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标题: 使用TIP4P水模型如何构建水团簇初始构型求助 [打印本页]

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-17 18:15
标题: 使用TIP4P水模型如何构建水团簇初始构型求助
学习amber搜索分子团构象，以下文献使用TIP4P模型，请问如何使用该模型构建水团簇初始构型，如(H2O)6？
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谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-17 18:21
构建模型的时候用不着考虑是几点水模型，算的时候才考虑
对于获得水团簇构型目的，用这种水模型还是非常粗糙。
这类问题直接用genmer+molclus结合xtb做快速筛选，然后用B3LYP-D3(BJ)/TZVP对筛出来的一批（比如几十个）进一步优化，最后用更高级别算最后筛出来的一些结构的高精度单点，是最佳搜索过程，实现起来极为容易，看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html（http://sobereva.com/312）

用MD产生初始构型也完全可以，但没必要对水模型过于追究，毕竟只是产生初猜而已，这里有实际的基于MD的水团簇搜索例子：
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

作者
Author: hzamber 时间: 2019-4-18 19:36

sobereva 发表于 2019-4-17 18:21
构建模型的时候用不着考虑是几点水模型，算的时候才考虑
对于获得水团簇构型目的，用这种水模型还是非常粗 ...

谢谢社长回复。
我主要是想学习amber使用方法，练习重复文献中的数据。
社长提到的方法对于中性体系比较好。贴子中也提到对带电体系不好处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-19 03:31

hzamber 发表于 2019-4-18 19:36
谢谢社长回复。
我主要是想学习amber使用方法，练习重复文献中的数据。
社长提到的方法对于中性体系比 ...

搜索带电体系团簇结构你就用genmer产生团簇初始结构，然后molclus+xtb处理就行了，很可靠而且速度快

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