1    0.000000

作者
Author: cosmopolitan 时间: 2019-4-17 10:01
本来想用Multiwfn的RESP板块，奈何把这两个分子一起丢到高斯里优化结果报错，也没法继续下一步了。

THERE'S SMALL CHOICE IN A BOWL OF ROTTEN APPLES.
                  SHAKESPEARE
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/software/g16/l9999.exe at Wed Apr 17 00:46:53 2019.
Job cpu time:    20 days  2 hours  8 minutes 39.3 seconds.
Elapsed time:    0 days 15 hours 24 minutes 41.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 402 Int=    0 D2E=    0 Chk=    49 Scr=    1
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000006b3d, rsp 00007fff7d58b248, rbp 00007fff7d58b7c0
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000006b3d, r8  0000000000000020
r9  0000000000000401, r10 00007fff7d58afd0, r11 0000000000000206
r12 00007fff7d58b808, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
r15 00000000000003e6
  /lib64/libpthread.so.0() [0x3556e0f500]
  /lib64/libc.so.6(kill+0x7) [0x3556a32b87]
  /usr/local/software/g16/l9999.exe() [0x454f09]
  /usr/local/software/g16/l9999.exe() [0x46c16a]
  /usr/local/software/g16/l9999.exe() [0x49fd0b]
  /usr/local/software/g16/l9999.exe() [0x492def]
  /usr/local/software/g16/l9999.exe() [0x41067e]
  /usr/local/software/g16/l9999.exe() [0x40bd2b]
  /usr/local/software/g16/l9999.exe() [0x40bc34]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x3556a1ecdd]
  /usr/local/software/g16/l9999.exe() [0x4063a9]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-17 13:03
不要同时在群里和论坛里问相同问题！群文件里群规、指定的新社员必读都说了！我不想同一个问题在多个地方重新写一遍回复

我在群里的回复：
【传说】Sobereva(190258442) 11:02:51
@墨染浮生赶紧弃了antechamber，用Multiwfn算RESP电荷
【传说】Sobereva(190258442) 11:03:04
@墨染浮生 Multiwfn算RESP电荷比antechamber好用百倍
【传说】Sobereva(190258442) 11:03:12
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
【传说】Sobereva(190258442) 11:03:38
你直接把两个单独优化完的分子放到一起，算个单点给Multiwfn不就完了，还弄成二聚体优化干嘛
【传说】Sobereva(190258442) 11:05:01
目前没有比Multiwfn计算RESP电荷操作更简单，设定上更灵活的程序
【传说】Sobereva(190258442) 11:05:27
Multiwfn的RESP电荷计算功能可以说扫清了RESP电荷计算的一切障碍

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-17 13:04
你瞧瞧antechamber带的resp程序的输入文件，跟Multiwfn比岂不麻烦得要死？用它干嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-17 13:05

cosmopolitan 发表于 2019-4-17 10:01
本来想用Multiwfn的RESP板块，奈何把这两个分子一起丢到高斯里优化结果报错，也没法继续下一步了。

THER ...

倘若真需要优化，优化有问题解决不就完了，这是不用multiwfn这么好用的算RESP电荷的理由？
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

更何况我已经说了，如果你搞两个独立的分子，根本犯不着优化二聚体。直接在gview里摆足够远，算个单点产生fch文件给Multiwfn用就不完了

作者
Author: nachtmusik 时间: 2019-4-17 15:33
我之前试过好几个带电分子的计算，antechamber自带的resp拟合数值常常不会为整数，应该是代码上数值计算的bug。用Multiwfn就不会有这个问题，而且计算效率高得多

作者
Author: NicoleDH 时间: 2025-9-24 13:21

sobereva 发表于 2019-4-17 13:05
倘若真需要优化，优化有问题解决不就完了，这是不用multiwfn这么好用的算RESP电荷的理由？
量子化学计算 ...

Sob社长，一个非标准氨基酸，它的净电荷为-2，用Multiwfn很方便地拟合了出它的RESP电荷。但计算它的RESP电荷时，我在这个氨基酸的N端和C端分别加了乙酰胺和甲氨基，在构建rtp文件时，把多余的乙酰胺和甲氨基原子和bond删除了，导致没有修饰基团的氨基酸净电荷不为整数了。体系加完离子后，提示如下：
System has non-zero total charge: 0.009051
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.

请问这种情况我应该怎么处理呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-9-24 22:13

NicoleDH 发表于 2025-9-24 13:21
Sob社长，一个非标准氨基酸，它的净电荷为-2，用Multiwfn很方便地拟合了出它的RESP电荷。但计算它的RESP ...

bond项和原子电荷没任何直接联系

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-9-25 01:13

NicoleDH 发表于 2025-9-24 13:21
Sob社长，一个非标准氨基酸，它的净电荷为-2，用Multiwfn很方便地拟合了出它的RESP电荷。但计算它的RESP ...

你为什么不在拟合RESP电荷的时候就约束中间的氨基酸残基电荷为-2？

作者
Author: NicoleDH 时间: 2025-9-25 09:30

sobereva 发表于 2025-9-24 22:13
bond项和原子电荷没任何直接联系

嗯嗯，卢老师。我找到了您在其他帖子里关于”System has non-zero total charge: “的解答，我这里 0.009051比较小，应该可以无视该警告。

作者
Author: NicoleDH 时间: 2025-9-25 09:43

KazusaT 发表于 2025-9-25 01:13
你为什么不在拟合RESP电荷的时候就约束中间的氨基酸残基电荷为-2？

明白了，感谢指点。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)